私が遠藤氏の論文について意見を述べたのは、科学論文としての価値に疑問をもったからである。遠藤氏の解析結果の妥当性については、まったく異議を唱えていない。それゆえ、「（論文としてではなくインターネット上での公開ならば）科学者として「STAP騒動」の解決に向けて貢献したことになる」と述べているのだ。この点を理解していれば、「遠藤氏の論文は「科学的視点」としてではなく、「政治的意図」で審査された可能性」という文章は、「科学論文の価値が考慮されなかった可能性」を指摘しているのであり、「結果の妥当性を疑問視したものではない」と読めるはずである。

　論文の価値については、10月19日のブログで「手法の「有用性」を示す必要がある」のではないかと述べた。そして、これについては、「専門家の方が見ていたら、ぜひ意見を聞かせていただきたい」と述べたが、いただいたコメントはおそらく非専門家からのものであり、残念ながら私の考えを変えるような説得力のあるものはなかった。「残念」氏は「研究をしていればコンタミネーションの問題は常に付きまといますし、サンプルの取り違いも起こりえます」と述べているが、少なくとも私が所属してきた研究室で、B6マウスと129マウスの細胞が混じったことはない。コンタミネーションが問題となるのは、動物細胞培養時に微生物がコンタミすること以外では、臓器由来の細胞を単離している時くらいだろう（Feeder細胞のコンタミについては、10月15日のブログで述べた） 。しかしながら、その場合は同じ動物由来の細胞なので、SNP（一塩基多形）解析では細胞のコンタミネーションは分からない。「サンプルの取り違い」も、実験の再現性を取っていれば必ずわかるはずだ。通常2回は追加実験をするので、結果が矛盾する。3回とも「サンプルの取り違い」をする人間は通常いない（小保方氏ならありえるかもしれないが）。

　「「バイオインフォマティクス」の分野では、「共同研究でスタイルを確立しているタイプの研究者」は欧米でもかなりの割合でいるのだろうか？」という疑問に対しては、「ヨーロッパ在住ポスドク」氏から「むしろヨーロッパの方は、ファシリティがしっかりしている分、共著者だけで生きている人が多いですよ」という答えが来たが、私が尋ねたのは「研究を選択できる権限を有した科学者で、共著論文だけの研究者が欧米にいるのか」という意味であり、質問を正確に理解していない。私自身の言葉の足りなさも少しはあったかもしれないが、10月19日の記事を読んでもらえば、「研究者」は上の意味で使われていることはわかるはずだ。企業にも「バイオインフォマティクス」分野の「研究者」はいる。ただし、プロジェクトの選択権が極めて制限されているので、ここで指す「研究者」とは異なるのだ。「テクニシャン」もまた同様だ。

　「彼らをテクニシャンに過ぎないという暴言を吐いたら、それこそ大非難を受けますよ。気をつけるべきですね」というコメントであるが、「過ぎない」という言葉はやや軽卒であったかもしれない。しかしながら、私はけっして「テクニシャン」の地位を軽んじているわけではない。特にヨーロッパでは高い技能をもった「テクニシャン」が、科学の発展に大きく貢献してきたことは知っている。ただし、彼らは「研究を選択できる権限を有した科学研究者」とは、職業コース（トラック）が異なっているのだ。研究の自由度が制限されている代わりに、彼らの雇用は研究者よりもしっかりと守られている。これは米国でも同様だ。一方、科学研究者は、原則として個人の自由な発想の下に研究を展開する権限を有するが、その代償として雇用が不安定であったり、研究費を獲得できなかったら研究室を縮小、最悪では閉鎖されてしまう。ほとんどの「テクニシャン」にはそういったプレッシャーはない。

　STAP問題は「日本の科学研究の信頼が問われる大問題」と述べている人もいるが、私はそうは思わない。前にも述べたが、STAP問題で日本の科学者の質に疑問を呈する外国人研究者は皆無といっていいだろう。もしそのように言われている日本人ポスドクが海外にいたら、それは単にからかわれているだけだろう。ノーベル賞を受賞した中村修二氏が、米国の同僚研究者に‟スレイブ・ナカムラ”と呼ばれたという逸話があるが、特に米国人は、それほど深刻に思っていないことでも「話題」として「自分の主張」を口にすることがある。

