OS X 10.9.3 Mavericksで/Usersディレクトリが非表示になるのはOS Xのせいではなく、「iTunes 11.2」と「Macを探す」が原因のようです。詳細は以下から。
The Mac Observer@MacObserver
Hidden Users Folder Result of iTunes 11.2 and Find My Mac Combination, not 10.9.3 http://t.co/MOEjWCmWvh
2014/05/17 02:19:56
「OS X 10.9.3 Mavericksにアップデート後、ユーザーディレクトリ（/Users）が非表示になる現象」が報告されていましたが、MacObserverやIRCでの調査によると、この現象はOS X 10.9.3ではなく同じく昨日リリースされた「iTunes 11.2」とiCloudの「Macを探す」を使用していると発生するようです。
IRC（#osx-server）で様々な検証が行われた結果「Find My Mac（Macを探す）を有効にすると、Find My Macがゴーストアカウントを使って/UsersディレクトリをVanishしてる」という挙動を複数のユーザーが確認しており、更にTwitterでは「OS X 10.9.2でも、iTunes 11.2をインストールしてFMM（Find My Mac）を有効にすると消えた！」という検証をしてくれているユーザーもいます。
mikeymikey@mikeymikey
#macadmin Confirmed that iTunes 11.2 + FMM hides /Users even on 10.9.2 (13C1021)
2014/05/17 03:07:15
#macadmin Confirmed: Fixing permissions on /Users with FMM *enabled* + iTunes 11.2 does *NOT* survive reboot. It will be rehidden.
2014/05/17 03:40:54
上：OS X 10.9.2でiTunes 11.2 + Find My Macを使用して/Usersが消えることを確認
下：Find My Macを有効にし、Permissionを修復。iTunes 11.2を使用していない状態でもリブート後消えることを確認
「今まで問題のないMacでも"Find My Mac"を有効にするとPermissionが変更されて/Usersが消える」とのことでOS X 10.9.3 と iTunes 11.2を入れて/Usersディレクトリが消えていなかったMacで検証してみたところ確かにPermissionが変更され/Usersが消えたのでどうやらiTunes 11.2の問題のようです。
対処法
この不具合を再発させないためには
1.システム環境設定から[iCloud]を選択して[Macを探す]をOFFにする。
2.ターミナルで$sudo chflags nohidden /Users（/Users/Shareが消えている場合はSharedも）を実行。
3.ディスクユーティリティでアクセス権の修復。(*再起動後/Usersを確認してみてください）
おまけ
あるユーザーがAppleに質問したところ「/Usersが非表示になるのは意図的（intended behavior）にやっている」という回答を得たようですが本当かどうか分かりません。
mlaundrie@mlaundrie
@davehamilton Called Apple about this, and was told it was intended behavior.
2014/05/16 23:10:19
関連リンク：
・Users folder being hidden with iTunes 11.2 installed and Find My Mac enabled
もう少し待ったら又、何か出てくるかな。悩む。