1955年にアメリカ聖公会より「世界平和の一端に寄与するため、極東地域に平和利用の原子炉を寄贈しよう」との提案がなされ、同年9月聖公会総会で寄贈のための基金の募集が決定しました。集まった募金を受けて、1957年に立教大学原子力研究所が設立されました。
1961年12月には民間の本格的研究用原子炉の第1号として初めて臨界に達し、立教大学のみならず、全国の大学・研究所・産業界などに利用されました。応用分野は物理・化学・生物学などの基礎科学から医学・薬学・農学・工学・考古学・環境科学など広範囲にわたっていました。
1961年には原子炉が初臨界に達し、その後40年間稼働していましたが、所期の目的は十分に達成されたとの判断に基づいて2001年に稼働を停止しました。2003年には使用済の燃料を全て米国に搬出し、現在は廃止措置中（2003年廃止届、2007年廃止措置計画認可）です。
現在は稼働を停止して廃止措置を進めており、所内には燃料棒は存在していないため、今回の事故を受けての特段の対応や改善は講じておりません。また、東日本大震災発生直後の点検の結果でも、施設・設備に全く異常はありませんでした
今後もこれまで通り、原子力規制庁の月1回（年10回）の保安巡視と年2回の保安検査を受けながら、解体・撤去・更地化の状況が整うまで、安全を第一に保安管理を続けていく方針です。
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