自分で考えているだけならあなたが作った箱の中にいるだけ
いろいろな人と交わり経験しましょう。
いろいろな本を読み見聞しましょう。

自分を信じてやってみる。そこからいろいろな事を考えましょう
なぜ出来なかったのか？やり方は、方法は、時は適切であったのか？

信じる事と別にして
仏教にも良いところがありまたキリスト教にもいいものがあります
一度読む事をおすすめします。考え方はすごく面白いですよ

こんにちは。
当たり前のようなことですが、脳に就いて勉強して下さい。

＞たとえば、脳の電気信号が思考の元になっていて、その暗号を解読したいのか？
＞または、本当に神が存在して私たちをあやつっていてその神がどうして私たちを生んだのかを知りたいのか？

このアプローチは両方ともお勧めできません。
思考というのは信号単位で解析できるものではありませんし、神が私たちを生んだのではなく、私たちの脳が神を生み出したんです。このようなことを理解する手段として、哲学と心理学は既に限界を超えています。そして、人間の脳から思考そのものをメスで切り取ることはできません。
既に科学が解明したことを哲学で論ずるのは無意味ですし、心理学はもはや単なる仮説の山で、どれひとつに対しても結論を出すことはできません。そして、解剖学で思考や感情を扱うには技術的にも倫理的にも制限があります。
このような状況の中で、この先、我々の脳の機能や営みを科学的に解明することができるのは、現時点では「コンピューター撮像解析」という新たな手段を手に入れた「脳医学」もしくは「認知科学」しかありません。現在これらの分野では、活動中の脳、即ち、生きた人間の心を物理量として捉えることに着々と成功しています。哲学はともかく、このような成果によって、従来の心理学は今後大幅な変更を強いられることになると思います。

質問者さんの疑問に一発で答えてくれる本はまずありませんよね。取り敢えず、ひと月くらいは脳医学や認知科学に関する本を手当たりしだいに読んでみて下さい。脳医学の歴史は破壊実験の歴史そのものです。
脳の何処を破壊したらどうなった。
何処が病気になったらどんな症状が出た。
恐らく、どの本を読んでもそれが延々と続くはずです。だいたい、本を書いている脳医学の先生方がそれを学んで育った人たちなんですね。
どうでもいいから、早く結論だけ書いてくれ！
思わずそう叫びたくなりますが、それにめげてはなりません。何でもそうですが、ある程度の事情を頭に入れたら次ぎのステップに進めます。脳は、そこからが面白いですよ！

お役に立つかどうかは分かりませんが、一冊だけご紹介します。

「脳と物理学－物理学は脳を理解できるか」武田　暁 著（裳華房）

素人向けですが、ふたつの意味で結構な良書です。
たいへん分かりやすい上に、脳に対して果敢なほど力学的なアプローチが成されています。
もうひとつは、著者が物理学者であり、破壊実験の歴史を学んでいないということです。
ある程度のものを読んで、知識とストレスが溜まったら手にしてみるのも良いと思います。この学者さんは、物理学から一転、一から脳医学の勉強を始めて成果を収めました。実は、それをまねしたというわけではないのですが、私も脳の勉強を始めて半年程度になります。質問者さんと同様に、最初は全面真っ白でした。私の目標は「感情とは何か」です。お互い頑張りましょう。

質問者がそのような疑問を持つのはもっともなことで、宗教、科学、哲学は、世界が何故このようにしてあり、それを見ている我々はいったい何なのかを違う方法で追及しているに過ぎないのかもしれません。
しかし我々がこの世界にいて、人間としての生を一定期間過ごすことは確かでしょう。そのなかでできることを考えるしかありません。

文面からするとまだお若いようですので、アドバイスとしては、
・宗教。特にオカルトは近づかないほうが無難です。
・科学は数学を拠り所にして、他に較べてより精密に世界を理解しようとしているので、おすすめ。
・哲学は行き着くところまできたので、もう終わっている（伝聞ですが）。歴史として意味があるくらいらしい。

くらいです。唯物的世界を徹底的に極める事を目標に置けば、道が見えてくるかもしれません。くれぐれも社会から離れる道は選択されないように。

この質問は、おそらく古来から多くの人間が考えて、今もなお沢山の人が興味を持っている問題だと思います。ただ、答えは出ていない（宗教的、個人的な見解のレベルでは、ある程度は出ているようですが、科学的な（これは論理的に矛盾が無いと言うこと）立場では一般的に答えは出ていません）と思います。だから、もし、あなたが本気でこの問題について取り組みたいと思われるのなら、脳研究を行っている所へ行かれてはどうですか？自分で出来ない場合でも、何らかの説が出された時、それを理解し、評価する能力（生物学、解剖学、量子化学、量子力学、などを理解しておく必要があります）が得られると思います。それと、方向（正解の方向）なんか、誰も知らないのですから、回答も出来ないですね。ただし、脳研究で有名な人達（茂木さんとか中田さんとか）の著書を読む（出来れば、原著論文に立ち返って読む）事が出来る最善の方法だと思います。ただ、読んで理解するために必要な基礎知識は、膨大です。
ある程度の実験結果は、公開（論文として）されますから、基礎知識がついた上で、ユニークなアイデアがあれば、自分で何らかのモデルをたてる事も可能かもしれないですね。　いずれにしても、医学部、理学部、薬学部、のあらゆる学問をすべて吸い上げる勢いが必要です。頑張れば出来るかもしれませんし、それだけの価値はある問題ですね。