Excel2007上から新規作成してますか？

初めからExcel2007で作成された拡張子が「.xlsx」のファイルではないものを扱っているのではないですか？
Excel2003以前の形式で保存されたファイルでは65536行までです。
この場合、2007以降の形式で保存しなおせば1048576行まで扱えます。

EXCELで65535行以上のデータを扱うには、保存形式が「xlsx」である必要があります。
XLS形式（97～2003互換形式）だと65535行までしか表示されません

ちょっと手元にExcel2007がないので未確認ですが、新規作成時は65535行までしか扱えないようになっているのかも
ｘｌｓｘ形式で保存してはじめてそれ以上の行数が扱えるようになるのではないかとおもいます

　Ｅｘｃｅｌ2007よりも前のバージョンのＥｘｃｅｌファイルと、Ｅｘｃｅｌ2007以降のバージョンのＥｘｃｅｌファイルでは、ファイル形式が異なっているため、Ｅｘｃｅｌ2007よりも前のバージョンのＥｘｃｅｌで、Ｅｘｃｅｌ2007以降のバージョンのＥｘｃｅｌファイルを開こうとしますと、不具合が発生する恐れがあります。
　そのため、Ｅｘｃｅｌ2007よりも前のバージョンのＥｘｃｅｌでは、Ｅｘｃｅｌ2007以降のバージョンのＥｘｃｅｌファイルを開く事が出来い様にするために、Ｅｘｃｅｌ2007以降のバージョンのＥｘｃｅｌファイルでは、それ以前のものとはファイルの拡張子（ファイル名の末尾につけられる、ファイルの種類を表す文字列）をそれ以前のものとは変更しています。
　只、Ｅｘｃｅｌ2007以降のバージョンのＥｘｃｅｌを使用して、Ｅｘｃｅｌ2007よりも前のバージョンと共通して使用するＥｘｃｅｌファイルを編集する事も考えて、Ｅｘｃｅｌ2007以降のバージョンのＥｘｃｅｌでも、あえて古いファイル形式で保存する事も可能となっています。
　古いバージョンで作成したファイルや、あえて古いバージョンに合わせた形式として保存したファイルは、ファイルの拡張子が「.xls」となっているのに対して、Ｅｘｃｅｌ2007以降のバージョンに合わせたファイルは、拡張子が「.xlsx」となっています。

　もし、新規にファイルを作成した場合にも、「.xls」形式と同様の65536行までしか現れない場合において、最初から「.xlsx」形式のファイル（行数が104万8576行）が現れる様にしたい場合には、次の様な操作を行うと良いと思います。

[ファイル]タグをクリック
　　↓
現れた[オプション]ボタンをクリック
　　↓
現れた「Ｅｘｃｅｌのプション」ダイアログボックスの中にある[保存]ボタンをクリック
　　↓
現れた[ファイルの保存形式]欄をクリック
　　↓
現れた選択肢の中にある[Ｅｘｃｅｌブック(*xlsx)]をクリック
　　↓
「Ｅｘｃｅｌのプション」ダイアログボックスの[OK]ボタンをクリック


　それとも、もしかしますと、Ｅｘｃｅｌ2007よりも前のバージョンのＥｘｃｅｌで作成したファイルか、或いは、Ｅｘｃｅｌ2007よりも前のバージョンのＥｘｃｅｌで作成したファイルを基にして作成したファイルを使用されてはいないでしょうか。

　もし、古いバージョンで作成したファイルを、2007以降のバージョンに合わせて、65536行以上に変更される場合には、そのファイルを保存する際に、次の様な操作を行って、一旦、「.xlsx」形式のファイルとして保存した後で、そのファイルを再度開き直されると良いと思います。

[ファイル]タグをクリック
　　↓
現れた[名前を付けて保存]ボタンをクリック
　　↓
現れた「名前を付けて保存」ダイアログボックスの[ファイルの種類]欄をクリック
　　↓
現れた選択肢の中にある[Ｅｘｃｅｌブック(*xlsx)]をクリック
　　↓
「名前を付けて保存」ダイアログボックスの[保存]ボタンをクリック
　　↓
必要があれば「.xlsx」形式のファイルに変化したファイルを再度開き、作業を行なう