２） 剽窃・不実記載 STAP細胞論文には、Guo Jianliらの論文から「１７行」にわたる文章の剽窃や、Robert Blellochらの論文からの文章剽窃が認められ、「古い実験機器・試薬までコピペしているため、論文の記述通りに実験を行っていないのではないのか？」という疑惑も浮上しています。
３） 博士論文での不正 小保方晴子氏の博士論文の序章の"Background"のほとんどの文章や"References"の部分は剽窃（盗用）によるものです。さらに、実験画像の一部はバイオ系企業のホームページから盗用されたものであり、小保方氏は実験自体を行っておらずデータを捏造していたことが判明しています。
４） 杜撰な実験・ES細胞混入疑惑 マウスの性別やstrainを統一せずに実験を実施していたのではないかという実験上の杜撰さが指摘されています。また、STAP幹細胞やFGF4誘導性幹細胞(FI-SC)が体細胞由来の幹細胞であることを示すデータは何一つありません。また、ES細胞がSTAP細胞とされているのものに混入していたのではないかという疑惑も浮上しています。
５） 利益相反事項の隠蔽 小保方晴子氏が第一著者のNature Protocol誌の論文と、第二著者のTissue Eng Part A誌の論文においては、利益相反事項の隠蔽が問題になっています。
６） 共著者の論文でもデータ流用 脊髄損傷のサルをＳＴＡＰ細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が３件も発覚しています。小島氏は小保方晴子氏の指導教官でした。
７） 早稲田大学の学位審査の欠陥 小保方晴子氏の博士論文を審査した常田聡教授の研究室の松本慎也氏の博士論文や、武岡真司教授の研究室の藤枝俊宣氏の博士論文にもコピペが大量に存在し、早稲田大学の学位審査システムに重大な欠陥があることが明らかとなっています。
参考記事： 小保方晴子氏の騒動の経緯、ニュース報道まとめ、参考サイト、ブログ管理人ツイッター、若山教授インタビュー（2/27日付け）（by tomozouh)、若山教授インタビュー（3/11日付け、論文撤回提案について）、STAP細胞の非実在について＃1, #2, #3, #4, #5 (kahoの日記)、不自然なテラトーマ画像について、理研：STAP細胞作製に関する実験手技解説の発表について
理研の調査委員会の中間報告発表動画：その１、その２、その３、その４、その５、その６、その７
FNNニュース動画：
2014年3月14日：「STAP細胞」論文 理研が中間報告会見 小保方さんらは謝罪文
2014年3月15日：「STAP細胞」論文 理研、重大な過誤があったとする中間報告
疑惑論文１： Nature Article
論文タイトル： "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
疑惑画像１： 小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2e下段のSTAP細胞由来テラトーマ免疫染色画像と、小保方晴子氏の博士論文のFig.14下段の骨髄sphere由来テラトーマ免疫染色画像が、類似しており、不正な画像の流用が疑われます。
疑惑画像２：小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2d中央下段のSTAP細胞由来Mesoderm免疫染色画像と、小保方晴子氏の博士論文のFig.11中央の骨髄sphere由来Mesoderm免疫染色画像が、類似しており、不正な画像の流用が疑われます。
理研の調査委員会の中間報告の問題点
小保方晴子氏の博士論文から流用されたNature論文の画像Fig.2eを、pdfから抽出すると上部に博論画像を一部切りそこなった痕跡を確認でき、黒塗りで隠されていたことがわかります。これは、意図的な捏造、改竄を示唆しています。この加工の指摘に関して、先日の理研の記者会見で質問されましたが、調査委員会はよく把握していなかった様子でした。委員らは、世界変動展望 著者氏のブログ記事 ”小保方晴子が筆頭著者の論文の不適切さについて”の（２－５）の指摘を参照しましょう。
1) STAP細胞のNature Article論文のPDFをダウンロードする
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/pdf/nature12968.pdf
2) Fig.2eの下段の画像をコピーし、WordやPower pointなどに貼り付ける。
3) 博士論文に記載の画像に類似した文字が確認できる。
4) 解説画像↓
5) 比較GIF
小保方晴子氏の博士論文から流用されたNature論文の画像Fig.2eを、pdfから抽出すると上部に博論画像を一部切りそこなった痕跡を確認でき、黒塗りで隠されていたことがわかります。これは、意図的な捏造、改竄を示唆しています。この加工の指摘に関して、先日の理研の記者会見で質問されましたが、調査委員会はよく把握していなかった様子でした。委員らは、世界変動展望 著者氏のブログ記事 ”小保方晴子が筆頭著者の論文の不適切さについて”の（２－５）の指摘を参照しましょう。
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/pdf/nature12968.pdf
2) Fig.2eの下段の画像をコピーし、WordやPower pointなどに貼り付ける。
3) 博士論文に記載の画像に類似した文字が確認できる。
4) 解説画像↓
5) 比較GIF
疑惑画像２：小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2d中央下段のSTAP細胞由来Mesoderm免疫染色画像と、小保方晴子氏の博士論文のFig.11中央の骨髄sphere由来Mesoderm免疫染色画像が、類似しており、不正な画像の流用が疑われます。
疑惑画像３： Figure1のi のレーン３と、レーン２，４の間に境界線が認められ、この電気泳動画像は複数のレーン画像を切り貼りして合成したものであることが示唆されます。
Natureの実験画像に関する規程（Image integrity）によると、「異なる時期、異なる場所で得られた画像は一つの画像として合成してはならない。もし、画像を対比させて並べる必要がある場合は、画像の間に明確に境界線を引き、図の説明文に記述しなければならない。」とあります。このImage integrityの規定に、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.1iが違反している可能性があるわけですね。
以下、規定の一部を抜粋。
Images gathered at different times or from different locations should not be combined into a single image, unless it is stated that the resultant image is a product of time-averaged data or a time-lapse sequence. If juxtaposing images is essential, the borders should be clearly demarcated in the figure and described in the legend.
The use of touch-up tools, such as cloning and healing tools in Photoshop, or any feature that deliberately obscures manipulations, is to be avoided.
Processing (such as changing brightness and contrast) is appropriate only when it is applied equally across the entire image and is applied equally to controls.
Contrast should not be adjusted so that data disappear. Excessive manipulations, such as processing to emphasize one region in the image at the expense of others (for example, through the use of a biased choice of threshold settings), is inappropriate, as is emphasizing experimental data relative to the control.
さらに、下記のような疑惑も上がっています。
免疫で遺伝子やってるやつならわかる。
ＴＣＲのDNA解析でレーン３のＧＬにバンドがない件は全然おかしい。
500bpほどのＤＮＡが増えるのに、同じmicrotube中で
2kB程度のTCRbeta-DJ断片が増えないんだよ。そんなＰＣＲはない。
ＰＣＲを経験した人なら、増えるべきＤＮＡに500bpと2.5kBの２本があるとき、
両方のバンドがでることはわかる。長い方が全然見えないって変。
おれも最初は長いＤＮＡ断片がＰＣＲで増えにくいからだと思ったよ。
だけど2.2kBとかそんな長さなんだから簡単にふえるよ。
ここでＪＥＭ論文中の例（ＧＬバンドが弱いケース）を示す人がいるが
そのＪＥＭ論文でもTCRbeta D-JはＧＬのバンドがよく出ていることを見てほしい。
一方、V-D-Jだというんと長いので（ゲノム上10kb以上は離れており）、
さすがにＧＬ型のところにno bandだが。
著者は意図的にGLがバンドがないように見せることによって、
分化後のＴ細胞を用いたことを示そうと細工したようだ。
しかし、ＴＣＲbetaでは対立遺伝子排除が働くので片方の相同染色体では
ＧＬ型の配列をもつはず（よってＪＥＭ論文のようにＧＬにバンドが出るはず）。それを知らずに馬脚を現した。
（しかも長いほうがやや多く含まれている）系で、全く2.2kBのバンドが出ないとき
そのＰＣＲはうまくいっていると思おうか？
ましてやそれをNatureの図に使うか？しかもレーンの切り貼りをしてまで？
>>254にあるように、Nature論文ではTCR betaのD2 とJ2.6間でPCRしており、これは
GL型（つまりＴＣＲ再編成前の）ゲノムＤＮＡでは2kBちょっとしか離れていない。
それがＰＣＲで全く増えず全くバンドが見えない。
TCRのVとＪ間でのＰＣＲなら距離が遠すぎて増えないのはわかるが2Kbなら増えるはず。
しかもレーン３以外ではしっかり増えてる。
疑惑画像４： 図3bのコントロール（未刺激）細胞のOct4-GFP（緑色）の蛍光顕微鏡写真（左下）の下部中央になぜか赤い細胞が存在し、さらには、バックグラウンドもControl画像とLow-pH-treated cellsの画像との間で異なるため、ネガコン（陰性対照）画像として不適切という疑惑が浮上しています。
疑惑動画：
STAP細胞の動画 （Fis-dur日記帳）にて、Nature Article誌論文に掲載されているＳＴＡＰ細胞の動画２は、「細胞が、酸に暴露され、細胞質を噴出して、死細胞と化し、緑の自家蛍光を発し、マクロファージに食べられ引きずり回される動画」ではないのか？という指摘がなされています。
また、理研提供の動画（Pluripotent cells generated by STAP/ リンパ球初期化3日以内 の動画）の10-11 秒 辺りで、細胞質噴出が確認できます。疑惑論文２： Nature Letter
論文タイトル： "Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency"
Nature 505, 676–680 (30 January 2014) doi:10.1038/nature12969
小保方晴子氏の学位取得申請に重要であったTissue Eng Part A（疑惑論文３）の実験画像においても、多数の類似性が認められており、加工（上下反転など）を行ったうえでの流用の可能性があったことも考慮すると、このNature Letterの論文の疑惑データについても、詳細な調査が求めらます。疑惑画像５： Fig1b最右画像とFig2g下画像の胎盤部分だけが、なぜか互いに類似しています。しかも２つの画像の実験条件は互いに異なっています。前者はSTAP細胞のキメラマウス、後者はFI-SCのキメラマウスの写真です。両画像の解像度が異なるためもあり、完全には一致しませんが、二つの画像は異なる実験によって得られたものとされているため、極めて高い類似性を示すことは不自然です。これほどの高い類似性は、不注意ミスであるにせよ、意図的（故意）であるにせよ、同サンプルが複数回撮影されて別目的に使いまわされた可能性や、同一画像の胎盤部分を画像編集加工し流用した可能性などを示唆しています。いずれにしろ、生データ（実験ノート、写真のデジタルデータ、データの作成日や改変日）などを調査しないかぎり、真相は明らかにならないでしょう。
↓ Fig.1bと2gの胎盤画像を比較してください。高い類似性が確認できます。
朝日新聞の記事→ 共著者の山梨大学の若山照彦教授は、「同じマウスで角度が違う写真を２回使ってしまい、一方の削除を忘れた単純ミス」と説明した。若山教授はＳＴＡＰ細胞を使いマウスを作製し撮影した。一つの胎児に対し向きを変えたりひっくり返したりして何枚も撮影。複数の胎児で計数百枚撮ったという。その結果、小保方さんが勘違いし同じ胎児の写真を使ってしまった。１人で追加実験をしながら図を作製するなど、忙しすぎたことも勘違いの要因の一つという。 加えて「論文を何度も書き直し、最終的に２枚目の写真は本文と関係がなくなっているが、削除を忘れた」と話している。（Nature誌記事における若山照彦教授のコメントも参考にしてください。）
疑惑画像６： Nature Letter論文のFig.1aの胎盤と羊膜のLong exposure（長時間露光）写真は、実際は通常露光写真と緑の蛍光強度が同じであることが判明し、長時間露光では無いのではないか？という疑われています。このバックグラウンドの緑蛍光が長時間露光でも変わっていないという問題は、PubPeerで指摘されています。 また、Fig.1bだけ胎盤の赤い自家蛍光が見えますね。一方、対照のFig.1aのESキメラの胎盤画像にはそのような赤い自家蛍光が見えません。また、胎児の緑の蛍光も、Fig.1aに比べ、Fig.2bが明るくなっています。つまり、両者でサンプルを準備するさいに、何かしらの人為的誤差があった可能性や撮影条件に違いがあった可能性もあり、両者を単純に比較することはできず、Fig.1bのSTAPキメラの胎盤・羊膜の緑蛍光も自家蛍光の可能性もあります。また、Fig.1aとFig.1bのLong exposureの画像は、胎児部分が除かれて胎盤と羊膜の部分だけが掲載されており、不自然という声が前々からあがっていました。論文内の記述によるとＳＴＡＰキメラは１０匹作製され、そのうち６匹に胎盤、羊膜に緑の蛍光が認められたようですので、著者らはそれらの画像を全て公開し、疑惑を晴らすべきでしょう。
疑惑画像７：
蛍光の漏れによる、偽陽性シグナルを取り除くため補正が必要です。
FACSの基本中の基本です。
Contributions
H.O. and Y.S. wrote the manuscript. H.O., Y.S., M.K., M.A., N.T., S.Y. and T.W. performed experiments, and M.T. and Y.T. assisted with H.O.’s experiments. H.O., Y.S., H.N., C.A.V. and T.W. designed the project.
