歴史教材をめぐっては、広島県教職員組合と韓国の教職員組合が昨春に共同で作成した「日韓共通歴史教材・学び、つながる 日本と韓国の近現代史」が、慰安婦問題について「日本軍は朝鮮の女性たちを日本軍『慰安婦』として戦場に連れていき、性奴隷としての生活を強要しました」と記述。朝日新聞が今夏に作成した「知る沖縄戦」にも、「日本軍は（沖縄の）住民を守らなかったと語りつがれている」などと書かれ、教育関係者から「あまりに偏向的な内容」との懸念が上がっていた。
この２つの教材について、１０月１７日の衆院文部科学委員会で義家弘介議員（自民）が「一面的な思想に基づく内容で（教育現場で使うには）非常に問題がある」と指摘。１０月２９日の同委では田沼隆志議員（次世代）が「学習指導要領の趣旨から逸脱しているのは明らか」とし、適切な副教材の選択、使用を指導するよう文科省に求めていた。
これに対し下村博文文科相は「言論の自由は尊重すべきだが、一面的な内容であるならば、そのまま教育現場で使うべきではない」と答弁していた。