こちらが一方的に認める場合にはこの方法でしょうけれど、相互契約なら、相手の自筆のサインのある書類が欲しいと思います。（本来弁護士などに問い合わせないと解りませんが）相手に、直筆サインの書類を送ってくれるようにお願いしてはどうでしょうか？

この場合、まず、両側で一枚ずつ直筆サインした書類を相手に同時に送付すれば、それぞれがサインして終了ですが。（それぞれに各１枚の書類が残ります。また双方とも直筆サインです）

いずれにせよ、私には法律的な裏づけは解りません。
何らかの揉め事の際に、合意文書の体裁として意味を成すのかどうかを、相手国の法的専門家に確認を取る必要性がありませんか？

秘密保持契約というものが具体的に何を指すのかわからないのですが、少なくともアメリカでは、PDFでの書類のやりとりも自筆サインをスキャナーで取り込む方法は各種一般契約では有効です。
実際、私もつい最近自動車など保険関係で、リニューアルやキャンセルの手続きをとりましたが、いずれも相手側のサイン（直筆）のコピーがスキャナーで取り込まれたPDFでした。私はそれをプリントアウトし、自筆のサインをしてFAXで送り返しました。この場合両方ともサインは自筆ではありません。ですが書類としての有効性はきちんとあります。
ただ、個別具体的契約の内容によっては、直筆以外認めないというものがあっても不思議ではないので、やはり電話で相手に自筆サインでなくとも書類の有効性に問題がないかどうかお確かめになる方がより安全だとは思います。

参考程度に留めてください。commercial laｗでは契約書の基本は何処の国でも同じなはずです。但し、英国と米国では、契約概念の取り扱いについて多少の違いがあるようです。前者は、口語に置いてでも契約は法的に成り立つことがあり得る。（例えば、業務日誌が常に正確に処理をされて、其処に口語で契約をしたことが詳細に亘り記述してある場合等）。所が、後者は、契約書にサインが為されているかが紛争の際に問題の焦点になり得る・・・・・

と言いながらも、法に準じて仕事をすすめないと言い張れば、契約も無しになる羽目になる時もあるでしょう。「仕事が無きゃ金にはなりません。」であれば、コピーにまずサインをして送り返すと同時に、正副本を”貴方が”作成して、サインをして先方に送に送り、一通にcounterサインを貰い送り返してもらう手続きをとることです。

arbitrationの場所の確認をすること、社則を確認して行動を起せば何も考える必要はないのでは？

米国では、

１．　In 2000, President Clinton signed into law the Electronic Signatures in Global and National Commerce Act (E-SIGN Act).

2. At the state level, the Uniform Electronic Transactions Act (UETA), passed by 46 U.S. states, provides mcuh the same protections to electronic signatures and records.(May 2008の記事）

となっているようので基本的にはいいようです。が、業界、州によっていろいろあったり、その電子式署名の方法にもいろいろ関係してくるようで、裁判を意識すれば、

Your electronic signature may be a legal signature, but it could be tossed out of court if the judge feels that the signature process did not provide the appropriate level of assurance.

という認識もあるようです。

日本では、2002年4月1日に電子署名法が施行されているようで、署名の仕方方式には規定があるようです。

で、実務ですが、その秘密保持契約の相手が米国（それ以外の国でもいいですが）としたら、（１）準拠法の視点、（２）署名方法、（３）問題発生の可能性（従来の署名式のものと比し)などの点から、その電子署名方式は受け入れ（それでその契約下の活動は開始）、ただし、従来の方式でのもので正式なものはやり取りする（それを正式契約原本とする）、と返事・要請してはどうでしょう（相手にとっても手間がかかるわけでもないし）。国際契約の弁護士に相談すれば、そのような意見(というより指示）が来るでしょう（オンラインで購買するようなもののサインではないですから）。

私は実務では、会社の契約書では電子式は経験していません（＝まだ一般的でないのでしょう。特に法律が異なる国際契約では）。が、メールで署名済みの契約書を受け取り、それで契約上の活動をスタートさせることは数度経験しています。が、すぐ従来の方式で正式なものを受け取りファイルです（もちろんそれが「正本｝です。

相手企業が米国としたら、一般的に米国で良しとされているものは世界でも・・・という傾向はあるかと。あまり「国際的でない国」からかも？

でも、将来は世界で統一的なルールが確立されてきて、主流になっていくのでしょうね。

Hope this helps.