なお、論文におけるContributionにおける記載内容から、
Mikiko Tokoro（野老美紀子）氏と、Yukari Terashita（寺下愉加里）氏が、小保方氏の実験補助をしていたと推測されます。
この論文については、下記アドレスのPubPeerサイトで議論してください。
疑惑論文３： Tissue Eng Part A
（小保方晴子氏の学位取得申請において重要であった論文）
類似画像１０： Fig.2のKlf4の左から１，２列目のバンド画像が、Fig.3のSox2の左から３，４列目のバンド画像と類似しており、データの流用が疑われています。
（小保方晴子氏の学位取得申請において重要であった論文）
論文タイトル： "The potential of stem cells in adult tissues representative of the three germ layers"
類似画像９：
Fig.3のKlf4のバンド画像を上下反転させると、Fig.3のCriptoのバンドがに類似します。また、これらの画像の左から1列目と２列目のバンド画像は、Fig.4のNat1のバンドとも類似しています。上下反転という操作や、３つの実験画像にわたる類似性から、故意によるデータの流用が疑われています。
類似画像１０： Fig.2のKlf4の左から１，２列目のバンド画像が、Fig.3のSox2の左から３，４列目のバンド画像と類似しており、データの流用が疑われています。
追記（2014年02月18日）：2014年02月18日の朝日新聞報道によると、早大広報室は「仮に問題の画像が取り消されたとしても、博士論文の趣旨に影響しないと考えている」と発表したとあります。このような「データ流用はあったが論文の結論には影響しない」という趣旨のコメントを、研究不正を調査する立場にある研究機関（早稲田大学）が、調査着手前から、発表したのは異常です。これは調査機関自体が問題や不正を隠蔽する方向に動いていることを示唆しています。早稲田大は、生データを検証したり本人への聞取り調査もせずに、なぜ論文の趣旨に影響しないといえるのでしょうか？少なくとも４つの実験画像に亘ってデータ流用が認められる以上、意図的に行われた可能性や杜撰なデータ管理が推測され、論文の結論やその他データの信頼性も低いのです。
類似画像１１：
小保方晴子氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.1のFは、小保方晴子氏の博士論文のFig.6のFの画像と、互いに上下反転の関係にあります。不適切なデータ改ざんが疑われます。
↓ Tissue Eng Part A誌論文のFig.1
↓ 博士論文のFig.6
小保方晴子氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.1のFは、小保方晴子氏の博士論文のFig.6のFの画像と、互いに上下反転の関係にあります。不適切なデータ改ざんが疑われます。
↓ Tissue Eng Part A誌論文のFig.1
↓ 博士論文のFig.6
早稲田大学大学院 先進理工学研究科 博士論文概要
論文題目 Isolation of pluripotent adult stem cells discovered from tissues derived from all three germ layers （三胚葉由来組織に共通した 万能性体性幹細胞の探索）
小保方晴子氏の博士論文のpdfファイル（剽窃・盗用などの研究不正判明分や、Nature誌へ不正に流用された画像を含む第３章など検証・批評用）⇒ 表紙、目次、Background、References、第３章、Figures、Acknowledgements、Curriculum Vitae
博士論文審査報告書によると、この不正で溢れた博士論文を通した早稲田大学の審査員は、 常田聡 早稲田大学教授 武岡真司 早稲田大学教授 大和雅之 東京女子医科大学教授 Charles A. Vacanti （チャールズ・A・ヴァカンティ） ハーバード大学教授 の４人です。
論文題目 Isolation of pluripotent adult stem cells discovered from tissues derived from all three germ layers （三胚葉由来組織に共通した 万能性体性幹細胞の探索）
小保方晴子氏の博士論文のpdfファイル（剽窃・盗用などの研究不正判明分や、Nature誌へ不正に流用された画像を含む第３章など検証・批評用）⇒ 表紙、目次、Background、References、第３章、Figures、Acknowledgements、Curriculum Vitae
博士論文審査報告書によると、この不正で溢れた博士論文を通した早稲田大学の審査員は、 常田聡 早稲田大学教授 武岡真司 早稲田大学教授 大和雅之 東京女子医科大学教授 Charles A. Vacanti （チャールズ・A・ヴァカンティ） ハーバード大学教授 の４人です。
小保方晴子氏の博士論文：
"Background"のPdfファイル（表紙、目次含む）
http://stapcells.up.seesaa.net/image/Background.pdf
"Background"の文章のほとんどが http://ＮＩＨの下記サイト（Stem Cell Basics）からの剽窃（盗用）です。 http://stemcells.nih.gov/info/basics/pages/basics1.aspx
青くハイライトされていない部分が剽窃箇所。
最後のイントロ1.5節は自力で書いたように見える（青くハイライトされている）が、これも剽窃（盗用）です。1.5節の第2段落の上記NIHサイトからの剽窃で（文書の順番が変わっているだけ）、1.5節の第2段落は下記文献からの剽窃です。
http://www.docstoc.com/docs/129229958/Paul-her-is-a-little-story-that-mite-interest-you-its-how-cell
さらに、Figure 1も、NIHサイト（Appendix A: Early Development）の
Figure A5の図(© 2001 Terese Winslow, Caitlin Duckwall)から剽窃（盗用）されたものです。
下記の小保方氏の博士論文のFigure 1 を NIHサイトの元画像と比較してください。
↓
肝細胞研究会のホームページには、「Copyright (C) 2007-2009 The Japanese Society for the Research of Hepatic Cells. All Rights Reserved.」の記載があります。
問題2 （博士論文）：
小保方晴子氏の博士論文の第２，３，４，５章の各章にはReferencesの項目があり多数の論文を引用していますが、各章の本文自体にはReference番号が一つもなく、どの文章がどの論文を引用しているのか全く不明なのです。また、これらのReferencesは、全てが他の論文からの剽窃（盗用）であり、博士論文の本文とは一つ一つ対応していないと考えられます。
PDFファイル（博士論文の第２，３，４，５章の各章のReferences）
剽窃（盗用）元の論文
「3章」
「4章」
「5章」
さらに、小保方博士論文の Figure 10(p53)のMesoderm (Muscle)の実験画像は、
調査中
小保方晴子氏の博士論文の第２，３，４，５章の各章にはReferencesの項目があり多数の論文を引用していますが、各章の本文自体にはReference番号が一つもなく、どの文章がどの論文を引用しているのか全く不明なのです。また、これらのReferencesは、全てが他の論文からの剽窃（盗用）であり、博士論文の本文とは一つ一つ対応していないと考えられます。
PDFファイル（博士論文の第２，３，４，５章の各章のReferences）
↓
（第３章のReferencesは、コピペ操作によりページ範囲が文字化けし、盗用元と同じくABC順になってしまっている）
剽窃（盗用）元の論文
↓
「2章」
「2章」
1 ～ 23 は
っぽい? (要検証)
24 ～ は
「3章」
「4章」
1 ～ 49 は
50 ～ 52 は
「5章」
問題3 （博士論文）：
小保方博士論文の Figure 10(p53)のEctoderm (Hepatocyte)の実験画像は、
さらに、小保方博士論文の Figure 10(p53)のMesoderm (Muscle)の実験画像は、
論文本文中やレジェンド（小保方博士論文 pp.49-50, p.53）では、
3.3Results 3.3.1 Differentiation potential of cells in vitro When representative bone marrow derived spheres were dissociated into single cells and exposed to three different differentiation media, the cells differentiated to express specific genes of the three lineages, Map2 (ectoderm), MyoD (mesoderm) and alpha-fetoprotein (AFP, endoderm) (Fig. 10).
Figure 10 in vitro differentiation of bone marrow spheres After 6 weeks of culture, cells change their figurations into those of cells representative of three germ layers.
