私は、質問者さんのおっしゃる「ノリ」の要素が強いのではないかと思います。
「おちょくる」とか「放送禁止用語のような扱い」ではなく、視覚的効果を狙っている、つまり、伏せ字にすることでより読者の目を引く効果を狙っている、と。
質問者さんも、「あれ、なんでここ、伏せ字になっているんだろう。一文字伏せ字にしたところで、あの会社の名前だって、誰にだって分かるよな」と、そこで引っかかったわけですよね。
そういう「引っかかって欲しい」という意図が書く側にあるのだと思います。
特に漫画などにあるのでしたらその可能性が高く、伏せ字で引用された側も、前後関係から明らかな悪意が感じられるとか、よっぽどのことがない限り、バカにされたとか失礼だと感じることはないのではないかと思います。
具体的な事例がないので何ともいえませんが、基本、「モノを書くプロだからこそ」の表現方法なのではないかなあと思います。
本当に問題になる表現であれば、編集者が規制をかけるはずです。編集者とはそのためにいるのですから、そのままで通っているということは、問題がないと判断されたのだと思います（もちろん、俗悪な週刊誌のようなものであれば、そのような規制はあってなきがごとしですが）。
漫画や小説などとは無縁ですが、一応、書籍を作る側の人間であり、書籍を売る仕事も兼業している人間としての意見でした。
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