Suica利用時の運賃計算について、「実際の乗車経路に関わらず、最も安くなる経路を...

Suica/PASMO定期券のうち、「一旦改札口を通って乗り換えなければならない経路の定期券」を使った区間外運賃の精算は、非常に特殊な計算方法が用いられており、想像できないような経路で計算されることがあります。

具体的には、1枚の定期券区間が、改札内を異にする2つの区間(2区間定期券という意味ではありません。これを仮にA区間・B区間とします)で構成されていて、そのA区間とB区間との乗換は、改札を通らなければならない駅(C駅とします)が指定されていることになります。

→質問者様の定期券は、「新日本橋～大崎および品川～横浜」がA区間、「横浜～能見台」がB区間、「横浜駅」がC駅、ということになります。

そのような定期券で、「定期券区間外の駅」～「定期券区間内の駅」の間を乗車した場合、「定期券区間外の駅」から改札を通らずに行くことのできる「A区間内の駅またはB区間内の駅」のうち、最も安くなる運賃を適用し、残高から差し引かれることになっています。

→質問者様の場合、人形町や日本橋から都営線に乗車し、そのまま能見台まで行くのですから、常識的に考えれば、「人形町または日本橋」から、B区間である「横浜～能見台」の間で最安運賃となる「人形町・日本橋～(都営)～泉岳寺～(京急)～横浜」の運賃が差し引かれる…と考えるのが自然ですが、その場合は510円となります。
しかし、実際には違いますよね。なぜなら、B区間だけでなくA区間も計算比較対象に含まれており、そのほうが安くなる区間が存在するためです。

日本橋(都営)から乗った場合
・日本橋～(都営・メトロ連絡290円)～中野～(JR210円)～大崎…計500円
・日本橋～(都営・メトロ連絡290円)～北千住～(JR210円)～東京…計500円
いずれも510円より安いので、この500円が適用されます。

人形町(都営)から乗った場合
・人形町～(都営・メトロ連絡260円)～北千住～(JR210円)～東京…計470円
こちらも510円より安いので、この470円が適用されます。

以上のとおり、改札内を異にする定期券区間でも、区間外の駅との間の運賃計算には双方が比較対象となり、常に安いほうで計算されます。ここまでプログラムされたサイトはあまり見たことがないので、各駅間を計算しながら比較するしか方法はないと思います。

(※都営とメトロは白金高輪で、メトロとJRは中野・北千住で、それぞれ改札内乗換が可能です。念のため…)