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次世代シークエンス解析スタンダード

二階堂愛 (編集)

株式会社羊土社

404 頁 (2014年9月)

eBook Price(ダウンロード販売): ￥5,940 (税込)

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もはや次世代ではないNGSの新常識と現場のノウハウを集約した決定版！

エピゲノム研究はもとより、医療現場から非モデル生物、生物資源まで各分野の「NGSの現場」が詰まった一冊。コツや条件検討方法などWET実験のポイントや、データ解析の具体的なコマンド例がわかる！

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製品説明

	AndroidOS 2.1 以降
	原則、国内キャリア経由で販売される端末につきましてはサポートする方針で対応を行っております。端末固有の問題が発生した場合には実機を入手し動作確認を行います。なお国内キャリア経由の販売であっても、Google Play Store非対応の端末ではアプリ本体のダウンロードがいただけないため、お使いいただけません。
	外部メモリ：62.4MB以上（インストール時：156MB以上）コンテンツのインストールにあたり、無線LANへの接続環境が必要です（3G回線によるインストールも可能ですが、データ量の多い通信のため、通信料が高額となりますので、無線LANを推奨しております）。コンテンツの使用にあたり、M2Plus Readerが必要です。 *AndroidOSでの導入方法の詳細はこちら

	iOS 5.0 以降
	対応機種： iPad 、 iPod touch第4世代、 iPad Air 、 iPad Air2 、 iPad mini 、 iPad mini 3 、 iPad mini Retina 、 iPad2 、 iPad第3世代、 iPad第4世代、 iPhone4 、 iPhone4S 、 iPhone5 、 iPhone5c 、 iPhone5s 、 iPhone6 、 iPhone6 Plus 、 iPod touch第5世代
	外部メモリ：27.1MB以上（インストール時：58.9MB以上）コンテンツのインストールにあたり、無線LANへの接続環境が必要です（3G回線によるインストールも可能ですが、データ量の多い通信のため、通信料が高額となりますので、無線LANを推奨しております）。コンテンツの使用にあたり、M2Plus Launcher 2.3.0以降が必要です。 *iOS/iPhoneOSでの導入方法の詳細はこちら

iOS/iPhoneOSについては諸般の事情により、対応が遅れております。大変申し訳ございません。現在のところ、８月下旬の対応を予定しております。大変恐縮ですが、今しばらくお待ちいただければ幸いです。


