#1です。
>確認しましたが、Default(MS932)となっています。
MS932=ほぼSJISと考えてよいでしょう。
(実際は機種依存文字などの扱いが違う)
ちなみに、私のeclipse環境(3.2.2日本語化済)では
SJISという項目もありました。
>確認しましたが、確かにShift_JISでした。
ソースがSJISエンコーディングで別のエディタで開いたとき、
文字化けしていませんでしたか?
文字化けしていた場合、ソースファイルの文字コード情報自体が崩れています。
その場合適切な文字コードでファイルを作成し、SJISで再度ファイルを作り直してみてください。
文字化けしていない場合、
SJISのファイルがeclipseのSJIS(MS932)で見れないという事になるので、
eclipse自体に問題がある可能性があります。
最インストールなどを試してはいかがでしょうか?