2014年3月9日日曜日

小保方晴子の疑惑論文1(Nature Article誌)

疑惑論文1: Nature Article
論文タイトル: "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Nature 505, 641–647 (30 January 2014) doi:10.1038/nature12968
著者: Haruko Obokata (小保方晴子, Teruhiko Wakayama (若山照彦, Yoshiki Sasai (笹井芳樹, Koji Kojima (小島宏司), Martin P. Vacanti (マーティン・バカンティ), Hitoshi Niwa (丹羽仁史), Masayuki Yamato (大和雅之), Charles A. Vacanti (チャールズ・バカンティ

疑惑画像1:  小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2e下段のSTAP細胞由来テラトーマ免疫染色画像と、小保方晴子氏の博士論文のFig.14下段の骨髄sphere由来テラトーマ免疫染色画像が、類似しており、不正な画像の流用が疑われます。




理研の調査委員会の中間報告の問題点

小保方晴子氏の博士論文から流用されたNature論文の画像Fig.2eを、pdfから抽出すると上部に博論画像を一部切りそこなった痕跡を確認でき、黒塗りで隠されていたことがわかります。これは、意図的な捏造、改竄を示唆しています。この加工の指摘に関して、先日の理研の記者会見で質問されましたが、調査委員会はよく把握していなかった様子でした。委員らは、世界変動展望 著者氏のブログ記事 ”小保方晴子が筆頭著者の論文の不適切さについての(2-5)の指摘を参照しましょう。







疑惑画像2小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2d中央下段のSTAP細胞由来Mesoderm免疫染色画像と、小保方晴子氏の博士論文のFig.11中央の骨髄sphere由来Mesoderm免疫染色画像が、類似しており、不正な画像の流用が疑われます。



疑惑画像3: Figure1のi のレーン3と、レーン2,4の間に境界線が認められ、この電気泳動画像は複数のレーン画像を切り貼りして合成したものであることが示唆されます。



Natureの実験画像に関する規程(Image integrity)によると、「異なる時期、異なる場所で得られた画像は一つの画像として合成してはならない。もし、画像を対比させて並べる必要がある場合は、画像の間に明確に境界線を引き、図の説明文に記述しなければならない。」とあります。このImage integrityの規定に、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.1iが違反している可能性があるわけですね。
以下、規定の一部を抜粋。
Images gathered at different times or from different locations should not be combined into a single image, unless it is stated that the resultant image is a product of time-averaged data or a time-lapse sequence. If juxtaposing images is essential, the borders should be clearly demarcated in the figure and described in the legend. 
The use of touch-up tools, such as cloning and healing tools in Photoshop, or any feature that deliberately obscures manipulations, is to be avoided. 
Processing (such as changing brightness and contrast) is appropriate only when it is applied equally across the entire image and is applied equally to controls. 
Contrast should not be adjusted so that data disappear. Excessive manipulations, such as processing to emphasize one region in the image at the expense of others (for example, through the use of a biased choice of threshold settings), is inappropriate, as is emphasizing experimental data relative to the control. 

さらに、下記のような疑惑も上がっています。



254 :クロ:2014/02/23(日) 19:15:38.10
>>228
免疫で遺伝子やってるやつならわかる。
TCRのDNA解析でレーン3のGLにバンドがない件は全然おかしい。
500bpほどのDNAが増えるのに、同じmicrotube中で
2kB程度のTCRbeta-DJ断片が増えないんだよ。そんなPCRはない。
PCRを経験した人なら、増えるべきDNAに500bpと2.5kBの2本があるとき、
両方のバンドがでることはわかる。長い方が全然見えないって変。

おれも最初は長いDNA断片がPCRで増えにくいからだと思ったよ。
だけど2.2kBとかそんな長さなんだから簡単にふえるよ。

ここでJEM論文中の例(GLバンドが弱いケース)を示す人がいるが
そのJEM論文でもTCRbeta D-JはGLのバンドがよく出ていることを見てほしい。
一方、V-D-Jだというんと長いので(ゲノム上10kb以上は離れており)、
さすがにGL型のところにno bandだが。

著者は意図的にGLがバンドがないように見せることによって、
分化後のT細胞を用いたことを示そうと細工したようだ。
しかし、TCRbetaでは対立遺伝子排除が働くので片方の相同染色体では
GL型の配列をもつはず(よってJEM論文のようにGLにバンドが出るはず)。それを知らずに馬脚を現した。

517 :PCR:2014/02/23(日) 20:30:00.81
PCRをしたことがある人に質問だが、2.2kBと500bの断片が増幅する
(しかも長いほうがやや多く含まれている)系で、全く2.2kBのバンドが出ないとき
そのPCRはうまくいっていると思おうか?
ましてやそれをNatureの図に使うか?しかもレーンの切り貼りをしてまで?

