お急ぎの方のためにまず結論から。
「ご冥福をお祈りします」は
「死後の幸福をお祈りします」という意味です。
一部で言われている
「冥福」という言葉はキリスト教や浄土真宗で使ってはいけない、という「葬儀知識」ですが、
お葬式に参列される方は気にしなくても良いと思います。
しかし、実際遺族に向かって「ご冥福をお祈りいたします」を使用すると、
違和感があるはずなので
「ご愁傷様でございます」を使う方が無難です。
以上が結論。
以下、詳しい解説です。
ある日弔電（お葬式のときに送る電報）を読んでいて、ふと思いました。
「故人の御冥福をお祈りします」
の「冥福（めいふく）」って何だ？
遺族に対してよく使われる「冥福」という言葉ですが
何となく使っていて何となく意味は分かるのですが、
ちゃんと調べたことはありませんでした。
「福」はわかりますが「冥」という言葉の意味は？
まず「冥」を広辞苑で引いてみます。
「冥」・・・
�，�らいこと。くらがり。やみ。
��道理にくらいこと。
�１�深いこと・例「冥想」
�ぬ椶妨�えない神仏の働き
�セ犖紊寮こΑ〔宿�
お坊さんが、遺族からいただいた御布施に領収書を書くとき
（えっ、お坊さんがそんなことするの、と思われた方もいると思いますが、
書くのです。
相続税が発生するご家庭の場合、
お寺の御布施も相続税控除の対象になるので、領収書が必要になります）
領収書の項目に「冥加料」って書くときがあります。
冥加っていうのは「○○冥利に尽きる」という使い方と一緒で、
神仏のご加護のことを指します。
で、冥加料って言うのは神仏の加護に対する御礼、
ってことで社寺へ納めるお金のことです。
これは「冥」の�い了箸な�ですね。
一方で主人公を絶体絶命の状態に追い詰めた悪者が言うせりふ
「冥土のみやげに・・・」
の冥土（または冥途）ですが
広辞苑によると
「死者の霊魂が迷い行く道。また行き着いた暗黒の世界」
ということになります。
これは「冥」の�イ琉嫐�に近いですね。
さてここまで理解できたところで
「冥福」の意味です。
同じく広辞苑より
「冥福」・・・「みょうふく」とも読む。
�〇犖紊旅�福。使用例「冥福を祈る」
�⊃佑了犖紊旅�福を祈るために仏事を修すること。追善。
ということになります。
というわけで
「御冥福をお祈りします」は
「（故人の）死後の幸福をお祈りします」という意味になります。
さて、この冥福という単語は何か特定の宗教から生まれた言葉ではないので
オールマイティに使えるはずなのですが、こういう意見もあります。
「冥」という字は（暗くぼんやりしてはっきりと分からない）
死後の世界を連想させる。
だから確実に神の国に逝けると考えている一部のキリスト教の場合や
阿弥陀如来の他力本願により極楽浄土に逝けると考えている浄土真宗の場合は
使わない方が良いのでは、
という意見です。
これに対して私は
実際は、「冥福」という表現を使っても問題になることはない
と考えています。
そもそも「冥福」の「冥」にはたしかに 先程述べたように
�，�らがり や �� （はっきりしない）死後の世界
というネガティブな意味もありますが、それ以外に
�ぬ椶妨�えない神仏の働き
という意味もあるのですから、
冥福という言葉を使ったからといって
一概に失礼とは言えないと思います。
葬儀屋さんという仕事柄、キリスト教や浄土真宗のお葬式の最中に
「御冥福をお祈りいたします」
という弔電の文言を何度も代読していますが
宗教者から指摘されることはないです。
（仏教の葬儀の弔電に「天国」の文字が入っているときは
さすがにお坊さんの許可をもらいますが）
それから横浜市の火葬場では、
遺族に渡す書類を入れる封筒に、ずっと前から
大きく「ご冥福をお祈りいたします」と印刷しています。
もし致命的な問題があるのなら、
上記の宗派の方が抗議をしてやめさせているはずです。
つまり
これらの説は、冠婚葬祭のマナー本で良く書かれている
「○○宗の方の焼香の回数は○回」
というのと同じで
信者の方はそれほど気にしていない
というのが実情だと思います。
雑誌のネタとして、もしくはスノッブな一部の人たちの発言として
「冥福」 を使うべきではないという事が言われているだけなのではないでしょうか。
だから実際のところ
お葬式に参列する人は「御冥福をお祈りいたします」の使い方に関しては
特に気にしなくても良いと思います。
ただ、（これも私見ですが）
「御冥福をお祈りいたします」というのは
「哀悼の意を表します」や「お悔やみ申し上げます」と一緒で
口語体ではなく、
弔電の中で使われるのがふさわしい「弔電文語体」だと思うのです。
「御冥福をお祈りいたします」自体が「非日常」な状況で使われるうえに、
さらに「文語体」を口にすることになるので、
実際葬儀のときの挨拶として使われるのを耳にすると
少し不自然というか窮屈（きゅうくつ）な印象をうけます。
もちろん
当事者である、言う方も言われる方も、
当然お葬式という状況に慣れていなくて気持ちにも余裕がないので
はっきりとおかしいって、感じることはないのですが。
ただ、できれば、お葬式の挨拶の際は
「この度はご愁傷様でございます」
を口にするのが一番しっくりくるのではないでしょうか。
関連ページ：
ご愁傷様の意味と正しい使い方
「お悔やみ申し上げます」の意味と正しい使い方
「哀悼の意を表します」の意味と正しい使い方
お葬式で使ってはいけない言葉
