歴史的仮名遣いへの疑問と、それに対する対応を提案します。

転呼したハ行(fu/fo/fa/fe/fi/fay/fuy)やワ行(vo/va/ve/vi)に関して
・語幹末のf/vは維持する。
・引き音化した後、さらに語形が変化した場合にはfuを使わない。
・ワ行fo/voのウ音化は母音脱落によるもの、fe/fay/veのイ音化はヤ行音化と母音脱落によるものとみなす。ただし、ア行のイとワ行のヰとが音韻的に区別されている時期に於けるヰ音化なら、母音変化(e/ay>i)とみなす。
これらに基づくと、次のようになる。
会お: afáu >afo
使える: tukaferu
酔う(ゑふ>よう): vefu*, vefazu*, vefaydo*, vefe*, vefite* →jóv, jovázu, jóvedo, jóve, jóvite/jótte
言う(いふ>ゆう): ifu, ifazu, ifáydo, ife, ifite/itte →juv, juvazu, (juvédo), juve, (juvte)/jutte (この「ゆう」は、将来「ゆわない/ゆって」などと活用する様になった場合のものであり、現代共通語では「いふ」)
葵(あふひ>あをひ): Afufi* >Avofi
倒す(たふす>たをす): tafusu* >tavósu
直衣(なほし>なうし): Nafosi* >Nafsi
赤魚(あかを>あかう): Akavo* >Akau
おまい: Omafe >Omai
元い: Móto fe >motofe* >motoi

茗荷(ミョーガ)の歴史的仮名遣いは一般的に「めうが」とされるが、「茗」の字音meg*/myag*や元の語形「めか」と合わない様に思われる。
茗荷: Myagga