ダークマター消滅後、地上に戻った生命の木が綺麗になっている。
生命の木から登場したゼルネアスは生命の木の化身。
ゼルネアスが「ダークマターの憎しみは飛び散ること無くその場で安らぎへと変わって光となって消え去りました」と告げ、パートナーのおかげで次のダークマターが復活することが無くなった。
この星は守られた、調査団の喜び合い。
お休みをとった主人公達がおだやか村に戻る。
おだやか村に帰った主人公達を歓迎する村人達。
凄く反省するコノハナは村人達に謝って回って、主人公に顔向けできずに出て行った。
次の朝、丘で主人公とパートナーの話し合い。
この世界にいたいと選ぶ主人公が残ることになった。
パートナーはゼルネアスのツノに触れて思い出して自身はミュウと告白する。
パートナーの前世はミュウ、古代の戦いでダークマターを普通に倒して復活を許してしまうという失敗のきっかけで転生して未来へ送り込り、主人公が記憶を失くしたのはオーベムでは無くてミュウでした。主人公が未来に残したものを知っているために都合が悪いので主人公が覚悟して記憶を無くすことにしました。
この世界での役目が終わって消える運命は主人公では無くてダークマターの一部になっているパートナー=ミュウでした。
別れを告げるパートナーは光が包まれて消滅していく。
主人公が悲しんでいく。
スタッフロールが流れました。
この結末はポケモン不思議のダンジョンシリーズの内にまさか今まで無い展開でした。主人公とパートナーの立場が逆になりましたね。
ストーリークリア時点のプレイ時間は約20時間でした。→調査依頼をこなす時間も含めています。
ストーリー強制進行でレベル上げしづらいため、Lv25未満でした。
ストーリークリア後、主人公の後日談があります。
次に続きます。