２１年に帰国し、２６年から「水木しげる」のペンネームで紙芝居作家として出発し、３２年に上京。３９年、劇画誌「ガロ」の中心作家となり、４０年から「週刊少年マガジン」で「墓場の鬼太郎」を連載、代表作「鬼太郎」シリーズは「ゲゲゲの鬼太郎」と改題、４３年にテレビアニメ化されて大ヒットし、世代を超える人気キャラクターを生んだ。

　平成３年、紫綬褒章受章。８年、日本漫画家協会賞文部大臣賞、１０年、児童文化功労賞を受賞。１５年には、手塚治虫文化賞特別賞と旭日小綬章を受け、２２年に文化功労者。妻の布枝さんの自伝「ゲゲゲの女房」を原案にして２２年、同タイトルのＮＨＫ連続テレビ小説が放送され、人気を呼んだ。２５年６月には『水木しげる漫画大全集』第１期が配本、現在は第２期が刊行されている。