以下は参考になりそうなところです
http://www.geocities.co.jp/Berkeley-Labo/3744/ensyu01.html

現在の株主にとって不利な点を列挙いたします。
１．発行株式数が増加する事になりますので、株式の需給関係が緩み上値が重くなるあるいは売られやすくなる
２．新たなる増資分以上の利益成長がないならば、1株当たりの利益が減少し、受取配当金や配当余力が低下する

このような点がポイントだと思います。勿論、本増資により新たな投資を行い増資した率以上の利益成長が見込める場合は現状の株主にとってもメリットがあるのですが、このような例は見かけた事がありません。
危なくなった企業の救済的な意味合いがむしろ強いのではないでしょうか。そのような場合も倒産を免れるという観点からみればメリットがないわけではありませんが、上値を重くするという点では投資妙味がうすれたと言えると思います。

御参考にどうぞ

増資を、誰に増資を受けてもらうかで分けると、株主割当、公募、第三者割当の三つに分けられます。

株主割当は、既存の株主に対してのみ、その出資比率に応じて増資を引き受けてもらうので、発行価格が高いか安いかに関わらず、株主間の有利・不利はありません。高い価格で増資しても、その分必ず会社の純資産は増えて、その増えた額への権利は出資比率に応じて既存の株主が持つからです。（高い価格で発行した金を有効に使えるのかどうか、という問題は勿論ありますから、既存の株主も増資を引き受けたくなければ受けないオプションもあります。しかしそれはあくまで、株主自身の判断によるものです。）

公募と第三者割当は、いずれも増資後出資比率が変わるので、あまり安い価格で増資すると、増資を受けなかった（受けられなかった）株主にとっては不利になります。（安い価格で増資を受けた＝買った株主も、そうでない株主も、一株当たりの権利は同じですから。）
この２つのうち、「既存株主にとって不利かどうか」という点は、どちらかというと、第三者割当増資の方でより問題視される傾向がありますが、それは、公募は誰が増資を引き受けるのか事前にはわからないのに対し、第三者割当は最初から特定の株主（既存の株主の場合もあれば、全く新しい株主の場合もある）向けに増資する為、何らかの意図が働きやすいからです。

第三者割当増資が発表された翌日の株価がどうなるかは、一般論ではなんとも言えません。
例えば、有力な大企業が第三者割当増資を引き受けて、その増資をする会社を系列化する、って事なら、発行会社にとっても全く新たな利益の源泉が生まれる事につながる可能性があり、株価は跳ね上がるかも知れません。一方、従来から（子会社ではないが）大企業の傘下に入っていて、業績が悪化の為、その大企業から何らかの形での支援を市場が期待している時に、小額の第三者割当が発表されれば、失望売りがでるかも知れません。勿論、上に述べたように発行価格の時価との差も影響を及ぼします。

ただ、あえて無理を承知で一般論を言うなら、第三者割当増資は、業績の芳しくない企業が誰かから支援を受ける例が多いので、発行価格が時価を下回っておらず、市場が期待していた規模を下回るような増資でなければ、もしくは増資を受ける株主が氏素性のはっきりしないところで無ければ、財務体質の強化につながるので、ポジティブかあるいは中立か、といったところで、それほどネガティブに捉えなくても良いとは思います。（ヘロヘロの会社にとっては、株式数の増加と言う長期的なデメリットよりも、やはり目先の増資資金の方が重要でしょうから…。）
勿論、発表当初は好材料と受け止められていても、時間と共に状況が明らかになれば、（例えば、有力外資との戦略的提携のように受け止められたが、実は独立性を失う「半子会社化」だったとか）ネガティブな材料に変わる事もあります。

勿論、増資によって発行済み株式総数が増えても、会社全体の利益はそれ以上に増やして、一株当たりの利益を増加させて行かないと、中長期的には株価は上がって行かない、というのはNo.1の方が指摘された通りです。ただ、これは第三者割当増資に限らず、公募増資やCB、ワラントの発行などいわゆるエクイティファイナンスについては、すべてについて言える事です。（公募、CBやワラントは、その時点では業績の良い会社がやるので、潜在的なものも含む株数の増加には、相対的には注意が払われないだけの事です。）