創作についての質問です。ギリシャ神話や北欧神話にでてくる神様をモチーフとした...

知的財産権や著作権ではありませんが。
イスラム教のコーラン（教典）の取扱いは注意が必要です。
某キャラがコーランを杜撰に扱ったシーンがあり、問題になりました。
ハリウッド映画「マトリクス」でも、救世主という呼称が
キリスト教圏から指摘を受けたという話もあります。

新訳・新説が元ネタなら二次創作にもなりそうですが

一般に普及しているレベルの神話（原作は言うに及ばず訳本すらも100年近く経ってるようなもの）なら
神話を基にしたオリジナル（一時創作）の認識ですよ

明確な基準は難しいですが、キャラが神話の神の名前を借りた「リングにかけろ」や「魔探偵ロキ」は、その先生のオリジナル作品といえます。
あまりにも元ネタがメジャーすぎて、一次とか二次とかはないと思います。
神話に著作権があるのか？というと分かりませんし…
ただし、キリスト教圏ではそういった名前を使った作品はＮＧになったはずです。
（名詞にゴッドやデビルすら使えないというのを聞いた事がある）