と記載されており、 Figure 10の画像は、小保方氏自身が実験を行って得られた実験画像であるとしています。よって、これは、実験画像の盗用だけでなく、実験データの捏造の研究不正にもあたります。
Fig.10のEctodermのNeuronの画像の出所を調査中です。
問題4 （博士論文）：
小保方博士論文のFigure 20のマウスの画像は、
Harlan Laboratories, Inc.のホームページに掲載されているC57BL/6 Albino Miceの画像を盗用したものです。（写し）
小保方博士論文のFigure 20のマウスの画像は、
Harlan Laboratories, Inc.のホームページに掲載されているC57BL/6 Albino Miceの画像を盗用したものです。（写し）
問題5 （博士論文）：
小保方晴子氏の博士論文概要の研究業績に、実際には存在しない国際特許が記載されていた疑惑が、上がっています（下記参照）。
小保方晴子氏の博士論文概要の学位申請研究業績書の欄に、”国際特許 Haruko Obokata, Charles A. Vacanti. Sub Population of Retained Embryonic Like Cells”の記載があるが、HARUKO OBOKATAで特許を検索しても、2013年公開のSTAP特許の１件だけ。
特許は出願して1年半で公開されるので、特許出願がなされていないか、 出願したが、公開される前に取り下げたかのどちらかだが、 同じ技術内容が、論文として公開されているので、取り下げる意味はない。詐欺商品の「特許出願中」のようなものかもしれない。通常、国際特許（PCT）は費用がかかるので、 まずは、アメリカに国内出願をして、それから大事だと思ったら、 追加修正を確認した上で、本命のＰＣＴを出願する。 ＳＴＡＰの特許出願はその手順に従っている。 博士論文においては、最初から国際特許と書いているのと、出願番号も書いていない時点で十分怪しい。
国際特許の検索
英語
日本語
同様に、 小保方晴子氏の博士論文のCurriculum Vitae（履歴書）の項目にも、存在が確認できない特許 (Haruko Obokata, Charles A. Vacanti. Sub Population of Retained Embryonic Like Cells) が記載されています。
問題6 （博士論文）：
小保方晴子氏の博士論文審査報告書に、審査員として記載されていたPhDを持っていないVacanti教授の肩書きが誤ってMD, PhDとなっていたことが問題となっていましたが、2014年2月19日に密かに訂正されたようです。しかしながら、訂正に関する告知がないことが、さらに批判を招いています。
旧 博士論文審査報告書→http://www.peeep.us/044e5d22
新（訂正後） 博士論文審査報告書→http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/bitstream/2065/36341/5/Shinsa-5627.pdf （写し）
問題7（博士論文）：
類似画像６： Fig.2のKlf4の左から１，２列目のバンド画像が、Fig.3のSox2の左から３，４列目のバンド画像と類似しており、データの流用が疑われています。
小保方晴子氏の博士論文のFig.6のFの画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.1のFと、互いに上下反転の関係にあります。不適切なデータ改ざんが疑われます。
↓ 博士論文のFig.6
↓ Tissue Eng Part A誌論文のFig.1
↓ 博士論文のFig.19の「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像
↓ 小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.6
問題12（博士論文）：
小保方晴子氏の博士論文のFig.11中央の骨髄sphere由来Mesoderm免疫染色画像が、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2d中央下段のSTAP細胞由来Mesoderm免疫染色画像に流用されています。
調査中
調査中
↓ Figure 12のレジェンドにおいて、(I) の図に関する説明分がなく、怪しい。
↓ Fig.8（博士論文）
↓ Fig.16（博士論文）
このTissue Eng Part Aの論文は、小保方晴子氏の博士論文概要の学位申請研究業績書にも記載されています。
類似画像５：
Tissue Eng Part Aの論文において、Fig.3のKlf4のバンド画像を上下反転させると、Fig.3のCriptoのバンドがに類似します。また、これらの画像の左から1列目と２列目のバンド画像は、Fig.4のNat1のバンドとも類似しています。上下反転という操作や、３つの実験画像にわたる類似性から、故意によるデータの流用が疑われています。
類似画像６： Fig.2のKlf4の左から１，２列目のバンド画像が、Fig.3のSox2の左から３，４列目のバンド画像と類似しており、データの流用が疑われています。
問題8（博士論文）：
小保方晴子氏の博士論文のFig.6のFの画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.1のFと、互いに上下反転の関係にあります。不適切なデータ改ざんが疑われます。
↓ 博士論文のFig.6
↓ Tissue Eng Part A誌論文のFig.1
問題9（博士論文）：
博士論文のFig.18の「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.6のDでは「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像として異なる目的のために使用されており、不適切なデータであることが疑われます。
さらに、博士論文のFig.19の「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.6のBでは「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像として異なる目的のために使用されており、不適切なデータであることが疑われます
↓ 博士論文のFig.18の「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像
博士論文のFig.18の「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.6のDでは「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像として異なる目的のために使用されており、不適切なデータであることが疑われます。
さらに、博士論文のFig.19の「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.6のBでは「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像として異なる目的のために使用されており、不適切なデータであることが疑われます
↓ 博士論文のFig.18の「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像
↓ 博士論文のFig.19の「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像
↓ 小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.6
FIG. 5. Differentiation assay of spheres derived from different adult tissue types into cells representative of the three germ layers. Differentiation assay from spinal spheres (A) into neural cells (i, ii, and iii), muscle cells (iv, v, and vi), and hepatocytes (vii, viii, and ix). bIII tubulin-expressing neurons are shown in green (i), GFAP-expressing glias are shown in red (ii), and O4- expressing oligodendrocytes are shown in red (iii). a-smooth muscle actin-expressing smooth muscle cells are shown in red (iv), myosin-expressing cells are shown in green (v), and desmin-expressing cells are shown in red (vi). AFP-expressing cells are shown in red (vii), albumin-expressing cells are shown in red (viii), and CK18 are shown in green (ix). Differentiation assay from pneumospheres (B) into neural cells (i, ii, and iii), muscle cells (iv, v, and vi), and hepatocytes (vii, viii, and ix). bIII tubulinexpressing neurons are shown in green (i), GFAP-expressing glias are shown in red (ii), and O4-expressing oligodendrocytes are shown in red (iii). a-smooth muscle actin-expressing smooth muscle cells are shown in red (iv), myosin-expressing cells are shown in green (v), and desmin-expressing cells are shown in red (vi). AFP-expressing cells are shown in red (vii), albuminexpressing cells are shown in red (viii), and CK18 are shown in green (ix). Differentiation assay from myospheres (C) into neural cells (i, ii, and iii), muscle cells (iv, v, and vi) cells, and hepatocytes (vii, viii, and ix). bIII tubulin-expressing neurons are shown in green (i), GFAP-expressing glias are shown in red (ii), and O4-expressing oligodendrocytes are shown in red (iii). a-smooth muscle actin-expressing smooth muscle cells are shown in red (iv), myosin-expressing cells are shown in green (v), and desminexpressing cells are shown in red (vi). AFP-expressing cells are shown in red (vii), albumin-expressing cells are shown in red (viii), and CK18 are shown in green (ix). Nuclei were stained with 40,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI). Scale bars: 50mm.
問題11（博士論文）：
小保方晴子氏の博士論文のFig14下段の骨髄sphere由来テラトーマ免疫染色画像が、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2e下段のSTAP細胞由来テラトーマ免疫染色画像に流用されています。
問題12（博士論文）：
小保方晴子氏の博士論文のFig.11中央の骨髄sphere由来Mesoderm免疫染色画像が、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2d中央下段のSTAP細胞由来Mesoderm免疫染色画像に流用されています。
追記（2014年02月18日）：2014年02月18日の朝日新聞報道によると、早大広報室は「仮に問題の画像が取り消されたとしても、博士論文の趣旨に影響しないと考えている」と発表したとあります。このような「データ流用はあったが論文の結論には影響しない」という趣旨のコメントを、研究不正を調査する立場にある研究機関（早稲田大学）が、調査着手前から、発表したのは異常です。これは調査機関自体が問題や不正を隠蔽する方向に動いていることを示唆しています。早稲田大は、生データを検証したり本人への聞取り調査もせずに、なぜ論文の趣旨に影響しないといえるのでしょうか？少なくとも４つの実験画像に亘ってデータ流用が認められる以上、意図的に行われた可能性や杜撰なデータ管理が推測され、論文の結論やその他データの信頼性も低いのです。
調査中
Fig.3
本文中におけるFig.3に関する文章：
2. ISOLATION OF SMALL CELLS
2.1 Introduction
2.1.1 Stem cells and small cells
Generally speaking, stem cells are small. The ratio of cytoplasm and nuclear is one
of remarkable indexes of stem cells. However, the isolation method of only small
cells is yet established.
2.1.2 Stem cells and sphere formation
Sphere formation is recognized as one of the results of stem cell property since stem
cell is recognized that they have strong proliferative potential and self-renewal
potency. Recently, many reports demonstrated that various adult tissues
contained sphere forming cells. Cells derived from many adult tissues, including
retina, brain, cornea, olfactory neuroepithelium, pancreas, skin, muscle and bone
marrow have been propagated as non-adherent clusters or spheres, as have
embryonic stem cells. Cells contained within the spheres described in those reports,
exhibit neural lineage markers and appear to possess varying degrees of stem cell
potency. We believe that adult stem cells described in various reports represent the
same adult stem cells at different stages of development, expressing different
degrees of potency. Sphere forming cells are much more immature than previously
expected. We hypothesized that adult stem cells procured from any tissue,
endoderm, mesoderm or ectoderm, could demonstrate a wide multipotency and
cross germ layers when maintained in appropriate environments.
Therefore, we first investigated how to isolate small cells. And then we examined if
they had sphere forming potency in the serum-free condition.
2.2 Experimental
2.2.1 Isolation of small cells
Bone marrow, lung, muscle and spinal cord tissues were procured from 3- to
4-week-old C57BL/6J mice as described below. Bone marrow was acquired by
flushing femur and tibia with culture media using an insulin syringe. Cells
were plated at 1x10^ cells/cm" in F12/DMEM (1:1, v/v) supplemented with 2% B27,
20ng/ml bFGF and lOng/ml EGF
To isolate small cells from murin bone marrow, the following three types of methods
were examined.
A. Cell sorter
Forward scatter was calibrated by size-defined beads. Less
than 8 micro meters in diameter cells were isolated.
B. Optimistic pressure
Bone marrow cells were exposed to low optimistic pressure
liquid to destroy mature cells.
C. Trituration using thin-glass pipette
Standard glass pipettes were burned and stretched out to
make thin tips. Mature cells were passed through thin glass
pipettes many times and destroyed by mechanical stress.
