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かつて裁判所がハンセン病の患者の裁判を隔離された療養所などで開いていた問題について、最高裁判所は「差別的に扱った疑いが強く、患者の人権と尊厳を傷つけた」とする報告書を公表し、異例の謝罪をしました。一方、有識者などから「憲法に違反していた」と指摘されていたことについては、認めませんでした。

昭和２０年代から４０年代にかけ、ハンセン病の患者の裁判のうち９５件が隔離された療養所などの「特別法廷」で開かれていた問題について、最高裁判所は報告書を公表しました。
報告書では、遅くとも昭和３５年以降、ハンセン病は確実に治るとされていたにもかかわらず、当時の最高裁が必要性を精査しないまま各地の裁判所からの申請を受けて、原則、特別法廷を認めていたことを問題点として挙げました。
そのうえで、「差別的に扱った疑いが強く、特別法廷の手続きを定めた裁判所法に違反していた。偏見や差別を助長し、患者の人権と尊厳を傷つけたことを深く反省し、おわび申し上げる」として、謝罪しました。最高裁が過去の対応について謝罪するのは異例です。
一方、最高裁と共に検証していた有識者の委員会や、検証を求めた元患者などから「平等の原則を定めた憲法に違反していた」と指摘されていたことについては、「当時の最高裁内部の検討が資料として残っていないので判断できない」として認めませんでした。
また、元患者などが「裁判の公開の原則に違反していた」と指摘していた点については、裏づける資料が確認できなかったとして「非公開だったとはいえない」としました。
最高裁判所の今崎幸彦事務総長は、特別法廷が最後に指定されてから４０年以上たって検証を始めたことについて、「資料の散逸を招いたという批判は率直に受け止めなければならない。この教訓を真摯（しんし）に受け止めたい」と述べました。
また、最高裁と共に検証作業を行った、有識者委員会で座長を務めた金沢大学の井上英夫名誉教授は「最高裁は形式的には憲法違反と認めなかったものの、実質的には踏み込んだ内容になっており評価したい。今後も資料の発掘なども含めて調査を続けてほしい」と話していました。