歴史的仮名遣いへの疑問や、もし例外的な読みやその為の特殊な文字を無くそうとするならどうするかという提案など。

転呼したハ行(fu/fo/fa/fe/fi/fay/fuy)やワ行(vo/va/ve/vi)に関して次の様にするのはどうか。
・語根のf/vはできるだけ維持する。
・aの直後のfuだった拍がオと読まれる様になった場合、fuを子音としてoが添加されたとみなす。
・fuとその直前拍とが長音化した後、その長音の一拍目を残して二拍目がさらに変化した場合、その二拍目にfを使わない。
・fuとその直前拍とが長音化を回避した場合や長音から非長音へ回帰した場合は、そのfuをfüに変える。
・fo/voだった拍がオ段以外の直後で引き音となった場合は、母音oの脱落によってfo/voがf/uに変化したとみなす。
これらに基づくと、次のようになる。
会ほ[あほ・アオ]: afáu >afo
使へる[つかへる・ツカエル]: tukaferu
葵[あふひ>あふぉひ・アオイ]: Afufi* >Afŭofi
倒す[たふす>たふぉす・タオス]: tafusu* >tafŭósu
酔う[ゑふ>ゐょう・ヨウ]: vyóv, vyovázu, vyóvedo, vyóve, vyovite*/vyoute*/vyótte
言う[いふ>ゆう]: juv, juvazu, (juvédo), juve, (juvite)/(juute)/jutte (これは将来「ゆわない/ゆって」などと活用する様になった場合のものであり、現代共通語では「いふ」)
直衣[なほし>なうし・ノーシ]: Nafosi* >Nafsi
赤魚[あかを>あかう・アコー]: Akavo* >Akau
cf.
アフ >アウ >アオ: afu >afŭo
エフ >エウ >ヨー >ヨウ: efu >joü(jov)
アフ >アウ >オー >オウ: afu >oü(ov)
オフ >オウ >オー >オウ: ofu >ofü
酔ふ[ゑふ・ヨー]: vefu*, vefazu*, vefaydo*, vefe*, vefite*
言ふ[いふ・ユー]: ifu, ifazu, ifáydo, ife, ifite*/ifte*/itte
追ふ[おふ・オウ]: ofü, ofazu, ofáydo, ofe, ofite*/ofte*/otte
覆ふ[おほふ・オーウ]: ofofü, ofofazu, ofofáydo, ofofe, ofofite*/ofofte*/ofotte
襖[あを・アオ]: Au* >Ávo
芭蕉[ばせを・バセオ]: Baseu(Xaseu) >Basevo*(Xasevo*)
放る[はふる]: xaxuru*
放る[はふる・ホール]: xafuru
屠る[はふる]: xaxuru*
屠る[ほふる]: xoxúru
屠る[ほふる・ホール]: xofuru*

撥音の連声にṁ/ṅを使わないのはどうか。
観音[くゎんのむ・カンノン]: Kwannom
因縁[いんねん・インネン]: Innen
云々[うんぬん・ウンヌン]: Unnun
銀杏[ぎんなん・ギンナン]: Ginnán
反応[はんのう・ハンノー]: Xannog
輪廻[りんぬゑ・リンネ]: Rínnwe
天皇[てんぬゎう・テンノー]: Tennwág
陰陽[おむみゃう・オンミョー]: Ómmyag
三位[さむむゐ・サンミ]: Sámmwi
感応[かんのう・カンノー]: Kannog
三悪[さんなく・サンナク]: Sánnaku
三惑[さんぬゎく・サンナク]: Sánnwaku

促音にq/cを使わずに長子音として扱ってはどうか。
格好[かっかう・カッコー]: Kakkau
学校[がっかう・ガッコー]: Gakkau
遡及[そきふ・ソキュー, さっきふ・サッキュー]: Sokifu/Sakkifu
石鹸[せっけむ・セッケン]: Sekkem
陸行[りっかう・リッコー]: Rikkag
力行[りっかう・リッコー]: Rikkag
六法[ろっぱふ・ロッポー]: Róppafu
百方[ひゃっぱう・ヒャッポー]: Xyappág
北方[ほっぱう・ホッポー]: Xoppag
洗濯機[せんたくき, せんたっき・センタッキ]: Sentákuki/Sentákki
適確[てきかく, てっかく・テッカク]: tekikaku/tekkaku

語源に従い、終助詞「ワ」の歴史的仮名遣いを「は」とするのはどうか。
するは・スルワ: surúfa
ないは・ナイワ: náifa

「硫黄」には、その語源が「湯泡(ゆあわ)」かどうかはともかく、「ゆわ/ゆわう」という古形があるので、これを基に綴る。
また、「黄」の字音を基準にしても良い。
硫黄[いわう・イオー]: Juva*/Juvau* >Ivau
硫黄[いわう・イオー]: Ivag

「茗荷」の歴史的仮名遣いは一般的に「めうが」とされるが、「茗」の字音meg*/myag*や元の語形「めか」と合わない様にも思われる。
茗荷[みゃうが・ミョーガ]: Myagga
茗荷[めうが・ミョーガ]: Meuga

東国方言「…なふ」の連体形「…なへ」から現代共通語「…ない」への変化を「おまい」や「元い」の変化と同列に扱って良いのかがわからない。
おまい: Omafe >Omai
元い[もとい]: Móto fe >motófe >motoi
…ない: …nafe* >…nai* (?)

サ変や一段活用に接続する「…よう」をとりあえずjouとしてあるが、eu/heu/jeuであってはならないとする為の理由があるのかわからない。