Obtained small cells were cultured in serum free medium, and appeared spheres
were counted as a number of stem cells.
2.2.2 Characterization of small cells
Immunohistochemistry. Protein expression was assessed using
immunohistochemical techniques as described below. Each slide was incubated with
anti-c-kit rat monoclonal antibody, anti-Sca-1 rat monoclonal antibody or
anti-E-cadherin rat monoclonal antibody. After washing with PBS, the cells were
incubated with goat anti-rat IgG Texas Red-conjugated antibodies and goat anti-rat
IgG Fluorescein-conjugated antibodies. SSEA-1 and Alkaline phosphatase (AP)
staining was performed using the ES cell detection Kit
Single sphere RT-PCR. Single spheres were individually collected under the
microscope. Total RNA was extracted from each single sphere, and then subjected to
oligo-dT-primed reverse transcription (RT). RT-PCR was performed using TaqDNA
polymerase on an iCycler for 35 cycles.
2.3 Results
2.3.1 Sphere forming from isolated cells
Trituration and optimistic pressure produced spheres. Whereas, cell sorter did not
produced any spheres. Trituration produced most number of spheres. Therefore, we
utilized trituration as the isolation method of small cells.
2.3.2 Effect of trituration
After the trituration, the population of small cells was increased comparing to
native bone marrow cells (Fig. 3A and B). However not all of cells over 8 micro
meters in diameter disappeared. Triturated cells formed spheres during culture.
Interestingly, spheres were consisted of only small cells (Fig. 3C). Thus, it was
demonstrated that trituration enabled to culture and grow only small cells.
調査中
Fig.12
↓ Figure 12のレジェンドにおいて、(I) の図に関する説明分がなく、怪しい。
Figure 12 Mesenchymal lineage differentiation.
Dissociated spheres were plated into serum-containing medium and cultured for
14*21 days. Plated cells differentiated into mesenchymal lineage cells even plated
cells were from spheres derived from endoderm or ectoderm tissues.
Marrow spheres differentiated into condrocytes (A), adipocytes (B) and osteocytes
(C). Pnemospheres differentiated into condrocytes (D), adipocytes (E) and osteocytes
(F). Spinalspheres differentiated into condrocytes (G) and adipocytes (H).
利益相反問題１
小保方晴子氏の2011年のNature Protocol誌の論文は、（株）セルシード社の製品の細胞シートの性能に関するものでした。そして、論文の共著者である東京女子医大の岡野光夫教授や大和雅之教授は（株）セルシードの関係者であり、特に、岡野光夫教授は、有価証券報告書ではこの時点で同社株の大量保有者かつ役員でした。このように、金銭的利益相反問題が存在するにも関わらず、このNature Protocol誌の論文には、”金銭的利益相反は無い（The authors declare no competing financial interests.）”と宣言していました。これらの虚偽記載もまた、彼女らの信用を大きく損なう結果となりました。
ノバルティスのディオバン臨床研究不正事件でも問題になりましたが、このような利益相反事項（論文出版により金銭的利益を得たり失ったりする可能性のある企業の社債や株の保有など）は、論文投稿の際に開示するべきとされています。特にNature Publishing はこの点に厳しく、その規定（Nature journals' competing financial interests policy）で、投稿する際には、投稿論文に利益相反があるのか無いのか、明記することを義務付けています。
↓ Nature Protocolの論文より引用
Competing financial interests The authors declare no competing financial interests.
以下の３項目は、Natureの規定で、"金銭的利益相反（Competing financial interests）"として定義された具体的項目です。
1) Funding: Research support (including salaries, equipment, supplies, reimbursement for attending symposia, and other expenses) by organizations that may gain or lose financially through this publication.
2) Employment: Recent (while engaged in the research project), present or anticipated employment by any organization that may gain or lose financially through this publication.
3) Personal financial interests: Stocks or shares in companies that may gain or lose financially through publication; consultation fees or other forms of remuneration from organizations that may gain or lose financially; patents or patent applications whose value may be affected by publication.
（日本語訳）
１） 研究資金： 論文出版により利益を得たり失ったりする可能性のある組織（団体）からの研究補助（給与、装置、備品、シンポジウム出席のための支援、その他の経費）
２） 雇用： 論文出版により利益を得たり失ったりする可能性のある企業によって、最近（研究プロジェクトに従事している間）、現在、あるいは将来的に雇用されること
３） 個人的な金銭的利益： 論文出版により金銭的利益を得たり失ったりする可能性のある企業の社債や株、金銭的利益を得たり失ったりする可能性のあるコンサルタント費やその他の報酬、論文出版によってその価値が影響を受ける可能性のある特許、または特許申請。
利益相反問題２
Tissue Eng Part A. 2011 Jun;17(11-12):1507-15. doi: 10.1089/ten.TEA.2010.0470. Epub 2011 Apr 12.
Development of osteogenic cell sheets for bone tissue engineering applications.
Pirraco RP1, Obokata H （小保方晴子）, Iwata T, Marques AP, Tsuneda S, Yamato M （大和雅之）, Reis RL, Okano T （岡野光夫）.
- 1Institute of Advanced Biomedical Engineering and Science, Tokyo Women's Medical University, Tokyo, Japan.
東京女子医大の岡野光夫教授が責任著者の上記のTISSUE ENGINEERING誌論文（小保方晴子氏は第二著者）はセルシード社の関連の深い細胞シートに関する研究の報告をしています。
そして、論文出版当時、岡野教授はセルシード社大株主で役員でした。
しかしながら、岡野光夫教授らは論文中において、これらの事実に反して、金銭的利益相反を否定しています。
具体的に説明すると、Tissue Eng Part A誌（ 17(11-12), 1507-1515.）論文中の "Disclosure Statement"の項目に、 "No competing financial interests exist." との虚偽記載があります。
なお、セルシード社ホームページのBone marrow stromal cells（骨髄間質細胞）の項でも、このTissue Eng Part A誌（ 17(11-12), 1507-1515.）の論文は紹介されています。
利益相反問題３
小保方晴子氏ら理研、チャールズ・バカンティ教授らのハーバード大学医学部ブリガム＆ウィメンズ病院、大和雅之氏の東京女子医科大学は、共同で、STAP細胞に関わる国際特許（WIPO Pub. No.: WO/2013/163296：HTML、PDF）を出願しています。
問題１で述べたように、特に、Natureグループの雑誌では、このような利益相反事項（論文掲載の可否によって価値が変わるような特許を出願している場合など）は、論文投稿の際に開示する義務があります。
しかしながら、小保方晴子氏らは、下記のように、Nature Articleの論文 （疑惑論文２）において、"金銭的利益相反（Competing financial interests）は無し"と明記しているのです。小保方氏らは、Natureが定義している”Personal financial interests（個人的な金銭的利益）”の項目に違反しています。一方、「職務発明の対価は法人が決めるので、本件は、Natureの規約の"個人の金銭的利益（Personal financial interests）"には該当しない」と擁護する意見もあります。しかしながら、東大理学部教授のRobert Geller氏は、「例えば投稿時に編者にそう説明したて編者がそれを認めたら問題ないですが、いまそれを言うなら詭弁でしょうね。」と述べています。
↓ Nature Articleの論文より引用
Competing financial interests
The authors declare no competing financial interests.
疑惑論文１： Nature Article や特許における文章剽窃（盗用）疑惑 １件目
小保方晴子らのNature Article論文の”Methods”のセクションにおける”Karyotype analysis”の文章の一部は、ドイツの研究者（Jianli Guoら）が2005年にIn Vitro Cell Dev Biol Anim.誌で発表した論文の文章から拝借したものですが、拝借元の論文を引用していないことが明らかとなり、問題となっています。
下記の文章で、赤く太文字でハイライトされている部分がJianli Guoらの論文と同一の文章です。 さらに、青く太文字でハイライトされている部分が、Jonathan Landryの博士論文（Dissertation）と同一の文章です。
Guo Jianliらの論文との比較
赤く太文字でハイライトされている部分が同一
小保方氏らのNature Article論文： "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Guo Jらの論文： Multicolor karyotype analyses of mouse embryonic stem cells.
- In Vitro Cell Dev Biol Anim. 2005 Sep-Oct;41(8-9):278-83.
- Guo J1, Jauch A, Heidi HG, Schoell B, Erz D, Schrank M, Janssen JW.
- 1Institute of Human Genetics, University of Heidelberg, D-69120 Heidelberg, Germany.
- Materials and Methods
- Chromosome preparation
- Metaphase spreads of the ES cells were performed as follows. Subconfluent ES cells were arrested in metaphase by adding colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37° C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin-ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KCl solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37° C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3–5 ml of 0.0375 M KCl solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1, vol:vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides.
- Multicolor FISH analysis (M-FISH)
For M-FISH analysis mouse chromosome–specific painting probes were combinatorially labeled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described (Jentsch et al., 2003). For each cell line 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems Imaging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyograms.
