歴史的仮名遣いへの疑問と、それに対する対応を提案します。

転呼したハ行(fu/fo/fa/fe/fi/fay/fuy)やワ行(vo/va/ve/vi)に関して
・語根のf/vは維持する。
・引き音化した後、さらに語形が変化した場合にはfuを使わない。ただし、引き音から非引き音への回帰だけで説明できる場合は除く。
・fo/voのウ音化は母音脱落によるもの、fe/fay/veのイ音化はヤ行音化と母音脱落によるものとみなす。ただし、ア行のイとワ行のヰとが音韻的に区別されている時期に於けるヰ音化なら、母音変化(e/ay>i)とみなす。
これらに基づくと、次のようになる。
会ほ[あほ・アオ]: afáu >afo
使へる[つかへる・ツカエル]: tukaferu
酔う[ゑふ>ゐょう・ヨウ]: vyóv, vyovázu, vyóvedo, vyóve, vyovite*/vyoute*/vyótte
言う[いふ>ゆう]: juv, juvazu, (juvédo), juve, (juvite)/(juute)/jutte (これは将来「ゆわない/ゆって」などと活用する様になった場合のものであり、現代共通語では「いふ」)
葵[あふひ>あをひ・アオイ]: Afufi* >Avofi
倒す[たふす>たをす・タオス]: tafusu* >tavósu
直衣[なほし>なうし・ノーシ]: Nafosi* >Nafsi
赤魚[あかを>あかう・アコー]: Akavo* >Akau
おまい: Omafe >Omai
元い[もとい]: Móto fe >motófe >motoi
…ない: …nafe* >…nai*
cf.
酔ふ[ゑふ・ヨー]: vefu*, vefazu*, vefaydo*, vefe*, vefite*
言ふ[いふ・ユー]: ifu, ifazu, ifáydo, ife, ifite*/ifte*/itte

語源に従い、終助詞「ワ」の歴史的仮名遣いを「は」とする。
するは・スルワ: surúfa
ないは・ナイワ: náifa

「硫黄」には、その語源が「湯泡(ゆあわ)」かどうかはともかく、「ゆわ/ゆわう」という古形があるので、これを基に綴る。
また、「黄」の字音を基準にしても良い。
硫黄[いわう・イオー]: Juva*/Juvau* >Ivau
硫黄[いわう・イオー]: Ivag

「茗荷」の歴史的仮名遣いは一般的に「めうが」とされるが、「茗」の字音meg*/myag*や元の語形「めか」と合わない様にも思われる。
茗荷[みゃうが・ミョーガ]: Myagga
茗荷[めうが・ミョーガ]: Meuga