ともに反対書簡を監修した明星大の高橋史朗教授は、「今後は日本が反論しても『国際機関が認めたではないか』と返され、何を言っても始まらない状況になってしまう恐れがある」と影響を懸念。「国家戦略として官民一体の態勢をつくり、恒常的に対応していく必要がある」と話す。

　南京事件研究家の阿羅健一さんは「非戦闘員の殺害や略奪行為等があったことは否定できない」とする日本政府の公式見解について、「ユネスコ側から見れば日本政府が事件があったと認めていることになる」と指摘、政府見解の見直しを求めた。

　平成２４年２月に南京事件を否定する発言をした名古屋市の河村たかし市長は１０日、「いわゆる『南京事件』については、根本から議論があるところである。今回のユネスコ登録は極めて残念であり、政府は速やかに抗議すべきである」とコメントした。