　私が今の日本の科学において深刻な問題だと思う事は、一つは前に述べたように、偏った研究資金の配分の問題であるが、もう一つは、研究への努力や成果とその見返りのバランスが崩れているということである。社会制度は「ハイリスク・ハイリターン」、「ローリスク・ローリターン」であるべきなのに、研究の世界では「ハイリスク・ローリターン」、「ローリスク・ハイリターン」が多々起こっている。つまり、不安定なポジションにいて、論文を発表していても研究職に残れない人が多くいる一方で、安定したポジションにいるのに、第一著者あるいは責任著者として論文を発表する努力を怠っても何も不利益とならないことだ。米国の大学においては、理系研究者は数年間研究費を得られなければ、例えテニュア（地位保証）を獲得していても研究室は閉鎖となる。また理工系の学部では9〜10ヶ月分の給与しか所属機関から支給されないので（医学系は12ヶ月分支給されるところもあるようだ）、研究費を得られなければ、サマースクールの講師を勤める等によって給与を補填しなければならない。一方、日本では論文を出そうが、出すまいが給与は一緒であり、昇給も毎年行われる。

　「科学研究者」を名乗る以上は、「能動的に活動し、第一著者あるいは責任著者として論文を発表すべきである」というのが私の考えだ。それが、研究の自由を与えられた人間の責務だと思っている。すべての研究者が必死に努力して論文を発表していれば、研究職を得られなかった博士の不満も少しは緩和されるであろう。勿論、「高学歴ワーキングプア」の解決にはならないが、それが科学コミュニティに対して、各科学者が個人として行うべき最低限の貢献である。

　「遠藤論文に科学者としての意見を述べるべき」という声があるので、それには一応答えておく。私が一番興味を持ったのは図1Bである。以下に遠藤論文より転載しておく。

　左は129とB6の交配でできたマウスから取り出した胚性幹細胞（ESC）、真ん中は129/B6マウスから作った誘導多能性幹細胞（iPS細胞）、右は129/B6マウスから調製した胚線維芽細胞（MEF）である。ESCは129由来mRNA量とB6由来のmRNA量が同じなので、50%の位置にピークが生じている。やや不思議なのは、右のMEFでは0と100%にシグナルがあることである。この事は、ある種のmRNAは129由来遺伝子のみから（0%）、あるいはB6由来遺伝子のみ（100%）から作られていることを示すはずである。これは実験上のエラーから生じたのかもしれないが、それはさておき、問題は真ん中のiPS細胞である。これは明らかに、B6由来遺伝子のみから作られているmRNAが多い（90〜100%で強いシグナル）。この点を遠藤氏はこの結果を以下のように解釈している。

The iPS cells generated from 129B6F1 had more homozygous SNPs of B6-type alleles. Although, as noted earlier, this may be the result of cellular contamination or this could be the result of differences in the properties of the cells used in the two experiments, there is also the intriguing possibility that the experimental process induced a transition of genotypes. As iPS cell engineering has been reported to induce genomic and/or epigenomic instability (Hussein et al. 2011; Chang et al. 2014), it will be important to examine allele frequencies of iPS cells in future studies.

　つまり、「コンタミネーション」と「２つの実験で使われた細胞が違う」という可能性を述べた後で、興味深い可能性として、「iPS細胞誘導時に遺伝子のタイプが（129からB6へと）変化した可能性」を指摘している。そして、その可能性を支持する論文（iPS細胞化によって遺伝子（やエピジェネテック）が不安定となる事）が発表されていることを述べ、この点を将来調べるべきだと結んでいる。

　しかしながら、これは「将来問題」としてはいけない点を含んでいる。なぜなら、iPS細胞の解析結果は、細胞が初期化される時にB6系統へ遺伝子の発現パターンが偏る可能性を示しているからだ。そうだとすると、STAP細胞では「酸にさらす」という、iPS化よりも過酷な条件で初期化させているわけであるから、遺伝子発現がほとんどすべてB6系統に変わることもありうるということだ。遠藤氏の論文の結論の一つは、「129とB6の交配でできたマウスから作られたSTAP幹細胞（FI-SC）のmRNAの発現パターンは、ほとんどすべてB6細胞であり、それは矛盾する」ということだと思うが、iPS細胞の解析は「それは起こりうる」という可能性を示唆している（勿論、これは「可能性」だけの話であり、私はそれが起こっていたとは推測していない）。

　以前報告され、そして遠藤氏の解析で示された「iPS細胞化の過程で遺伝子が不安定化する可能性」は、今回のSTAP騒動とは関係ないが、iPS細胞を治療に使うことに対して注意を払うべき点であろう。この問題を「将来の問題」とせずに、iPS細胞の解析を詳細に行えば、科学研究論文として十分な価値があったかもしれない。