PATHは問題無さそうなので、

可能性１：Windowsシステムが壊れかかっている（ipconfig.exeが消えている。他に何が消えているのか不明）⇒Windowsの再インストール

可能性２：タイプミスしている⇒正しくipconfigと打つ

system32ディレクトリに移動して ipconfig などを実行しても駄目ですか?
これで起動するのならpathと実際のディレクトリに何か違いが本当に無いのか・・・
気づかないでシステム関係のディレクトリを名前変えてしまったのに気づいていないとかがあります。

後は・・・あまり考えたくは無いのですがマルウェアに感染していてrootキットが入れられて、
システムが正常に動いていない可能性も有ります。

%windir%\system32 ではなくて
%windir%\System32　にしたらどうでしょう？

OSの種類くらいは記載された方がよいかと。
>C:\Program Files (x86)
というのがあるので、Windows Vista以降の64Bit版だというのはわかりますが……。

とりあえず手元のWindows7 64Bitで確認するとして……。

>またコマンドラインで、は"telnet" , "nslookup" なども同様にエラーが起こります。

telnet.exeは入っていない可能性もあります。
nslookupはさすがに入っていると思いますが……。

>(1)と(2)が一致していないのも不思議でありますが

システム環境変数とユーザー環境変数があるはずですが…どちらに追加したのでしょう？
システム環境変数に登録するべき内容かと思われます。
# とはいえ標準で設定されているはず…なんですけどね。
# ２つ目にC:\windows¥system32;がありますし。

>javaファイルのコンパイル、実行は問題なく行えるのですが...

「C:\Program Files (x86)\Java\jdk1.6.0_19\bin」が設定されているから…でしょう。
# たぶん、こちらがユーザー環境変数のPathに登録されている…のでしょうな。

システム環境変数に変更した内容を適用する為に、OSの再起動が必要かもしれません。
ユーザー環境変数の変更の適用にログオンし直しが必要…な場合もありますが、
コマンドプロンプトを起動し直すだけで適用される場合もあるようで。
# まぁ、再起動した方が確実ではある。

JAVA_HOMEの間違いについてはすでに指摘されている通り…ですかね。

＃２さんの指摘事項が気になるところではありますが…。


あとは……
http://pasofaq.jp/windows/command/path.htm
でPATHEXTがどうなっているか…でしょうか？