	Tablet（タテ）		Tablet（見開き）


	iPad（タテ）		iPad（見開き）

1 分子リアルタイムシークエンサー 3C 3C-qPCR で増幅がみられない 3C アッセイ 3C 制限酵素切断効率が低い 16S rRNA 454 GS FLXT 454 GS Jonior 1000 人ゲノム AbrB ACGT 認識 AciI AMPure XP Kit AWS（Amazon Web Services） BALM BAM bash BED ファイル BioProject BIOS BioSample BioSample ID bowtie BWA CAGE 法 CCGC 認識 CCS Cell Innovation Project CentOS ChAP ChIA-PET ChIA-PET サンプル調製時のローテーター ChIA-PET のライブラリーの確認方法 ChIP ChIP-DNA の収量が悪い ChIP-seq ChIP-Seq の結果が悪い ChIP-Seq をやったがピークがみられない Chromatin Immuno-Precipitation Chromosome conformation capture "command not found：perl" などと表示される "command not found：wget" などと画面に表示される Conserved Score COSMIC CpG アイランド Cuffdiff Cufflinks curl DBCLS dbSNP DDBJ DDBJ Pipeline DDBJ Pipeline 基礎解析部 DDBJ Pipeline 高次解析部 DDBJ センター de novo アセンブリ de novo ゲノムシークエンス depth DGE DNApod（DNA Polymorphism Annotation Database） DNase I DNase I フットプリント DNase-seq DNA 回収量が著しく低い場合の対応 DNA シークエンス DNA シークエンスにおけるライブラリ調製試薬の一覧 DNA 消化 DNA- タンパク質複合体の精製 DNA プール調製の具体例 DNA メチル化 DNA メチル化解析とは DNA ライブラリの調製 DRA D-way EBCall EBI ENA ENCODE ERCC control ERROR：Could not find a package ERROR：The previous process exited with error code. export コマンド F2 で変異形質を示す個体を選択 FAIRE FASTA fastCAGE 法 FASTQ featureCounts FFPE サンプル Fisher's exact test Fisher 検定の精度 fold change FPKM GAIIx Galaxy Galaxy Cloudman GATK GeF-seq GenomeJack Genomon-exome Genomon-Fisher GFF GPGPU GS FLX ＋ GS Junior GTF GVF HapMap HELP-tagging 法 HELP 法 HGAP HiSeq HiSeq2000 HiSeq2500 His-tag 融合タンパク質 HLA homebrew HpaII HpyCH4IV IGV（Integrative Genomics Viewer） IMC array edition software indel Indel コールのfalse positive が大量に出た Index 配列 input DNA INSDC Intel Xeon Phi コプロセッサ Ion PGM Ion Proton Ion Torrent 半導体シークエンサー JGA（Japanese Genotype-phenotype Archive） Large Hypomethylated Domain LIMprep linker-mediated PCR LoD LPM（Local Package Manager） LPM のインストール LPM のもう少し進んだ使い方 LPM のユーザーサポート MACS Mag Bead Maser MBD-seq MethylMiner Methylated DNA Enrichment Kit MeDIP-seq MiGAP MiSeq mpsmap MspI MutMap MutMap pipeline による解析 nAnT-iCAGE NBDC NBDC ヒトデータ共有ガイドライン NCBI Nextera 通常プロトコールとの違い NextSeq500 Novoalign ORF 予測 OS OTU 解析 PacBio RS PATH PBJelly PCR 重複（Duplicate） PCR フリーショットガンライブラリ作製 Perl のモジュール Phase-defined sequencing によるHLA 遺伝子配列決定 pmapsr porg Python のモジュール QC ツール QC について QIAquick PCR Purification Kit qPCR でのenrichment が悪い Quality Value Quiver RAD-seq RADtools RECLU RedHat Enterprise Linux RIN 値 RNA-Seq RNA-seq ライブラリのインサートサイズ RNase の混入 RNA シークエンシング RNA 抽出 RPKM RS Dashboard RS Remote Ruby のモジュール R コマンドインタプリタ R シェル SAM/BAM Sample Prep Calculator SAMtools SMRT SMRT Analysis SMRT bell SMRT Cell SMRT Pipe SMRT Portal SMRT View SNP