一方、菅義偉官房長官は記者会見で、和解を「最善の策」と強調したが、日米合意に基づく移設計画について「影響が出ないと言えば嘘になる」と述べ、遅れる可能性を認めた。

　これまで政府・与党は、在日米軍の抑止力維持と沖縄を含む基地負担軽減の両立を目指して米国や沖縄と協議してきた。今回の和解は、政府が辺野古移設で譲歩したというメッセージとして利用されかねない。

　又市氏は早速、談話の中で「辺野古に固執することなく、『県外・国外』移設について米国と再交渉すべきだ」と牽制（けんせい）した。野党が勢いづけば、日本を取り巻く安全保障環境を見据えた国と県の再協議がさらに混迷する可能性がある。

　自民党の二階俊博総務会長は「解決への大きな一歩だ」と評価した上で「一歩踏み出したことを二歩も三歩も続いて踏み出していけるよう努力すべきだ」と語り、今後の政府の対応にクギを刺した。