一般的なアプリケーションのキー制御として行うものではありません。ということは前提として、
Ctrl+Alt+Delete は、SAS という操作の１つです。Ctrl+Alt+Delete 以外の SAS としては、セキュリティ IC カードの挿入や排出があります。
たとえば、IC カードを使った認証システムでは、GINA.DLL を入れ替えることで、Ctrl+Alt+Delete を SAS ではないように設定し、カードを指すことでログインし、カードを抜くことでロックアウトまたはログオフを行うようにできます。
GINA + SAS で検索すると、具体的な対応方法は色々とでてくると思いますが、Windows Vista において GINA は廃止されましたので、Windows Vista/7 では GINA を利用した対応はできません。ICredentialProvider という COM ベースのセキュリティシステムに置き換わったためです。(http://www.microsoft.com/download/en/details.aspx?displaylang=en&id=5372)
ICredentialProvider によって、複数の認証システムを同居しやすくなりました。GINA では、指紋認証のシステムと、カード認証のシステムを同居するのは、やや困難でした。それぞれのベンダーが GINA を作るので、どちらか１つしか導入できず、同時に利用するためにはお互いのベンダーが歩み寄って２つの認証を行うような GINA が必要になりました。これが、それぞれのベンダーの ICredentialProvider を使うようにするだけで複数の認証システムが同居できるようになって、多少やりやすくなっています。
これは、個々の認証プロバイダが OS の仕組みを占有的に変更することができなくなったということでもあり、既存の認証プロバイダによる SAS の要求を外部から変更できないということでもあります。よって、Vista/7 からは Ctrl+Alt+Delete を含めた SAS のハンドリングは OS に近いプロセスによって制御されるように変更されたため、その無効化は簡単にはできないということになります。（SetUsageScenario が発行されるのは SAS より後なため）
ついでに、Windows 8 でも Developer Preview 時点では SAS に一部変更があります。
追記：
このあたりが参考になるかと
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/magazine/cc163489.aspx