日経新聞（2014/12/25）によると、2010年度までに会社更生法を適用された企業は最長７年間、法人税の納税を免除される特例を20414年度末で廃止するようです。

公的支援を受けたJALが再上場し、利益を上げながら法人税を納めていないことへの批判に対応したもの。JALは2014年3月期決算の純利益は約1600億円でしたが、免税措置のため法人税を払っていません。

この問題は、以前から指摘されていました。企業努力により利益を上げ続けていた会社（ANA）は税金を払い続け、一度潰れた会社がその後利益を上げても税金を免除され続けるというのは不公平です。JALの植木社長は、繰越欠損金制度のルールに従っただけであると、税金を払わないのは当然のことというような主張をされていたことがありましたが、課税所得の全額を繰り越すことができない一般の大企業と比べても不公平です。

日経新聞（2013/2/18）には、こんな記事もありました。
安倍晋三首相は18日の参院予算委員会で、公的資金を投入した日本航空が会社更生法の適用により税優遇を受けていることについて「多くの課題と問題がある」との認識を示した。税優遇を見直す法整備について「今後、必要かも含めて検証したい」と語った。

免税措置の廃止により日本航空は15年度から法人税を払わなければならなくなるようです。

なお、日経によると、2015年度に新たにベンチャー企業や経営再建中の企業を対象に最長７年間、法人税の納税を免除する制度を作るようです（ただし、再上場した企業はこの制度対象から除外）。