ポケモンマスターを目指し、修行の旅を続けるサトシたちのもとに、一通の招待状が届く。しかしそれは、「ミュウツー」の罠であり、計画であった。そうとも知らず、サトシたちは大荒れの海を渡って会場を目指す。そこで待ち受けていたのは、オリジナルのポケモンをゲットし、それをもとにさらに強いポケモンを作り、人間たちへの逆襲を計画する最強のポケモン、ミュウツーだった！計り知れないミュウツーのパワーに圧倒されるサトシたち。そして、ピンチを迎えたその時、幻のポケモン「ミュウ」が現われた。かくしてミュウとミュウツーは、ポケモン史上最高で最強のバトルへ突入していくのだった。

原案：田尻智、監督：湯山邦彦
脚本：首藤剛志、音楽：宮崎慎二・たなかひろかず
声の出演：松本梨香、大谷育江、飯塚雅弓、うえだゆうじ、こおろぎさとみ、山寺宏一、林原めぐみ、三木眞一郎、犬山イヌコ、市村正親、小林幸子、佐藤藍子、石塚運昇　他