なお、文章の拝借元における塩化カリウムを意味する"KCl"という正しい表記が、小保方論文では"KC1"という無意味な言葉になっています。さらに、小保方論文では、EDTA (EDTA) と、ethylenediaminetetraacetic acidの略称であるEDTAを誤って連続して記載しています。なぜ、このような初歩的ミスが起こったかは不明ですが、自分で文章を作成せず、他者論文の文章を拝借したことが一因であるかもしれません。
上記の拝借された文章の中には、ライカ社（Leica Mikrosysteme GmbH）の DM RXA RF8 落射蛍光顕微鏡（epifluorescence microscope ）と、フォトメトリクス社 (Photometrics)の Sensys CCD カメラの実験機器名も含まれています。小保方氏らは、実験方法の文章を拝借するだけでなく、わざわざ、Guo Jianliらドイツの研究者が用いた実験機器と同一のものを用いて実験をしたのでしょうか？そのようなことが果たして可能なのでしょうか？
このライカの DM RXA 顕微鏡も、フォトメトリクスの Sensys CCD カメラも、1990年代末から2000年代前半に販売されていたもので既に製造中止になっている機種です。 また、Sensys カメラのウェブサイトには、 「Then turn your computer back on and boot Windows 98/2000/ME/XP again.」と記載されており、Win 98が現役だったような時代の懐かしい製品です。よって、小保方氏らが研究室を立ち上げるときに、このような古い実験機器を新規に購入することは不可能であり、また中古品も出回っていません。
このライカの DM RXA 顕微鏡も、フォトメトリクスの Sensys CCD カメラも、1990年代末から2000年代前半に販売されていたもので既に製造中止になっている機種です。 また、Sensys カメラのウェブサイトには、 「Then turn your computer back on and boot Windows 98/2000/ME/XP again.」と記載されており、Win 98が現役だったような時代の懐かしい製品です。よって、小保方氏らが研究室を立ち上げるときに、このような古い実験機器を新規に購入することは不可能であり、また中古品も出回っていません。
(フォトメトリクスの パンフレットによると、このSensys CCD カメラ は専用PCIカードで画像を取り込むタイプで、 30～200万画素程度のものでカメラに放熱フィンが付いている非常に古いカメラです。)
小保方ら論文著者はKC1などのOCRの誤認識に基づく誤記をそのままにして剽窃していることから、ほとんど剽窃文章の中身を吟味していないことが推測され、実験機器名に関しても実際には使用していないにも関わらずそのまま剽窃して記載してしまった可能性があります。これらのことから、そもそも、このMaterials and Methodsに書かれているKaryotype analysis（核型分析）の実験は、論文の記述通りには行われていなかった可能性が推測されます。これらの疑惑を晴らすためには、小保方研究室、笹井研究室、若山研究室、ヴァカンティ研究室、あるいは理研などの彼らが所属する研究施設の共有実験機器のいずれかに上記の実験機器が存在し、これらの機器を使用して実際に実験を行ったことを生データにより示すしかありません。あるいは、論文内には外注したとは記載されていませんが、もし、この実験が外注により外部機関により行われていたとしたら、その外部機関から送られてきた報告書を確認する必要があるでしょう。
なお、Guo Jianli氏らの原論文では「DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, B ensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics, Tucson, AZ). 」 と書いてあったのを、小保方氏らの論文ではわざわざメーカーの所在地や国名を削除して書き換えています。 もし、実際はもっと新しい機種や他のメーカーの機種を使っていたのなら、わざわざ実際使ったのとは違う機種の名前を残しつつ国名だけ消すのではなく、実際に使用している機種に合わせて記述を直すはずです。（執筆者ではなくてコピーエディターが書き換えた可能性も否定できませんが）。
小保方氏らの特許： さらに、この文章は、小保方晴子氏らが出願した特許（原文ＰＤＦ）中の下記文章の一部においても拝借されています。特許においても、KC1という誤記が見られます。さらに、Guo論文における"imaging"が、特許においては"hanging"という文脈上間違った単語に変換されています。[00290] Karyotype analysis. Karyotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAPS cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37°C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin/ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KC1 solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37°C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3-5 ml of 0.0375 M KC1 solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3: 1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labeled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described (Jentsch et al, 2003). For each cell line, 9-15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometries, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems hanging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyograms.
Jonathan Landryの博士論文（Dissertation）との比較
青く太文字でハイライトされている部分が同一
小保方氏らのNature Article論文： "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Karyotype analysisKaryotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAP stem cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 µg ml−1) to the culture medium for 2.5 h at 37 °C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin and EDTA (EDTA), re-suspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a pre-warmed hypotonic 0.0375 M KC1 solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37 °C. Cells were centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. and the pellet was re-suspended in 3–5 ml of 0.0375 M KC1 solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times before spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labelled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described41. For each cell line, 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolour karyograms.
Jonathan Landryの博士論文（Dissertation by Jonathan Landry）：
(submitted to the Combined Faculties for the Natural Sciences and for Mathematics of the Ruperto-Carola University of Heidelberg, Germany for the degree of Doctor of Natural Sciences)
The genomic and transcriptomic landscape of HeLa cells.
- Presented by Jonathan Landry born in Lyon, France Oral examination: 06/12/2012
- 3.4.4 Multicolor fluorescent in situ hybridization (M-FISH)
- Metaphase spreads of HeLa cells were performed as follows. Subconfluent HeLa cells were arrested in metaphase by adding colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37° C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin-ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KCl solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37° C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3–5 ml of 0.0375 M KCl solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1, vol:vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides. For M-FISH analysis, chromosome–specific painting probes were labeled using DOP-PCR amplified DNA using 7 different fluorochromes in a combinatorial manner and hybridized as previously described [130]. Twelve metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica MCK-FISH software (Leica Microsystems Imaging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyotypes.
さらに、小保方氏らのNature Article論文、文章が類似していたGuo氏やLandry氏らの論文の、３つのいずれの論文も、下記のJentsch I氏らのCytogenet Genome Res.誌の論文を引用していましたので、Jentsch氏の論文と比較してみましたが、全く異なる文章でした。つまり、小保方氏らの論文は実験方法を開発したJentsch氏らの論文から文章をコピペしたのではなく、Jentsch氏らを参考にして実験を行ったGuo氏らが作成した文章を剽窃した可能性が高いと思われます。なぜ、Landry氏の博士論文がGuo氏の論文に類似しているかどうかについては不明です。
Seven-fluorochrome mouse M-FISH for high-resolution analysis of interchromosomalrearrangements.
Jentsch I1, Geigl J, Klein CA, Speicher MR.
Institut für Humangenetik, Technische Universität München, München, Germany.（以下検証用にMaterials and Methodsの部分だけを引用）
Materials and methods
Preparation of mouse painting probes and of fluorochrome DNA pools The generation of mouse chromosome-specific painting probes (Rabbitts et al., 1995) and their amplification by “primary” and “secondary DOPPCR” was described previously (Jentsch et al., 2001). Similar to our human 7-Fluor M-FISH approach (Azofeifa et al., 2000) we generated a DNA pool for each fluorochrome according to the labeling scheme shown in Fig. 2. For example, the DEAC-pool consisted of painting probes for chromosomes 3, 5, 10, 11, 14, and Y; the FITC pool of chromosomes 3, 8, 13, 15, 19, and X, and so on. Each painting probe was carefully calibrated to have the same fluorescent intensity after FISH according to our previously described protocols (Eils et al., 1998). After PCR labeling, the length of the DNA was adjusted by DNase I digestion to a size of 300– 700 bp.
Preparation of the mouse M-FISH hybridization mix The hybridization mix was prepared by overnight ethanol precipitation of 6 Ìl of the DEAC-, 7 Ìl of the FITC-, 6 Ìl of the Cy3-, 2.5 Ìl of the Texas Red- (= Cy3.5), 6 Ìl of the Cy5-, 2.5 Ìl of the biotin- (= Cy5.5) and 3 Ìl of the digoxigenin- (= Cy7) labeled PCR product, together with 60 Ìl of mouse Cot-1 DNA and 20 Ìg salmon sperm DNA. After centrifugation at 13,000 rpm for 30 min at 4 ° C followed by a washing step with 70 % ethanol, the pellet was resuspended in the hybridization mix, consisting of 50 % formamide, 20% dextran sulfate, and 2× SSC.
Induction of chromosomal aberrations and preparation of mouse chromosomes The mouse chromosome preparations from mouse cell lines AG12 TUBO and TSA were done as described previously (Weaver et al., 1999) with some modifications. In brief, the spleen was isolated from mouse and transported in a tissue culture flask with RPMI/FBS. After homogenization with RPMI, the cells were incubated in a culture flask with RPMI, FBS, concanavalin A, LPS, ß-mercaptoethanol. After 48 h incubation, the cells were treated with colcemid and 0.075 M KCl and fixed in methanol/acetic acid.
Hybridization, post-hybridization washes and detection of indirectly labeled probes The probe mixture was denatured for 7 min at 78 ° C and then preannealed for about 20 min at 37 ° C. The slides were denatured in 70 % formamide, 2× SSC for about 2.5 min at 72 ° C. After passage through an ethanol series on ice, the slides were air-dried and the hybridization mixture was added to the slide. The hybridization field was sealed with a cover slip and rubber cement, and the slides were incubated for two nights at 37 ° C.
Following hybridization, the slides were washed in 4× SSC/Tween three times 5 min each at 42 ° C to remove the cover slip and then three times (5 min each) with 1× SSC at 60 ° C. The slides were blocked in 3% BSA in 4× SSC/Tween and incubated for 30 min at 37 ° C. After blocking, avidin Cy5.5 (1:100 in 4% SSC/Tween plus 1% BSA) and anti-digoxigenin-Cy7 (1:50 in 4× SSC/Tween plus 1% BSA) were added to the slides and incubated for at least 45 min in a moist chamber at 37 ° C. The slides were then washed three times (5 min each) in 4× SSC/Tween at 45 ° C, counterstained with DAPI (4),6-diamidino-2-phenylindole) and mounted in p-phenylenediamine dihydrochloride antifade solution.
Epifluorescence microscopy Slides were visualized using a Leica DMRXA-RF8 epifluorescence microscope equipped with special filter blocks (Chroma Technology, Brattleboro, VT) as described (Eils et al., 1998). For image acquisition, a Sensys CCD camera (Photometrics) with a Kodak KAF 1400 chip was used. Both the camera and microscope were controlled with Leica Q-FISH software (Leica Microsystems Imaging Solutions, Cambridge, UK). Images were analyzed using the Leica MCK-Software package (Leica Microsystems Imaging Solutions, Cambridge, UK/Eils et al., 1998).
疑惑論文１： Nature Article における文章剽窃（盗用）疑惑 ２件目
小保方晴子氏らのNature誌のSTAP細胞に関する論文(Article）において、 ”新たな” 文章剽窃（盗用）が疑われています。 2006年にMerck Milliporeに買収されたChemicon社のURLや同社の古い試薬名（CpGenome DNA modification kit）までコピペしていたことが指摘されています。この試薬を使ったDNAメチル化の評価実験は、実際には行われていなかったのではないか？と疑われています。
Robert Blellochらの論文との比較
赤く太文字で強調されている部分が同一
小保方氏らのNature Article論文： "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Robert Blellochらの論文： Reprogramming efficiency following somatic cell nuclear transfer is influenced by the differentiation and methylation state of the donor nucleus.
- Stem Cells. 2006 Sep;24(9):2007-13. Epub 2006 May 18.
- Blelloch R1, Wang Z, Meissner A, Pollard S, Smith A, Jaenisch R.
- 1Whitehead Instituteand Department of Biology, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, USA.
