一般的な感覚では，皆さんが回答されているとおりかとは思いますが，法的には，条件さえそろえば，取り消すことも絶対に不可能ということではありません。
民法5条は，取引の安全よりも，未成年者の保護を優先した規定です。なので，同条3項の規定を読む場合に，取引の相手方の主観は関係ありません。
20万円なら取り消せるけど2万円は取り消せないと書かれた方がいましたが，では，いくら以上なら取り消せるのか，というのが分かりません。取引の相手方の主観で，「5万円なら，中学生が持ってると思った」と言えば取り消せないというのでは，法の趣旨に反するでしょう。
問題は，5条3項の「目的を定めないで許した財産を処分」にあたるか，です。この部分は，通常は，小遣いやお年玉として与えたお金を子どもが使った場合を想定しています。ですから，お小遣いとして渡したお金の範囲内で購入していれば，取り消すことができませんが，逆に，小遣いを使い切ってしまって，盗んだ金で購入したのだったら，取り消す余地があります。
もっとも，あなたのお子さんは，中学生ということですから，これまでのお年玉や小遣いから，2万円位の貯金はお持ちではないでしょうか。
であれば，その範囲内で，お子さんが購入したと考えられるので，5条3項に該当することになります（お金に色はありませんから）。
この場合，勝手に引き出したお金については，内部関係で，きちんとこどもの貯金から引いて，親に返させればよいかと思います。
余談ですが，お子さんの行為は，窃盗罪(刑法235条)にあたる行為です。中学3年生なら，刑事未成年でもありません。キャッシュカードの盗難については，たまたま親のものなので，有罪であっても刑が免除されます（244条）が，そのキャッシュカードでＡＴＭから金を引き出す行為は，銀行からの窃取行為に当たり，こちらには刑の免除がありません。自分が行ったことが犯罪行為であることをきちんと本人に自覚させることが大切かと思います。
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