展示会中止までの経緯
この展示会は一時期は画期的とみなされ（当初から一部の批判はあったものの）概して高く評価する声が多かったが、その後は深刻な人権侵害を引き起こしていると指摘され問題視されるようになってきている（日本では日本医師会や高久史麿日本医学会会長から死体解剖保存法違反と指摘がされ始めている）。フランスでは2009年、裁判所が展示会の中止を命ずる判決を下した。
2012年3月、人体の不思議展公式サイト上で、閉幕と事務局の解散を宣言した。

標本死体の謎
展示会の標本死体は、遺体の保存方法を開発したグンター・フォン・ハーゲンスが中国国内に設立した「死体加工工場」にて製作されている。
だが、その後に主催団体の構成が変わり、ハーゲンスとは別の団体（ハーゲンスの団体のやりかたを模倣した中国人による団体）によって中国の地で新たに加工された死体標本を用いて、2002年から「新・人体の不思議展」と銘打って再び開催されるようになった。（「新」という文字は後に取り除かれ、結局再び「人体の不思議展」という名称になった）。展示されている人体は、主として中国において人間の死体を加工、標本化したものである。そしてその死体が非人道的なやり方で調達され標本にされている、と指摘されている。
瀬戸弘幸は、「中国政府は、政府の思い通りにならない人々を大量に死刑にすることによって殺害していると言われるが、そうして殺した人々の人体を本人の事前承諾も家族の承諾も無く勝手に加工して売買しているという疑惑がもちあがっている。こうして非人道的なやり方で作られ売買された死体が「人体の不思議展」に展示されている可能性が高い」と指摘をしている。