Northern and Bisulfite Sequencing
For Northern analysis, 10 μg per sample of total RNA isolated using Trizol (Invitrogen, Carlsbad, CA, http://www.invitrogen.com) was run in each lane and then transferred to Gene Screen (PerkinElmer Life and Analytical Sciences, Boston, http://www.perkinelmer.com). The resulting membranes were probed using cDNAs spanning the open reading frames of the corresponding genes and washed under high stringency conditions (0.2× standard saline citrate, 65°C for 45 minutes) before exposure to film. Bisulfite treatment of DNA was done using the CpGenome DNA Modification Kit (Chemicon, Temecula, CA, http://www.chemicon.com) following the manufacturer's instructions. The resulting modified DNA was amplified by nested polymerase chain reaction (PCR) using two forward (F) primers and one reverse (R) primer: Oct4 (F1, GTTGTTTTGTTTTGGTTTTGGATAT; F2, ATGGGTTGAAATATTGGGTTTATTTA; R, CCACCCTCTAACCTTAACCTCTAAC) and Nanog (F1, GAGGATGTTTTTTAAGTTTTTTTT; F2, AATGTTTATGGTGGATTTTGTAGGT; R, CCCACACTCATATCAATATAATAAC). The first round of PCR was done as follows: 94°C for 4 minutes; five cycles of 94°C for 30 seconds, 56°C for 1 minute (−1°C per cycle), 72°C for 1 minute; and 30 cycles of 94°C for 30 seconds, 51°C for 45 seconds, and 72°C for 1 minute, 20 seconds. The second round of PCR was 94°C for 4 minutes; 30 cycles of 94°C for 30 seconds, 53.5°C for 1 minute, and 72°C for 1 minute 20 seconds. The resulting amplified products were gel-purified (Zymogen, Zymo Research, Orange, CA, http://www.zymoresearch.com), subcloned into the TOPO TA vector (Invitrogen), and sequenced using the M13F&R primers.
理研の調査委員会の中間報告の問題点 その２
Bisulphite sequencingにおける文章類似の件は、「2006年に消滅した会社の古い実験試薬の名前までコピペしているため、論文の記述通りに実験を行っていないのではないのか？」ということが問題であるにも関わらず、調査委員会では、その問題を全く認識していないか、無視していました。実験試薬の購入記録、実験のノートにおける記録など、全て洗いざらい調査するべきです。
理研の調査委員会の中間報告の問題点 その２
Bisulphite sequencingにおける文章類似の件は、「2006年に消滅した会社の古い実験試薬の名前までコピペしているため、論文の記述通りに実験を行っていないのではないのか？」ということが問題であるにも関わらず、調査委員会では、その問題を全く認識していないか、無視していました。実験試薬の購入記録、実験のノートにおける記録など、全て洗いざらい調査するべきです。
Bisulphite sequencingの文章類似の件の問題点は、小保方研ができたのは2011年であるにも関わらず、2006年に消滅した会社の試薬を使用しているという点です。しかしながら、理研の調査委の中間報告では、その問題点に全く触れていません。
以下、参考コメントです。
匿名2014年2月28日 14:52
もう２か所の剽窃は問題になさらないのです？
Bisulphite sequencing
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16709876
Fluorescence-activated cell sorting and flow cytometry
RNA preparation and RT–PCR analysis
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411005253
返信削除
11jigen2014年2月28日 15:19
Bisulphite sequencing のほうは、(Chemicon, http://www.chemicon.com) とメーカーのＵＲＬまで類似しており、小保方論文では、それ以外のメーカーにはＵＲＬを付加してないので、おそらく、仰るとおり、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16709876 の論文を参考にして実験を行い文章も参考にしたのでしょう。Oct4とNanogのプライマーのデザインもこの論文を参考にしたのかもしれませんね。なぜ、元論文の接続詞and が、小保方論文では、Andと接頭に使われてしまっってるのでしょうね。謎です。
さらに、小保方論文では、"PCR was done using TaKaKa" となっています。正しくは、TaKaRaですね。これもＯＣＲで得られたデータをコピペしたためでしょうか。ただ、このTaKaKaの部分の文章がどこからコピペされたかはわかりません。
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411005253
のほうは問題ないと思います。
Fluorescence-activated cell sorting and flow cytometry では、
7-AAD が Propidium iodide に変更されていますし、
RNA Preparation and RT-PCR Analysis は、
一般的な方法で、単純な短い文章ですので。
匿名2014年3月4日 3:36
文中に記載のChemiconは2006年にMerck Milliporeに買収されており
Chemiconブランドとしては残っているようですが、
CpGenome DNA modification kitは
CpGenome Universal DNA Modification Kitという製品名になっていると思われます。
2005年の説明書
http://search.cosmobio.co.jp/cosmo_search_p/search_gate2/docs/CMN_/S7820.20050610.pdf
現在の製品HP
CpGenome Universal DNA Modification Kit | S7820
http://www.millipore.com/catalogue/item/s7820
2006年に消滅した会社の名前、古い製品名、Milliporeにリダイレクトされるだけの
URLを記載しているのはコピペしたからだと思います。
門外漢ですが2006年以前に購入したDNAメチル化検出キットを
現在に至るまで大事に保管して使用するのもおかしくないでしょうか？
高価とはいえ数万円で購入できるもののようであり、
大切な研究であれば新しい試薬を使用するのが普通ではないでしょうか？
DNAメチル化検出キットはChemicon以外にも多くの会社から販売されているようです。
本当にこの製品を使用したのでしょうか？
Leicaの蛍光顕微鏡と同様、非常に疑わしい記述と思います。
なお、小保方晴子氏らが所属する理化学研究所の野依良治理事長はAdv. Synth. Catal.誌において、以下のように、研究・出版倫理と不正行為について論説しています。
研究・出版における不正行為には、明白なデータねつ造だけでなく、 別の実験で得たスペクトルデータを偽って載せる、反応収率を過大に 表現するなど細かいものもあります。また、論文の剽窃(plagiarism) にもさまざまな形態があり、参考にした文献を故意に引用しない、 他の著者の論文から表現の一部を借りながら自分のものとして発表 するなども含まれます。特に後者は、論文のintroductionで化合物や 反応の重要性を述べるなど誰が書いても似たような内容になるときに 起こりやすく、また英語を母国語としない研究者が他の著者のうまい 表現を借りたくなる気持ちは分かるが、あくまで許されることではないと 指摘します。
参考→ 理研・野依理事長が研究・出版倫理と不正行為についてAdv. Synth. Catal.誌に寄稿（ワイリー・サイエンスカフェ）
小保方氏が発表したSTAP細胞の作製には、Nature論文の共著者で共同研究者の若山照彦教授とその弟子(student)が、小保方氏指導のもとでの理研の実験では再現に成功していますが、若山教授が山梨大学のラボに移った後では未だ再現に成功していないことが判明しています（Nature誌記事より）
カリフォルニア大学の幹細胞研究者ポール・クレプラー博士が運営しているSTAP細胞作製の再現性確認実験の結果を報告しあうためのブログ記事(Knoepfler Lab Stem Cell Blog) では、まだ再現に成功したという報告はありません。
小保方晴子の論文では「生後7日新生児マウス」由来の細胞によってSTAP細胞を確立されていますが、現時点で上記サイトに報告されている追試では新生児マウスの細胞を用いているのはありません(生物種未記載にはある) 。よって、現時点で再現性がないと断定することはできません。
現在の追試報告例（１０例）：未だ、再現成功例無し。
Ethan: 失敗、細胞腫への言及なし
Ruben Rodriguez: 失敗、「ヒト」新生児繊維芽細胞使用
Elliott Schwartz: 失敗、「ヒト」繊維芽細胞
Subhash Kulkarni: 失敗、新生児全血、成体全血
Sasha: 失敗、マウス胎仔繊維芽細胞、マウス成体神経幹細胞、マウス胎児神経幹細胞
Hong: 失敗、マウスES細胞
Yoshiyuki Seki: 失敗、マウス胎仔繊維芽細胞
Andres: 失敗、「ヒト」胎仔繊維芽細胞
Dr. Pierre Debs: 微妙、成体ラット・マウス脾臓細胞
Ray and Sandy: 失敗、MEF（マウス胎児芽繊維細胞）
Ruben Rodriguez: 失敗、「ヒト」新生児繊維芽細胞使用
Elliott Schwartz: 失敗、「ヒト」繊維芽細胞
Subhash Kulkarni: 失敗、新生児全血、成体全血
Sasha: 失敗、マウス胎仔繊維芽細胞、マウス成体神経幹細胞、マウス胎児神経幹細胞
Hong: 失敗、マウスES細胞
Yoshiyuki Seki: 失敗、マウス胎仔繊維芽細胞
Andres: 失敗、「ヒト」胎仔繊維芽細胞
Dr. Pierre Debs: 微妙、成体ラット・マウス脾臓細胞
Ray and Sandy: 失敗、MEF（マウス胎児芽繊維細胞）
小保方さんの“新”発見は、特殊な細胞ではなく、ごく普通の「リンパ球」でこうした働きを見つけたことだ。だが、「論文からはその根拠がハッキリしない」と言うのは、理化学研究所やワシントン大で免疫学を研究したことのある明石市立市民病院研修担当部長の金川修身氏である。「細胞がリンパ球に分化すると『遺伝子再構成』という現象が起きる。ということは初期化（別の細胞に変化）した『ＳＴＡＰ細胞』でできたマウスのリンパ球にも『遺伝子再構成』が必ず見られるはずです。しかし、論文ではそこが分かりません。さらに（第三者も同様の研究結果を得る）『再現性』の報告も今のところ見当たらず、失敗報告ばかりです。断定的なことは言えませんが、もう一度（実証実験の）やり直しという可能性もあるでしょう」 （日刊ゲンダイの記事より）
慶應大学の吉村昭彦教授も、研究室ホームページ上の記事（TCR組み換えデータの重要性）にて、「私の関心はSTAP細胞が論文に書いてあるように『未分化細胞からのinductionであってもとからある幹細胞のselectionではない』という結論が妥当かどうかという点。繰り返しになるが、それをTCR-rearrangementで決着つけようとするならば、T細胞からできたSTAP細胞、STAP幹細胞、それにキメラマウス（4Nから作ったものが望ましい）のgenomic DNAのTCR rearrangementを調べる必要がある。」と指摘している。
小保方晴子氏のSTAP細胞に関するNature Letter論文（疑惑論文１）には、RNAseqとChiPseqの実験データに関してNCBI BioSample databases用のアクセスＩＤを下記のように記載していたが、実際は、SRAやGEOなどのデータベースには登録されていなかったことが判明し、問題となっている(2014年2月12日）。
↓ 論文中における記述
ネイチャーの規定では、論文を出版する際には、このような関連データを適切なデータベースに載せておかなければならないという義務がある。
↓ 論文中における記述
"RNA-seq and ChIP-seq files have been submitted to the NCBI BioSample databases under accessions SAMN02393426, SAMN02393427, SAMN02393428, SAMN02393429, SAMN02393430, SAMN02393431, SAMN02393432, SAMN02393433, SAMN02393434 and SAMN02393435."
