作品内で露骨に『作者の願望』を感じると、なぜつまらなくなると思いますか？ わ...

いいえ、私はこの様な展開が好きですよ。
何事も上手く行くって...楽しいことではありませんか？
敵に妨害されて...上手くいかないなんて展開を見ているとつまらないです。
制限、条件、弱点、短所も嫌いです。○○は出来て○○は出来ないというのも嫌い。
○○が出来たら○○において全て出来なければ無意味ですので。
例えて言うなら時間を操る能力
規模にもよるが、時間停止しか出来ない（その時間停止にも止めていられる時間に制限がある）...これじゃダメなんだよ。
世界改変による全世界（宇宙）、全並行世界（多元宇宙）規模の永続時間停止なら話は別ですよ？この規模であれば普通に強いと思います。
ま、基本的には時間を操れるのだから時間に関して何でも出来なければゴミ能力と考えていますね。

・最強キャラに関して
確かに作品内だけで見れば作者に優遇され...最強の力を持っているのかもしれない。
だが...上には上が居るんだよ。主人公最強スレ、敵役最強スレ、作品最強議論、妄想最強キャラクター議論を見れば良い。私は自分の作品が全ジャンルにおいて最強になれば良いと考えているので、つまらないと言われようが自分の思い通りの作品にしてやりますね。自分にとってはそれが一番楽しいのですからｗｗ
私にとって全知全能+無時間行動未満の雑魚キャラは作者に愛されていないな...と思って見ています。まあ、メタ能力が使える例外さん（コズミックアーマースーパーマンや死神ももえ等）は違いますけどねｗ

・可愛さや萌えに関して。
私は猫耳が好きなのですがねぇ...。
別に良いじゃないですか、作者がこういった属性をお持ちでしたらどんどん出しても良いと思いますよｗこういったキャラが居るからこの作品に興味を持った...という方も多いと思いますしｗ
私は猫耳属性が入っているので原画家及びイラストレーターのオリキャラに猫耳美少女が居たらファンになってあげますよｗｗ私のオリキャラにも猫耳美少女は何人か居るのですけどねｗ

後...この質問は一次創作に関しての話ですか？
一次創作であれば...メアリー・スー現象とは言えませんね。
メアリー・スー自体は原作のキャラクターよりも優れた性能を持ち尚且つ作者に優遇されている二次オリキャラのことを指しますので、原作のキャラ及び二次創作でないオリジナルの作品はこれに該当しないかと。
モノにもよりますが...自分は好きですけどねｗ

まあ...私は歪んだ目であらゆる作品を見ていますので、貴方とは気が合わないかと思われますが。
私の意見が参考になれば良いかと...。

私の好きな作風は
富、名誉、地位、権力、力で弱者を支配する。
弱者を圧倒的な力でねじ伏せる。
自分も強いが相手も強い。（私にとっての『強い』は全能やら全能超えやら。妄想最強スレ最上位の面子とかｗ）
願望実現能力で自分の願いや望みを全て叶える。
現実改変や世界改変で世界を自分の思い通りにする。
因果律系列の能力（因果律支配、運命支配、確率支配など）で自分や他者の運命などを思い通りにする。
創造の力で自分の理想とするモノを創り出す。
全知全能だから全てが上手く行く。全部自分の思い通りになる。
多元宇宙規模の大規模な戦闘が展開される物。
全能の力を持った神々同士の争い。（勿論多元並行宇宙規模～それ以上）
成長して最終的には全能の神になる。またはそれすらも超えてしまう。
こんな感じですかねｗｗ

なろう出身でオススメなのはシーカーですね。書籍化されていますし、全知全能の力で願いを叶えたりと何でもアリですから。作者が最強スレ1位のトランスリアルよりも強い作品にする...的なことを書いていましたので期待していますｗ
勿論...皆様の大好きな成長も凄いですよ。1巻で音速戦闘→超光速戦闘が出来るまで成長しますからねｗその後は無限速やら無時間行動などが出来る様に。