ラブ・サスペンスタッチの大人のドラマ
美しいメロディーの裏に隠されたトリックとは！？

「名探偵コナン」新作テレビスペシャルの放送を記念した「コナンまつり」に合わせて登場するのは、“音楽”をテーマにした劇場版第12作だ。コナンが挑むのは、名門音楽アカデミーの卒業生を狙った連続襲撃事件。蘭や少年探偵団たちが招かれたアカデミーの音楽ホールこけら落とし公演にも、犯人の罠が仕掛けられ…。果たしてコナンは犯人の狙いを暴き、音楽ホールに集まった人々の命を守ることができるのか!?　物語のカギを握るのは、クリスマスから年末のシーズンには欠かせない楽器のひとつであるパイプオルガン。その美しい音色と「アヴェ・マリア」や「アメイジング・グレース」などの名曲を楽しみながら、音楽の知識を駆使した謎解きを堪能できる名作だ！

その後も事件は続発し、被害者全員がアカデミーの一期生であることが発覚。すべての現場にフルートが置かれていたことに着目した警察は、同じ一期生のフルート奏者が不幸な事故で命を落としていたことを突き止めた。しかもその男性は怜子の婚約者だったらしい。怜子のもとへ容疑者につながるヒントを探しに行ったコナンは、彼女の散歩に同行することになるが、散歩の途中で怜子が何者かに狙撃され足を負傷してしまう。
幸い、怪我は軽いもので済み、予定通りコンサートの当日を迎えるが、犯人の魔の手はすぐ近くまで迫っていた。リハーサル中にパイプオルガンの音に違和感を覚えたコナンと怜子に、大ピンチが襲い掛かる―！！