ネイチャーの規定では、論文を出版する際には、このような関連データを適切なデータベースに載せておかなければならないという義務がある。
ネイチャーに問い合わせをした人物によると、ネイチャーは既にこの問題に気づいており、著者（小保方ら）に連絡を入れたらしいが、著者から返答があったかどうかについてはわかっていない。
追記(2014年2月21日）：米国時間で2014年2月19-20日頃にデータがようやく追加されたようです。
脊髄損傷のサルをＳＴＡＰ細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が２件（流用画像１、流用画像２、流用画像３）発覚しました。小島氏は小保方晴子氏の指導教官でした。少なくとも２度にわたる不適切な実験画像流用が行われており、これらが意図的な不正であろうがそうでなかろうが彼らの研究は杜撰であると言え、到底、猿でのSTAP細胞治療の話も信憑性は低いでしょう。
流用画像１ （小島宏司）
下記のチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏のJ Thorac Cardiovasc Surg. 誌の論文のFig.6のNATIVEのSafranin-Oの顕微鏡画像と、同氏のFASEB J.誌の論文のFig.5のTETのSafranin-Oの画像が類似しており、同一個体由来の実験画像と推測されます。
つまり、二つの実験画像は論文中の説明によると異なる実験条件で異なる時期に異なる個体から得られたもののはずですが、互いに類似しており実際は同一個体由来の画像であることから、２つの論文をまたがって不適切な実験画像流用が行われたと考えられます。
小島疑惑論文１
J Thorac Cardiovasc Surg. 2002 Jun;123(6):1177-84.
Autologous tissue-engineered trachea with sheep nasal chondrocytes.
Kojima K1, Bonassar LJ, Roy AK, Vacanti CA, Cortiella J.
1Center for Tissue Engineering, University of Massachusetts Medical School, Worcester, 01603-3122, USA.
小島疑惑論文２
FASEB J. 2003 May;17(8):823-8.
A composite tissue-engineered trachea using sheep nasal chondrocyte and epithelial cells.
Kojima K1, Bonassar LJ, Roy AK, Mizuno H, Cortiella J, Vacanti CA.
1Center for Tissue Engineering, University of Massachusetts Medical School, Worcester, Massachusetts, USA.
流用画像２ （小島宏司）
小島疑惑論文２
FASEB J. 2003 May;17(8):823-8.
A composite tissue-engineered trachea using sheep nasal chondrocyte and epithelial cells.
Kojima K1, Bonassar LJ, Roy AK, Mizuno H, Cortiella J, Vacanti CA.
1Center for Tissue Engineering, University of Massachusetts Medical School, Worcester, Massachusetts, USA.
小島疑惑論文３
Anat Rec (Hoboken). 2014 Jan;297(1):44-50. doi: 10.1002/ar.22799. Epub 2013 Dec 2.
Tissue engineering in the trachea.
Kojima K1, Vacanti CA. 1CLaboratory for Tissue Engineering and Regenerative Medicine
1Department of Anesthesiology, Harvard Medical School, Brigham and Women's Hospital, 75 Francis St., Thorn 703, Boston, Massachusetts, 02115. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ar.22799/fullFASEB J.誌の2003年の論文のFig.5の左上画像(TETのH&E) と、Anat Rec (Hoboken)誌の 2014の Review論文のFig.2b画像が、実験条件が異なるにもかかわらず、同一であり、不適切な画像流用が疑われています。
FASEB誌のFig.5の画像(H&E染色）のTET（組織工学によって作製された気管）は、2月齢の羊の鼻中隔の 軟骨細胞と上皮細胞由来で、ヌードマウスの背中に移植した後、解析したもの。一方、Anat Rec誌のFig2bの画像(H&E染色）のTETは、6月齢の羊の骨髄由来で、免疫不全ラットに移植した後、解析したものです。このように実験条件が全く異なるのにTET（組織工学によって作製された気管）の画像が同一なのです。
流用画像３（小島宏司）
FASEB Jのfig4dとAnat Rec (Hoboken)のfig2aが、類似しています。
流用画像３（小島宏司）
FASEB Jのfig4dとAnat Rec (Hoboken)のfig2aが、類似しています。小島 宏司 （こじま・こうじ）
1990年 聖マリアンナ医科大学医学部 卒業(14回生)
1997年 聖マリアンナ医科大学病院呼吸器外科 医長。
1999年 バイオ気管の研究をめざし、渡米。
マサチューセッツ州立大・チャールズ・バカンティ教授のもとで、気管再生の研究に取り組む。
2002年5月 羊の鼻の軟骨からのどの気道を再生させ移植することに世界で初めて成功。
2004年 ハーバード大学医学部組織工学・再生医療研究室ディレクター。
http://www.oit.ac.jp/bme/imagekojima.jpg
http://www.terumozaidan.or.jp/labo/interview/03/index.html （写し）
小保方晴子やチャール・バカンティ教授らは、共同で国際特許出願をしている。
（WIPO Pub. No.: WO/2013/163296： HTML、PDF）
（公開公報WO2013/163296 A1”Generating pluripotent cells de novo”）
・ チャールズ・バカンティ教授(Charles Alfred Vacanti)は、ハーバード大学の教授で、ハーバード大学付属病院(THe Brigham and Women's Hospital)の麻酔科に所属している。バカンティ教授は、 疑惑論文３： Tissue Eng Part A が掲載された雑誌の、Founding editor でもある。
参考→ Tissue Eng Part A誌のEditorial Boardのページ： http:/が/www.liebertpub.com/editorialboard/tissue-engineering-parts-a-b-and-c/595/
このように、当雑誌が彼の影響下にあるゆえ、チャールズ・バカンティ教授は、この問題のある小保方晴子の論文を撤回せず、データ流用が疑われている実験画像をミスによるものとし、強引に問題画像の削除だけで済まそうしているのかもしれない。
2014年3月12日： STAP細胞顛末
2014年3月13日： STAP細胞捏造疑惑問題、悪いのは誰？小保方晴子、理研、笹井芳樹など
2014年3月13日： STAP細胞関連の疑惑・問題点まとめと大手新聞紙の疑惑報道の違い
2014年3月13日： 小保方晴子早稲田大博士論文、大量の盗用コピペ 実験の実態なしか？
2014年3月14日： 小保方晴子博士や論文を擁護するマスコミ 嫉妬、佐村河内守とは違うなど
2014年3月14日： 博士論文画像流用疑惑知りながら、理研・笹井芳樹が1ヶ月も隠蔽
2014年3月14日： 小保方晴子博士や論文を擁護するマスコミ 嫉妬、佐村河内守とは違うなど
● 生きるすべ IKIRU-SUBE 柳田充弘ブログ：
2014年2月20日： STAP細胞の顛末のこれから（柳田氏は、当該研究者よりも当該研究機関が問題に対応する傾向になってきたことが芳しくない効果を生みだしている、と指摘しています。）
2014年3月5日： 日経「理研ＳＴＡＰ細胞の作製法公開」 論文への批判受け
2014年3月9日： おさまらないSTAP細胞作成手順のはなし
● STAP細胞追試報告ブログ記事の管理人、Knoepfler氏（カリフォルニア大学の幹細胞研究者ポール・ネフラー博士）のhttp://www.ipscell.com/ 上でのSTAP細胞関連記事リスト
2014年2月6日更新： STAP細胞への５つの疑問点：In a pickle over STAP stem cells: top 5 reasons for skepticism
● STAP細胞追試報告ブログ記事の管理人、Knoepfler氏（カリフォルニア大学の幹細胞研究者ポール・ネフラー博士）のhttp://www.ipscell.com/ 上でのSTAP細胞関連記事リスト
2014年2月6日更新： STAP細胞への５つの疑問点：In a pickle over STAP stem cells: top 5 reasons for skepticism
2014年2月23日： Nature ArticleのFig.1に関する疑問点：Are STAP Stem Cell Nature Papers Compromised?