SNP-index 解析 SNPTools による多型の抽出とインピューテーション spike-in control Sprai SRA Stacks stranded RNA Seq SureSelect ターゲットエンリッチメントシステム tar ball Top-Hat TPM Trackster Trinity Trinity2BLASTP Ubuntu Linux UCSC UCSC Genome Browser UGE（Univa Grid Engine） Umbrella BioProject "unable to resolve host address" というエラーメッセージが出る UTGB Toolkit VCF Web デザインツール WES（whole exome sequencing）法 wget WIG yum ZMW ZMW Loading for Productivity アセンブルアノテーションワークフローアライメントエラーが多いありふれた疾患アンプリコンシークエンス鋳型調製イソシゾマー一部の５ '-CCGG-3' サイト（数百?数千）にのみ配列がマッピングされる場合遺伝研スパコン遺伝子機能プロファイリング遺伝子コード領域や調節領域に変異が確認できない遺伝子診断遺伝子発現の定量方法遺伝子レパートリーイネイネの食味関連の候補SNP インストール履歴インタラクティブノードインデックス管理インデックス配列インピューテーションエクソーム解析とはエクソームキャプチャーエラーの起こりやすさ演算装置エンハンサー領域の同定オープンクロマチン領域オペレーティングシステムオリゴ配列カーネル海水からの海洋細菌叢検体核酸濃度の影響カスタムパネルデザインカバー度カバー率完全変態昆虫記憶装置基礎解析部でジョブがエラーで終了した場合キメラチェックキャプチャシークエンスキャリーオーバー偽陽性菌叢DNA サンプル調製偶発的所見クオリティーコントロールクラスタージェネレーションクラスタリングクロマチンアクセシビリティ解析クロマチンがうまく断片化できないクロマチン構造解析とはクロマチン断片化が安定しないクロマチン免疫沈降計算プラットフォームゲートウェイノードゲノムDNA 断片化の最適化ゲノムDNA の抽出と精製ゲノム解析でLPM を使うべき理由ゲノム環状化ゲノム配列をよむゲノムブラウザゲノム編集技術ゲノムリシークエンスゲノムワイド関連解析（GWAS）原品種と交配高I/O バンド幅国際塩基配列データベースごく微量である場合枯草菌コホート研究コマンドインタプリタコマンドパスコマンドラインインターフェイスコマンドラインシェル混み具合の確認コモンディジーズ昆虫組織から精製したRNA 細菌叢さらなるスキルアップに向けてサンプルが分解を受けている場合サンプル調製に用いる測定機器サンプルの調製サンプルの見込みの総量が実際の値と大きく異なる場合ジェノタイピングシェルシークエンサーの選択シークエンスデータからマッピングデータの作成シークエンスデータのQC シークエンスの読み均一性シークエンス読み取り深度シークエンスライブラリの作製磁性ビーズの持ち込みの影響とその防止方法疾患パネル実験サンプルのQC 質の低いDNA の精製方法シャープ文字ジャンクションマッピング充分な量のRNA を確保できる場合のRNA-seq 情報解析ショートリードのクオリティコントロール植物種初心者がよくつまづくショットガンシークエンスジョブ，プログラム，プロセス新規ゲノム配列決定新規生物種解析スパコン進んだ解析スロット制限酵素精神神経疾患検体の解析全エクソームシークエンス法全ゲノム解析とは全ゲノムまたは全エクソームシークエンスデータからのHLA タイピングソフトウェアのインストール地獄大規模計算唾液からの唾液細菌叢検体多型情報の精度管理ターゲットDNA シークエンシングターゲットキャプチャターゲット濃縮試薬の一覧ターゲットリシークエンス多検体を用いた実用的な使用をめざす場合多サンプルライブラリのサイズセレクトターミナル断片化の度合いが実験ごとに異なる場合超並列型シークエンサーディープシークエンシング定量的なDNA メチル化解析ディレクトリデジタル遺伝子発現解析データ解析データ可視化データ提供申請サイトデータ転送データの共有データベースを作成転写因子転写因子結合部位転写開始点転写制限メカニズムを明らかにする東北メディカル・メガバンク計画匿名化ドル記号ながはま０次予防コホート事業日本DNA データバンクセンター入出力装置ノードバーコード配列バイオサイエンスデータベースセンターバイサルファイトシークエンスハイブリッドアセンブルパスを通すパッケージ一覧を知りたい発現解析ハプロタイプブロックバルクDNA のシークエンスヒスチジンタグを解析対象タンパク質に融合できない場合微生物ゲノム必要書類一式ヒト主要組織適合抗原ヒト腸内フローラなどの閉鎖系ヒト胚性幹細胞（H1）のメチル化状態非モデル生物微量DNA サンプル微量DNA に対応した試薬微量DNA の断片化の評価と定量ができる手法微量RNA に対応した試薬微量なサンプルの場合品質管理ファイルの一覧を取得フォーマットフォルダ副産物の出現不等号プライマー設計プログラム糞便からの腸内細菌叢検体ベースライン調査変異解析変異候補から脱落したホームディレクトリマッピングマッピングデータから多型ファイルの作成湖や海中などの開放系ミドリフグメイトペアライブラリ作製メタ16S 解析メタゲノムメタゲノム・アセンブリメタデータメチル化感受性酵素メチル化状態の分布に偏りがみられるメンデル遺伝性疾患目的のバンドが得られない融合遺伝子ユーザー登録ライフサイエンス統合データベースセンターライブラリライブラリ長の最適化ライブラリ長の最適化がされていない場合ライブラリ定量用試薬ライブラリの作製ライブラリ作製に用いる測定機器ライブラリの電気泳動で生じるサイズのズレリソーススケジューラリファレンス配列リファレンス配列の構築臨床におけるNGS の活用ログインロングアンプリコンシークエンスロングリードを再構築ワークフロー

