崩壊から再び復活した世界――
未曾有の大災害により死滅したと思われた人類だったが、
「Cytus」に保存された記憶とOperatorsにより復活を遂げる。
人類はOperatorsに保存した記憶を頼りに、世界の再建を行っていた。
そこは、人類とアンドロイドが共に生きる場所。
記憶の貯蔵庫である「Cytus」は、今では限られたものだけがアクセスできる最重要機密として扱われていた。
ある日、主人公はポッドの中で目覚める。
周りを見渡すとどこかの研究施設のような場所であることが分かった。
しかし、自身が何者であるかの記憶は一切なく、目的も分からない。
そんな朦朧とした意識の中、突然人影が視界をよぎる。
あわてて影を追いかけると、そこには「Cytus」と書かれた端末があった。
主人公は「Cytus」にアクセスし、様々な音楽に触れることで自身の記憶を見つけ出していく。
キャラクター
MIU
CV：加隈亜衣
大災害の前に冷凍保存された人間の1人。
見た目は幼いが、Cytusの記憶データを管理、保守している才女でもあり精神年齢は高め。
記憶のない主人公に協力的な姿勢を見せる。
オモチ
CV：？？？
ウサギ型ロボット。自称MIUのお世話係。
言葉を理解し話すことが可能だが、その言動はやや幼い。
MIUにつけてもらった名前を気に入っている。