意識を失ったナルトが目覚めると、見たこともない光景が広がっていた。天空にまでそびえるいくつもの塔に囲まれた街。なにが起こったのかわからないまま、再びムカデを探し始めたナルトは、街の女王サーラと出会う。

ここは、栄華の絶頂時代にある「楼蘭」の街なのだ！若き女王サーラは民に愛され、街は平和だった。しかし、謎の大臣アンロクザンが恐ろしい兵器を作っているという黒い噂が広がっていた……。

ミナト「いまから6年前、一人の未来から来た忍がいた。君と同じように、突然ね。」

大臣アンロクザンの正体は、ムカデだった！素性を隠し力を蓄え、この時代で再び龍脈のエネルギーを狙っている！恐るべき陰謀を知った三代目火影・猿飛ヒルゼンは、ミナト・チョウザ・シビ・カカシの四人一組に指令を下す！千の塔を飛びかう忍たち、ムカデ操る傀儡軍団との死闘、目にも止まらぬハイスピードアクション、ナルト、サーラ、そしてミナトたちの戦いが今始まる！

―この出逢いは、運命を変えることが出来るのか？

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