Q ユーザーファイルのＡｐｐＤａｔａを消したいが

＞ＡｐｐＤａｔａというホルダーがあります。
＞ディスクのクリーンアップを実施しました。
＞これを小さくしたいのですが削除しても大丈夫でしょうか。

原則論を言えば大丈夫ではありません。
Microsoftが広く勧められる方法として標準搭載している不要ファイル削除機能が「ディスククリーンアップ」ですから、それ以外の方法は「自己責任でやってください」と表明しているのと同じことです。

また、個人的には「Appdataフォルダ」にまで手を付けないといけない状況はCドライブの大きさあるいは使い方に問題があると考えるので、他の手段を考えます。

＞確実な方法を教えてください。

「確実」が「安全性が高い」という意味なら（「Appdataフォルダ」限定ではないですが）やはり標準機能である「不要ソフトのアンインストール」「古い復元ポイントの削除」「IEの一時ファイル（キャッシュ）の削除」などになります。

「うっかりミス」なども含め万人には勧められない方法としては「Tempフォルダの中身の削除」「Windows updateのキャッシュや履歴の削除」などもあります。
必要ならば検索してみてください。

あとは利用している各種ソフトについても一時ファイルの削除が個別にできる場合もあります。メーカー推奨の方法なら「確実」と言ってもいいでしょうからマニュアルを確認してみてください。

＞一部ホルダーの削除でも良いです。削除可能なホルダーを教えてください。

わたしは「復元」や「リカバリ」が面倒なので「削除したときにどのような影響があるか」を完全に理解できないファイルやフォルダは削除しないようにしています。特に「隠しフォルダ」は基本的に手を付けません。

ですからこれは他の回答者の方におまかせします。

＞Ｄドライブに移動したあと削除する。ＯＳが必要なホルダーだから削除できない。と、二つの意見があるようです。

上述の通りで「AppDataフォルダ」に手を加えることはしたことがないので私からはなんとも言えません。