乳酸菌は糖を分解して、50％以上の乳酸を作り出す菌の総称です。
一般的に食品には乳酸球菌や乳酸桿菌が利用されています。一方、ビフィズス菌は、糖を分解して乳酸を作り出しますが、それ以上に酢酸も作り出します。ビフィズス菌もヨーグルトや乳酸菌飲料などに利用されており、実用的には広義の乳酸菌に含めて考える場合があります。しかし、分類学的には乳酸菌とはまったく異なる種類の菌です。ビフィズス菌の主な特徴について、乳酸球菌や乳酸桿菌と比較したものが次の表です。

	ビフィズス菌	乳酸球菌・乳酸桿菌
菌の形	棒状・根棒状・分岐した棒状 ビフィズス菌	球状・棒状 乳酸球菌 乳酸桿菌
棲息場所	主にヒトや動物の腸内	自然界一般 （牛乳・乳製品、ヒトや動物の腸内、漬物など一部の発酵食品）
酸素に対する性質	酸素があると生育できない （偏性嫌気性）	酸素があっても生育できる （通性嫌気性）
主な代謝物	乳酸＋酢酸	乳酸