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国内では，日本原子力研究開発機構（旧核燃料サイクル開発機構）東海再処理工場において，新型転換炉「ふげん」の使用済ＭＯＸ燃料約20トンを再処理した実績があります。また，フランスの再処理工場で2004年までに約22トンを再処理した実績があり，今後も再処理を行う計画を策定中と聞いています。このように，使用済ＭＯＸ燃料についても，使用済ウラン燃料と同じ処理方法で再処理することが可能です。
2005年10月に原子力委員会が決定した原子力政策大綱では，「使用済燃料は再処理する」という基本方針を踏まえ，プルサーマルに伴って発生する軽水炉使用済ＭＯＸ燃料の処理の方策について2010年頃から検討を開始し，処理のための施設の操業が六ヶ所再処理工場の操業終了に十分間にあう時期までに結論を得ることとされています。このような状況を踏まえ，玄海３号機で発生する使用済ＭＯＸ燃料については，当面の間，発電所で貯蔵，管理し，国の定める方針に沿って処理することを検討していきますが，その期間が500年，永久と言うことはありません。
使用済燃料の発熱量は時間とともに低下しますが，使用済ＭＯＸ燃料は使用済ウラン燃料に比べてこの低下が相対的に遅いため，長期的には使用済ＭＯＸ燃料の発熱量が高くなります。（ただし，原子炉から取り出した直後の両者の発熱量はほぼ同じです。）
しかし，玄海３号機の使用済ＭＯＸ燃料を貯蔵する使用済燃料ピットの冷却能力については，このような長期的に発熱量が大きいという使用済ＭＯＸ燃料の特性を考慮しても問題ないことを確認しています。
従って，使用済ＭＯＸ燃料は将来再処理工場などへ搬出されるまでの間，原子力発電所において安全に貯蔵することができます。
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