しかし、日本はＩＡＥＡの核査察によって平和目的以外へ転用しないよう厳しくチェックされている。担当する原子力規制庁保障措置室によると、「原子炉の中にあっても、再処理施設にあっても保障措置の下にある」という。

　国内には約５０基の原発のほか、再処理施設や研究炉などの査察対象がある。ＩＡＥＡの対日査察官（日本人は担当できない）は約５０人。査察官の多くはオーストリア・ウィーンの本部から必要に応じて出張するが、一部はアジア事務所（東京）に常駐している。常時監視というわけにはいかないが、転用のしやすさに応じた頻度で各施設を査察しており、継続して査察することで、結果としてその間に転用がなかったという証明ができるようになっている。

　ＩＡＥＡは査察結果を毎年報告しているが、日本は２００３年からずっと、核物質の転用がないことや未申告の核物質・原子力活動がないという結論を得ているという。