北海道新幹線を含む整備新幹線の建設にあたっては、原則として新幹線開業後の並行在来線の経営をJRから分離し、第三セクターなどが経営を引き継ぐことになっている。鉄道事業法上はJRが並行在来線の廃止を届け出て、第三セクターなどが鉄道事業の許可を新たに申請する必要があるため、JR北海道は五稜郭~木古内間の廃止を届け出た。
江差線は五稜郭~木古内~江差(江差町)間79.9kmを結ぶJR北海道の鉄道路線だったが、このうち木古内~江差間42.1kmは2014年5月11日限りで廃止されている。今回の五稜郭~木古内間の廃止届出により、JR線としての江差線は全て廃止されることになる。