「ご冥福をお祈りします」は
「死後の幸福をお祈りします」という意味です。
一部で言われている
「冥福」という言葉はキリスト教や浄土真宗で使ってはいけない、という「葬儀知識」ですが、
お葬式に参列される方は気にしなくても良いと思います。
しかし、実際遺族に向かって「ご冥福をお祈りいたします」を使用すると、
違和感があるはずなので
「ご愁傷様でございます」を使う方が無難です。
以上が結論。
以下、詳しい解説です。
ある日弔電（お葬式のときに送る電報）を読んでいて、ふと思いました。
「故人の御冥福をお祈りします」
の「冥福（めいふく）」って何だ？
遺族に対してよく使われる「冥福」という言葉ですが
何となく使っていて何となく意味は分かるのですが、
ちゃんと調べたことはありませんでした。
「福」はわかりますが「冥」という言葉の意味は？
まず「冥」を広辞苑で引いてみます。
「冥」・・・
�，�らいこと。くらがり。やみ。
��道理にくらいこと。
�１�深いこと・例「冥想」
�ぬ椶妨�えない神仏の働き
�セ犖紊寮こΑ〔宿�
お坊さんが、遺族からいただいた御布施に領収書を書くとき
（えっ、お坊さんがそんなことするの、と思われた方もいると思いますが、
書くのです。
相続税が発生するご家庭の場合、
お寺の御布施も相続税控除の対象になるので、領収書が必要になります）
領収書の項目に「冥加料」って書くときがあります。
冥加っていうのは「○○冥利に尽きる」という使い方と一緒で、
神仏のご加護のことを指します。
で、冥加料って言うのは神仏の加護に対する御礼、
ってことで社寺へ納めるお金のことです。
これは「冥」の�い了箸な�ですね。
一方で主人公を絶体絶命の状態に追い詰めた悪者が言うせりふ
「冥土のみやげに・・・」
の冥土（または冥途）ですが
広辞苑によると
「死者の霊魂が迷い行く道。また行き着いた暗黒の世界」
ということになります。
これは「冥」の�イ琉嫐�に近いですね。
さてここまで理解できたところで
「冥福」の意味です。
同じく広辞苑より
「冥福」・・・「みょうふく」とも読む。
�〇犖紊旅�福。使用例「冥福を祈る」
�⊃佑了犖紊旅�福を祈るために仏事を修すること。追善。
ということになります。
というわけで
「御冥福をお祈りします」は
「（故人の）死後の幸福をお祈りします」という意味になります。
さて、この冥福という単語は何か特定の宗教から生まれた言葉ではないので
オールマイティに使えるはずなのですが、こういう意見もあります。
「冥」という字は（暗くぼんやりしてはっきりと分からない）
死後の世界を連想させる。
だから確実に神の国に逝けると考えている一部のキリスト教の場合や
阿弥陀如来の他力本願により極楽浄土に逝けると考えている浄土真宗の場合は
使わない方が良いのでは、
という意見です。
これに対して私は
実際は、「冥福」という表現を使っても問題になることはない
と考えています。
そもそも「冥福」の「冥」にはたしかに 先程述べたように
�，�らがり や �� （はっきりしない）死後の世界
というネガティブな意味もありますが、それ以外に
�ぬ椶妨�えない神仏の働き
という意味もあるのですから、
冥福という言葉を使ったからといって
一概に失礼とは言えないと思います。
葬儀屋さんという仕事柄、キリスト教や浄土真宗のお葬式の最中に
「御冥福をお祈りいたします」
という弔電の文言を何度も代読していますが
宗教者から指摘されることはないです。
（仏教の葬儀の弔電に「天国」の文字が入っているときは
さすがにお坊さんの許可をもらいますが）
それから横浜市の火葬場では、
遺族に渡す書類を入れる封筒に、ずっと前から
大きく「ご冥福をお祈りいたします」と印刷しています。
もし致命的な問題があるのなら、
上記の宗派の方が抗議をしてやめさせているはずです。
つまり
これらの説は、冠婚葬祭のマナー本で良く書かれている
「○○宗の方の焼香の回数は○回」
というのと同じで
信者の方はそれほど気にしていない
というのが実情だと思います。
雑誌のネタとして、もしくはスノッブな一部の人たちの発言として
「冥福」 を使うべきではないという事が言われているだけなのではないでしょうか。
だから実際のところ
お葬式に参列する人は「御冥福をお祈りいたします」の使い方に関しては
特に気にしなくても良いと思います。
ただ、（これも私見ですが）
「御冥福をお祈りいたします」というのは
「哀悼の意を表します」や「お悔やみ申し上げます」と一緒で
口語体ではなく、
弔電の中で使われるのがふさわしい「弔電文語体」だと思うのです。
「御冥福をお祈りいたします」自体が「非日常」な状況で使われるうえに、
さらに「文語体」を口にすることになるので、
実際葬儀のときの挨拶として使われるのを耳にすると
少し不自然というか窮屈（きゅうくつ）な印象をうけます。
もちろん
当事者である、言う方も言われる方も、
当然お葬式という状況に慣れていなくて気持ちにも余裕がないので
はっきりとおかしいって、感じることはないのですが。
ただ、できれば、お葬式の挨拶の際は
「この度はご愁傷様でございます」
を口にするのが一番しっくりくるのではないでしょうか。
関連ページ：
ご愁傷様の意味と正しい使い方
「お悔やみ申し上げます」の意味と正しい使い方
「哀悼の意を表します」の意味と正しい使い方
お葬式で使ってはいけない言葉
<2011年03月08日>記載