ヨーロッパと東アジアの人類集団のゲノムには、ネアンデルタール人との2回目の交雑を示す痕跡があるが、この痕跡はメラネシアの先住民ゲノムにはない。したがって、おそらくメラネシアの先住民の祖先は2回目の交雑が起きる前に西アジアを離れ、メラネシアにたどりつく過程で、デニソワ人との交雑を経験したに違いない。
西アジアから東に向かったメラネシアの先住民の祖先は、おそらく船を使って沿岸部を移動したものと思われる。なぜなら、考古学の証拠によれば、ヒトの祖先集団がオーストラリアに侵入し、大型の有袋類（カンガルーの仲間）の種を次々に滅ぼしたのは、約4万5000年前である。
つまり、西アジアからオーストラリアへのヒト集団の移住は、わずか1万5000年の間に起きたのだ。この素早い移動を可能にしたのは、船を使う技術だろう。
一方、東アジアの人類集団には、上記の2回とは別の（3回目の）ネアンデルタール人との交雑の痕跡がある。メラネシアに向かった集団とは別の集団が、少し遅れて東アジアに広がる過程で、この3回目の交雑が起きたのだろう。日本人を含む東アジアの人類集団は、ネアンデルタール人と過去に少なくとも3回の交雑を経験した雑種の子孫なのである。
交雑により環境適応力が向上
このような種間交雑は、植物では古くから知られている。私は植物の研究からスタートしたので、違った地域に隔離されて進化した種が出会えば、交雑するのは当たり前であることをよく知っていた。
しかし、私が学生だった40年前には、動物の種は生殖的に隔離されているもの（互いに交雑しないもの）という考えが支配的だった。私見だが、この固定観念は、「種」という概念に不変性や純血性を求める人間の心理的傾向と結びついていたように思う。
同じ祖先から分かれた2つの集団が地理的に隔離されて違った環境で暮らせば、自然淘汰によってそれぞれの環境への適応が生じ、やがて違った性質が進化する。このようにして異なる進化の道筋を歩んだ集団が、2次的に接触することは、生物進化の過程ではしばしば起きる。このような接触が起きたとき、2つの集団の間にはしばしば交雑が起き、遺伝子が入り混じる。
今日では、このような交雑によって、適応進化が加速されることが分かっている。「最強のイノベーション『生命の進化』に学ぶ3つの掟」で紹介したように、有性生殖による遺伝子の組み換えは、莫大な数の組み合わせを作り出し、この「組み合わせ」の多様性が適応進化を加速するのだ。
新しい環境に進出し、そこへの適応を迫られた種にとっては、すでにその環境に適応した別の種と交雑して、その種から適応的な遺伝子を取り込むことが、効率の良い進化の手段なのである。
実際に、ネアンデルタール人からヒトの集団に取り込まれた遺伝子には、皮膚や免疫系の遺伝子など、環境適応に貢献したと考えられるものが見つかっている。