vim -c "NeoBundleInstall" -e
とか-e -cオプションでexモードのコマンドを実行できる。

が、何故かvim開いてから実行だと問題ないのに、コマンドライン実行だとエラー出るコマンドとかがある。

と言う事で何か方法がないのかと思ってググッてみた。

vimコマンドを端末から実行する - Qiita

つまり
vim +":NeoBundleInstall"
とか+を使う事で、実際にvimを開いてから、実行できるらしい。

きちんとエラー調べるべき。
という気もするが、コマンドラインでvimコマンド使う事自体、あまりないのでとりあえず妥協。