トライファイターズ二回戦目の相手は新潟代表、統立学園チームＳＤＲ。ＳＤガンダムを駆使し、緻密な戦術と三兄弟の巧みな連携で大会を勝ち抜いてきた強敵だ。

大会も二回戦目に入り、シード校であるガンプラ学園もバトルに参戦。ガンプラ学園の３人目は、セカイにガンプラ改修を指南していた少女、キジマ・シアであった。

以前ガンプラバトル世界選手権が行われていたＰＰＳＥスタジアム。その跡地横に建設されたヤジマスタジアムで、全日本ガンプラバトル選手権が開催される！

全国の強豪が着々と準備を進める中、フミナたちも、打倒ガンプラ学園を掲げ自分たちのガンプラの改修に着手する。

アドウとのバトルのダメージから回復したセカイは、ビルドバーニングガンダムの修復をするためラボの工作室へと向かい謎の少女と出会う。

セカイたちトライファイターズは、ガンプラ学園のアドウ・サガが操るガンダム・ジ・エンドに完膚無きまでに叩きのめされてしまう…。

西東京大会予選決勝が終わりトライファイターズの面々は一時の安堵に包まれていた。そんな中、ラルさんはある企業を訪れた…。

西東京予選決勝は、宮里学院と聖鳳学園チーム・トライファイターズとが激突！そしてついにトライファイターズに全国大会への道が開いた！

トライファイターズは水竜学園を下し決勝へ。一方、聖オデッサ女子学園は宮里学院の容赦無い攻撃に無残にもギャン子は盾を破壊され、そして…。

西東京予選も中盤から終盤に差し掛かっていた。ベスト４まで勝ち進んでいた宮里学院スドウの前に現れたスガ。彼はガンプラバトル強豪校からの転校生だった…。