PyMOL ver 1.6 インストール for Windows

2013年7月時点でのやり方

PyMOLは蛋白質の構造を表示するときに重宝するソフト。
公式ではver. 0.99までしかバイナリ（複雑なインストール作業が要らない）が配布されておりませんが，ソースコード自体はずっと更新されており，ver. 1.6までが公開されております。
他にも表示ソフトはたくさんあり，有名どころで言えば，VMDやChimeraなどがありますが，これらよりも直感的に使いやすく，かつレンダリングや機能も割と豊富なので，私はこれを使っております。

また，MD simulationなどで蛋白質の動きを表示することも実は可能です。少しVMDやChimeraとは勝手が違いますが，Chimeraよりは断然マシです。

そのインストール方法ですが，Windows上で公式のソースコードからのインストールは困難を極めます。
というか，開発者側がそれを想定していないうえ，公式インストールマニュアルでさえも「もうWindowsやCygwinなどでの動作はテストしておりません」って言われます。

ただ，優しい方々がWindows用に非公式バイナリを配布しており，それを使うことによってWindows上での動作が可能になっております。

以下インストールガイド

1. まずPython 2.7をインストールする必要があります。Pythonはプログラム言語の一つです。
   http://www.python.org/getit/releases/2.7/　からダウンロードが可能です。
   注意点として，お使いのWindowsマシンの仕様にあわせて適切なインストーラーを選ぶ必要があります。
   最近のWindowsマシンで，OSが64ビット対応であるならばWindows X86-64 MSI Installer (2.7)を，32ビットであるならばWindows x86 MSI Installer (2.7) からダウンロードします。
   お使いのマシンが32/64ビットを確かめる方法は，コントロールパネルのシステムを見ることで，システムの情報で
   システムの種類： 32/64ビット オペレーティング システム
   から確認できます。


2. ダウンロードしたPython 2.7インストーラーを使ってインストールします。YES連打でよいでしょう。


3. PyMOL 1.6本体をダウンロードします。
   http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol
   ここに非公式バイナリが置いてあります。ときどき公式のソースコードにバグが見つかり，微修正が行われると，こちらのバイナリもいつの間にかこっそり更新されています。
   例えば，1.6リリース直後に見つかったselectionマーカーが消えるバグは，10日後にこっそり修正されており，今ではそのバグを見ることもないでしょう。
   例によって32/64ビットOSにあわせ，適切なインストーラーを選びます。32ビットの方はpymol-1.6.0.0.win32-py2.7.‌exeを，64ビットの方はpymol-1.6.0.0.win-amd64-py2.7.‌exeを選びます。


4. 落としてきたインストーラーを使ってインストールします。
   もし「Pythonが見つかりません！」と途中で言われた場合には，PythonのインストーラーとPyMOLのインストーラー両方について，Windows OSに対して適切なものを選択したかどうか確認してください。


5. インストールが終わると，C:\Python27\PyMOLにPymolの本体（Pymol.exe）が置かれます。
   PDBファイルを開くときに，常にこの新しいPyMOLを使って開きたい場合は，「ファイルの関連付け」を行います。


6. 手持ちのPDBファイルの1つを右クリックし，「プログラムから開く」を選択します。
   「ファイルを開くプログラムを選択」の画面になったら，右下の参照ボタンから，先ほどのC:\Python27\PyMOLに移動し，pymol.exeを選びます。また，「この種類のファイルを開くときは，選択したプログラムをいつも使う」にチェックを入れておけば，以降PDBファイルをダブルクリックするだけで，最新のPyMOLを使って開けるようになります。


この非公式バイナリですが，非公式とはいっても違法でもなんでもありません。ソースコードは自由に配布されていて，それをいじったものを使っても特に問題はありません。（最もPyMOL公式は慢性的な資金不足らしくて，常に開発費を求めているそうですが……）