エピゲノム研究はもとより，医療現場から非モデル生物，生物資源まで各分野の「NGSの現場」が詰まった１冊．コツや条件検討方法などWET実験のポイントが，データ解析の具体的なコマンド例が，わかる！

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次世代DNA シークエンサー（NGS）の登場により，大量のDNA 配列情報を低価格で高速，高精度に得られるようになった．これにより，ゲノム科学はビックラボのものだけでなく，ひとりひとりの研究者の手元に届いたのだ．すでにNGS はライフサイエンスの各分野にさまざまな革新をもたらし，もはや"次世代" の装置ではない．

NGS は簡単に言ってしまえば，単にDNA 配列を大量に計測する装置だが，計測するDNA を工夫することで，さまざまな生命現象を測れる多目的装置であるところに面白さがある．例えば，DNA 構造だけでなく，RNA 転写量やクロマチン構造，DNA/RNA- タンパク質相互作用，DNA 結合タンパク質の修飾を1 つの装置で測定できる．今もなお，世界中の研究者が日々新しいシークエンス手法を開発し続けている．現在，私が知るシークエンス手法だけでもすでに90 手法に届く勢いであり，新手法がトップジャーナルの誌面を賑わしている．定量性と網羅性の両方を飛躍的に向上させたゲノム科学は，もはや博物学的な研究ツールというイメージを逸脱し，生命を理解し制御，再構成するために，必要な情報を計測する必須装置としての地位を確固たるものにした．さらにモデル生物のみならずフィールドの生物の生命機能を直接研究できる装置としてもその威力を発揮し，偏りのない普遍的な生命観や生物多様性の根源的理解の一翼を担っている．

しかしながら，NGS 解析に敷居を感じている研究者もまだまだ多いのではないか．まず，ひとりの研究者やひとつの研究チームが，多様でかつ進歩の非常に速いNGS 技術を正確にフォローするのは困難極まりない．また実験費用が下がったとはいえ，ほかの実験と比べて，やはりまとまった試薬代が必要であるため，NGS 実験はそれなりの知識と経験，勇気が必要である．NGS は数GB～ TB 級データを出力するため，大規模データ解析に慣れていない実験系研究者には，データから知識を引き出すこと自体にも困難さが残る．最近では，NGS 解析の総説集が出版され，その敷居は下がりつつあり，NGS 実験・解析への憧れを募らせる研究者も多いだろう．ところが，NGS 実験の計画や，試薬・機器の選定，適切なプロトコール，実験・解析のコツなどの実践的な経験知は体系化されていない．

そこで本書はNGS 実験・解析の実践的プロトコールを提供することを目的とした．試薬キットに添付されているような，無機質なプロトコールではなく，コツや実験の品質評価など，本書1 冊で実験が始められる内容を目指した．さらに多様なシークエンス手法のうち代表的で使いやすい手法を厳選し紹介した．

本書では，執筆者として，実際に手を動かして実験・解析をしている現場の方や，実験手法・解析法そのものの開発者，日夜，大量の共同研究を捌く老舗のゲノム系研究者，シークエンス機器・試薬メーカーの技術者，データベースやスーパーコンピュータを提供する研究者などの方々にお願いした．日々の研究で想像を絶する苦労をして得たノウハウを惜しげもなく提供して頂いた執筆者のみなさまに深く感謝したい．また普段から情報交換をさせて頂いている私のラボのメンバーやNGS 現場の会，インターネットで情報発信しているみなさまに感謝する．これだけの多様な内容の書籍を出版までサポートして頂いた羊土社の間馬彬大さん，蜂須賀修司さん，冨塚達也さんに心から感謝を申し上げる．本書が読者のみなさまが掲げる夢を実現する助けになると幸いである．それを通じて，日本のゲノム研究がさらに盛り上がることを心からお祈り申し上げます．

2014年7月

二階堂愛

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