宇宙世紀0079――スペースコロニー“サイド3”はジオン公国を名乗り、人型機動兵器モビルスーツ“ザク”を実戦に投入して、地球連邦に独立戦争を挑んできた。その結果、戦争は人類の半数以上を死に至らしめ、両陣営は今や膠着状態に陥っていた。

地球連邦軍は起死回生のため、新型モビルスーツ“ガンダム”の開発に成功。だが、辺境のコロニー“サイド7”へガンダム受領に向かった連邦ホワイトベースは、ジオン公国軍の精鋭シャア・アズナブル少佐の巡洋艦ムサイに追跡されていた。偵察に向かったシャアの部下の一人ジーンは、功を焦ってザクによるガンダムへの攻撃を開始し、サイド7は大混乱に陥った。戦火に巻き込まれたサイド7の少年アムロ・レイは、隣人たちの危機を見てガンダムの操縦席へ乗りこみ、起動する！かろうじて2機のザクを破壊することに成功したアムロだったが、それは長い戦いの始まりに過ぎなかった。

大破したサイド7は人の住めない状態になりつつあり、正規軍人たちの大半も死傷してしまった。士官候補生のブライト・ノアたち少年兵たちと避難民の少年少女たちは、生きのびるために協力してホワイトベースで脱出し、南米大陸にある連邦本部ジャブローを目ざそうと発進する。しかし、「赤い彗星」と異名をとるシャア少佐は連邦側モビルスーツの機密奪取のため、自らザクを駆って執拗なる追撃を重ねていた。大気圏突入のタイミングで攻撃を受けたホワイトベースは、目ざす南米ではなく北米大陸へと追いこまれる。そこはジオン公国を指導するザビ家の末弟ガルマの制空権内であった。

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