2014年2月27日： 論文剽窃と小島氏の画像流用の件について：STAP stem cell new allegations: situation turns darker
2014年3月5日： 理研が追加発表したSTAP細胞作成方のプロトコルに対する反応：Key Initial Reactions to RIKEN’s detailed STAP stem cell protocol
2014年2月27日： 論文剽窃と小島氏の画像流用の件について：STAP stem cell new allegations: situation turns darker
2014年3月5日： 理研が追加発表したSTAP細胞作成方のプロトコルに対する反応：Key Initial Reactions to RIKEN’s detailed STAP stem cell protocol
2014年3月9日： Multiple sources say momentum for STAP paper retraction building in Japan & inside RIKEN
2014年3月10日： Beginning of End for STAP Cell Story? Possible Outcomes
2014年3月11日： STAP coverage ruffles some ‘elite’ stem cell feathers
2014年3月13日： Guest post: A seismologist from Japan looks at the STAP cells mess
● 一人抄読会 by md345797: （日本語による分かり易いりSTAP細胞論文解説です。）
2014年3月10日： Beginning of End for STAP Cell Story? Possible Outcomes
2014年3月11日： STAP coverage ruffles some ‘elite’ stem cell feathers
2014年3月13日： Guest post: A seismologist from Japan looks at the STAP cells mess
● 一人抄読会 by md345797: （日本語による分かり易いりSTAP細胞論文解説です。）
小保方事件の経緯
2014年1月29日 STAP論文が発表される。
2014年1月30日 ハーバード大ではサルの治療で実験中であることが発表される（産経記事）。
2014年2月5日（米国時間） Pubpeerで、 Nature Article論文の電気泳動画像の不正疑惑が浮上する。
2014年2月6日 ハーバード大が、初の人でのSTAP細胞とする、写真を公表する（日経記事）。
2014年2月7日 古舘伊知郎が京都大学iPS細胞研究所の山中伸弥教授にインタビュー
2014年2月8日（米国時間） STAP NEW DATA の掲示板（ブログ記事）が公開される。
2014年2月12-13日 Tissue Engineering誌の論文の不正流用画像が２ｃｈ生物版スレで指摘され、世界変動展望ブログに図がUPされる。
2014年2月12日 山中伸弥教授が、「iPS細胞とSTAP幹細胞に関する考察」を発表
2014年2月12日 小保方晴子氏、首相官邸で開かれる政府の総合科学技術会議（議長・首相）に出席表明する。
2014年2月12日 RNAseqとChiPseqのデータの未登録問題が明らかとなる。
2014年2月13日 Twitter上で、 Nature Letter論文の胎盤画像の流用疑惑を公表。その後、PubPeerにも同内容を投稿。
2014年2月14日 小保方晴子氏、総合科学技術会議土壇場で欠席（時事通信）
2014年2月15日 理化学研究所が2月13-14日に小保方晴子氏に聞き取り調査を行ったと、毎日新聞により報道される。
2014年2月16日 慶應大学の吉村氏、TCR組み換えのデータの件を指摘
2014年2月17日 明石市立市民病院研修担当部長の金川氏も、TCRの件を指摘
2014年2月17日（米国時間） Natureが調査を開始する。
2014年2月17日 Nature論文の共著者で共同研究者の若山照彦教授も山梨大学のラボではSTAP細胞作製の再現に成功していないことが判明。
2014年2月18日 小保方氏に学位を与えた早稲田大も調査開始を表明するが（朝日新聞）、生データ調査などの不正調査前から擁護の動きを見せる。
2014年2月19日 米ハーバード大医学大学院広報が調査開始を表明する（毎日新聞）。
2014年2月19日 小保方晴子氏の博士論文におけるヴァカンティ教授の肩書に関する誤記が密かに訂正される（⇒参考記事）。
2014年2月19-20日（米国時間） RNAseqとChiPseqのデータがようやくデータベースに追加される。
2014年2月21日 WSJの取材に対し、理研CDBがSTAP細胞作製方法の詳細をいずれ公開すると回答。
2014年2月22日 利益相反事項の隠蔽が新たな問題として浮上する。
2014年2月22日 大和雅之・東京女子医大教授の3月4-6日の日本再生医療学会欠席が判明する。
2014年2月22日 小保方晴子氏の博士論文の学位申請研究業績書に実際には存在しない国際特許が記載されていた疑惑が浮上する。
2014年2月22日 Nature protocol誌（ 2011）の論文の Fig5a-Bcellとneutrophilのグラフの類似性に疑惑が浮上する。
2014年2月22日 Nature Article論文のFig3bの蛍光顕微鏡写真に疑惑が浮上する。
2014年2月26日 Nature Article論文で、他研究者の論文から引用無しで文章を剽窃したことが明らかとなる（一件目）。古い実験機記名まで剽窃していることから、記述通りに実験を行っていないのではないかという疑惑も浮上。
2014年2月26日 脊髄損傷のサルをＳＴＡＰ細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（一件目）
2014年2月27日 Nature Letter論文のFig.1a,1bの胎盤・胎膜の画像の蛍光強度に関する疑惑が浮上する。
2014年2月28日 TISSUE ENGINEERING誌論文（小保方晴子氏は第二著者）でも利益相反事項の隠蔽が発覚する。
2014年3月3日 日本分子生物学会が、理事長声明『STAP細胞論文等への対応について』を発表する。
2014年3月4日 小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（二件目）
2014年3月4日 Nature Article論文で、新たな文章の剽窃が明らかとなる（二件目）。2006年に消滅したChemicon社のURLや同社の古い試薬まで剽窃していることから、記述通りに実験を行っていないのではないかという疑惑も浮上。
2014年3月5日 不自然なテラトーマ画像に関する疑惑が指摘される。
2014年3月5日 理研より、追加のSTAP細胞作製方法が公開される。STAP幹細胞にはTCR再構成の証拠がみつからなかったことが公表され、著者らの論文のストーリーが崩壊する。
2014年3月6日 マウスの性別を統一せずに実験を実施していたのではないかという実験上の杜撰さが指摘される。
2014年3月8日 小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（三件目）
2014年3月9日 Nature Article誌の論文におけるSTAP細胞の多能性を示す重要な図の多くが、小保方晴子氏の博士論文からの流用であることが発覚する。
2014年3月10日 山梨大の若山照彦教授が、理研の著者らに論文撤回を呼びかける。
2014年3月11日 小保方晴子氏の博士論文の序章のBackgroundのほとんどの文章が、NIHのサイトからの剽窃（盗用）であることが発覚する。
2014年3月12日 小保方晴子氏の博士論文のReferencesが他者論文からのコピペであることが発覚する。
2014年3月13日 小保方晴子氏の博士論文の実験画像の一部がバイオ企業のホームページに掲載されている画像からの盗用であることが指摘され、彼女が実験そのものをしておらず、データを捏造していたことが明らかとなる。
2014年3月13日 笹井、丹羽氏の２名が、小保方晴子氏の博士論文からNature誌のSTAP細胞論文への実験画像の不正流用を２月頃には既に把握していながらも、調査委員会には知らせず、2014年3月5日にSTAP細胞作製の実験手技の追加発表をしていたことが明らかとなる。
2014年1月30日 ハーバード大ではサルの治療で実験中であることが発表される（産経記事）。
2014年2月5日（米国時間） Pubpeerで、 Nature Article論文の電気泳動画像の不正疑惑が浮上する。
2014年2月6日 ハーバード大が、初の人でのSTAP細胞とする、写真を公表する（日経記事）。
2014年2月7日 古舘伊知郎が京都大学iPS細胞研究所の山中伸弥教授にインタビュー
2014年2月8日（米国時間） STAP NEW DATA の掲示板（ブログ記事）が公開される。
2014年2月12-13日 Tissue Engineering誌の論文の不正流用画像が２ｃｈ生物版スレで指摘され、世界変動展望ブログに図がUPされる。
2014年2月12日 山中伸弥教授が、「iPS細胞とSTAP幹細胞に関する考察」を発表
2014年2月12日 小保方晴子氏、首相官邸で開かれる政府の総合科学技術会議（議長・首相）に出席表明する。
2014年2月12日 RNAseqとChiPseqのデータの未登録問題が明らかとなる。
2014年2月13日 Twitter上で、 Nature Letter論文の胎盤画像の流用疑惑を公表。その後、PubPeerにも同内容を投稿。
2014年2月14日 小保方晴子氏、総合科学技術会議土壇場で欠席（時事通信）
2014年2月15日 理化学研究所が2月13-14日に小保方晴子氏に聞き取り調査を行ったと、毎日新聞により報道される。
2014年2月16日 慶應大学の吉村氏、TCR組み換えのデータの件を指摘
2014年2月17日 明石市立市民病院研修担当部長の金川氏も、TCRの件を指摘
2014年2月17日（米国時間） Natureが調査を開始する。
2014年2月17日 Nature論文の共著者で共同研究者の若山照彦教授も山梨大学のラボではSTAP細胞作製の再現に成功していないことが判明。
2014年2月18日 小保方氏に学位を与えた早稲田大も調査開始を表明するが（朝日新聞）、生データ調査などの不正調査前から擁護の動きを見せる。
2014年2月19日 米ハーバード大医学大学院広報が調査開始を表明する（毎日新聞）。
2014年2月19日 小保方晴子氏の博士論文におけるヴァカンティ教授の肩書に関する誤記が密かに訂正される（⇒参考記事）。
2014年2月19-20日（米国時間） RNAseqとChiPseqのデータがようやくデータベースに追加される。
2014年2月21日 WSJの取材に対し、理研CDBがSTAP細胞作製方法の詳細をいずれ公開すると回答。
2014年2月22日 利益相反事項の隠蔽が新たな問題として浮上する。
2014年2月22日 大和雅之・東京女子医大教授の3月4-6日の日本再生医療学会欠席が判明する。
2014年2月22日 小保方晴子氏の博士論文の学位申請研究業績書に実際には存在しない国際特許が記載されていた疑惑が浮上する。
2014年2月22日 Nature protocol誌（ 2011）の論文の Fig5a-Bcellとneutrophilのグラフの類似性に疑惑が浮上する。
2014年2月22日 Nature Article論文のFig3bの蛍光顕微鏡写真に疑惑が浮上する。
2014年2月26日 Nature Article論文で、他研究者の論文から引用無しで文章を剽窃したことが明らかとなる（一件目）。古い実験機記名まで剽窃していることから、記述通りに実験を行っていないのではないかという疑惑も浮上。
2014年2月26日 脊髄損傷のサルをＳＴＡＰ細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（一件目）
2014年2月27日 Nature Letter論文のFig.1a,1bの胎盤・胎膜の画像の蛍光強度に関する疑惑が浮上する。
2014年2月28日 TISSUE ENGINEERING誌論文（小保方晴子氏は第二著者）でも利益相反事項の隠蔽が発覚する。
2014年3月3日 日本分子生物学会が、理事長声明『STAP細胞論文等への対応について』を発表する。
2014年3月4日 小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（二件目）
2014年3月4日 Nature Article論文で、新たな文章の剽窃が明らかとなる（二件目）。2006年に消滅したChemicon社のURLや同社の古い試薬まで剽窃していることから、記述通りに実験を行っていないのではないかという疑惑も浮上。
2014年3月5日 不自然なテラトーマ画像に関する疑惑が指摘される。
2014年3月5日 理研より、追加のSTAP細胞作製方法が公開される。STAP幹細胞にはTCR再構成の証拠がみつからなかったことが公表され、著者らの論文のストーリーが崩壊する。
2014年3月6日 マウスの性別を統一せずに実験を実施していたのではないかという実験上の杜撰さが指摘される。
2014年3月8日 小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（三件目）
2014年3月9日 Nature Article誌の論文におけるSTAP細胞の多能性を示す重要な図の多くが、小保方晴子氏の博士論文からの流用であることが発覚する。
2014年3月10日 山梨大の若山照彦教授が、理研の著者らに論文撤回を呼びかける。
2014年3月11日 小保方晴子氏の博士論文の序章のBackgroundのほとんどの文章が、NIHのサイトからの剽窃（盗用）であることが発覚する。
2014年3月12日 小保方晴子氏の博士論文のReferencesが他者論文からのコピペであることが発覚する。
2014年3月13日 小保方晴子氏の博士論文の実験画像の一部がバイオ企業のホームページに掲載されている画像からの盗用であることが指摘され、彼女が実験そのものをしておらず、データを捏造していたことが明らかとなる。
2014年3月13日 笹井、丹羽氏の２名が、小保方晴子氏の博士論文からNature誌のSTAP細胞論文への実験画像の不正流用を２月頃には既に把握していながらも、調査委員会には知らせず、2014年3月5日にSTAP細胞作製の実験手技の追加発表をしていたことが明らかとなる。
小保方晴子の論文の疑惑に関するニュース報道