事件は１１月２３日午前１０時ごろ発生した。靖国神社の本殿に近い、南門近くの公衆トイレの男性用個室トイレで「バーン」という爆発音があった。近くにいた参拝客は「空気が震えたような感じがした」と恐怖を語った。

　個室の天井には約３０センチ四方の穴が開き、固形物が詰められたパイプや、時限発火装置のようなデジタル式タイマーが見つかった。乾電池は韓国製で、ハングルの文字が記されていた。けが人はなく、犯行予告や声明は確認されていない。

　警視庁公安部では、残された不審物の単純な構造から、国内外のテロ組織の犯行ではないと判断。靖国神社に何らかの思い入れを持つ外国人の個人が、手製の時限式発火装置の作動に失敗したとみて調べていた。

　靖国神社では、２０１１年に中国籍の男が神門にガソリンのような液体をまいて柱の一部を燃やす放火事件が発生。男はその後、ソウルの在韓日本大使館に火炎瓶を投げ付けて韓国警察に逮捕された。１３年には、韓国籍の男が南門近くのトイレ裏に潜伏し、拝殿に引火性の液体を投げ付けて火を付けようとして逮捕された。昨年には大鳥居にハングルで「犬畜生」と書こうとした落書きもみつかっている。

　今回の事件当日は、収穫に感謝する新嘗祭や、子供の成長を祝う七五三などで普段より多くの人々が参拝に訪れており、時限発火装置が作動すれば、不特定多数が被害に遭う危険もあった。