作品の舞台は北海道。実は北海道はスタジオジブリが今まで一度も舞台やそのモデルにしたことのない場所なんです！
この作品で宮崎駿監督は、企画初期段階の打ち合わせに少しだけ参加しましたが、その時、舞台に瀬戸内海を推薦したそうです。しかし米林監督は、別に考えられていた北海道の案が原作のイメージにぴったりだと思い、自身の意見を貫いて北海道に舞台を決定しました。
北海道の空は、抜けるような青空より「真珠色」の複雑な色合いを持った曇り空が多いのだといいます。宮崎駿監督作品では描かれることのなかった北海道の「真珠色の空」が、米林監督と種田陽平美術監督のこだわりによってどのように描かれるか、こちらも「思い出のマーニー」のみどころのひとつです。神秘的な雰囲気を持つ空にも注目してみてください。