>>254にあるように、Nature論文ではTCR betaのD2 とJ2.6間でPCRしており、これは
GL型(つまりTCR再編成前の)ゲノムDNAでは2kBちょっとしか離れていない。
それがPCRで全く増えず全くバンドが見えない。
TCRのVとJ間でのPCRなら距離が遠すぎて増えないのはわかるが2Kbなら増えるはず。
しかもレーン3以外ではしっかり増えてる。 



疑惑画像4:  図3bのコントロール(未刺激)細胞のOct4-GFP(緑色)の蛍光顕微鏡写真(左下)の下部中央になぜか赤い細胞が存在し、さらには、バックグラウンドもControl画像とLow-pH-treated cellsの画像との間で異なるため、ネガコン(陰性対照)画像として不適切という疑惑が浮上しています。





この論文については、下記アドレスのPubPeerサイトで議論してください。

50 件のコメント:

  1. 色々な面で、残念ですね。

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  2. 小保方さんの弁明会見が必要と思います。

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  3. ポテンシャルの高い研究を汚した罪を彼女らは一生背負わねばならない

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    1. 決めつけたような発言をするな。

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    2. もっとやれ

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    3. そういうお下品な言い方はうかがなものかな。。 

      まだ結果は出てないよ。。

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    4. 決着ついたようなもんだろwwww
      いまさら擁護する奴ワロタwww

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  4. この業界の佐村河内さん達

    早めの会見をされます様に!

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  5. 捏造したのならなぜその必要があったのか?
    そもそも、自分のような素人が見ても違和感を感じるような画像をなぜ使ったのか??
    ばれた時のリスクなんてこんなに頭のいい人なら分かるだろうに???
    いや~~~不思議でしょうがない。
    頭がいい人の考えることは分からん・・・

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    1. そうそう。彼女に急ぐ必要はないし、写真を捏造したところで再現しなきゃ無意味。なんてことは小学生にもわかる。よって「今年度中の成果を出せ!そう約束したろう」と強要したおっさんが必ずいる。そいつを引きずりださず、なにもかも彼女せいにしたら、こういうことは確実に再現する。

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  6. 早稲田時代から捏造していたとか、、、大学ランキングを世界的に上げるためには、論文数を稼がなくてはならないから、大学でも正確性・科学者としての本旨よりも、性急に結果を表に出し続けさせるという傾向があったのだろうか。

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  7. テレビで発表する前に、理化学研究所の責任者が、もっと慎重に精査、すべきだったと、思いますが、世界中の何百人もの科学者が、何十年も研究している人工細胞が、30歳の女性が、突然発見した、へ~~~~~!って思いませんか?????

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    1. 発明や、発見なんて いつの時代もそんなもんだよ。。 逆に何十年と概念化してものを考えてても、何も生まれんよ。

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  8. 「現代のベートーベン」ならぬ「現代のダ・ヴィンチ」を目指しながら疑惑の論文・・・

    この程度の捏造がバレないと考えていたなんて・・・



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    1. 故に 捏造ではないってことだと思わないのか??

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    2. 若いときから剽窃、捏造を繰り返してきた科学倫理のない教育を受けてきた人なんだから、腑に落ちるでしょ。
      バレないと考えてきたのは、今までバレたことがなかったからだよ。

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    3. まったく同感です。
      博士をとるときに、インパクトファクターは低くとも、solidな論文を書くというのが重要だと思います。

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  9. .次期ノーベル賞候補 割烹着リケ女 と マスゴミ総力をあげてのインチキの捏造
    背景には http://kenshin.blog.ocn.ne.jp/blog/2010/09/post_a0a3.html
    理化学研究所 とかいう 天下り錬金組織の闇 http://quasimoto.exblog.jp/21631401/
    税金を食らう金儲け

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  10. いろんな分野での波及効果が期待されていた発表でしたので、捏造ということになるなら
    誠に残念に思います。正確な事実公表と迅速な対応を、望みます。

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  11. テレ朝はこの話題をやっていないですね

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  12. 再生医療関係はこの手の怪しい話がどんどん出てきて笑うわ。

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  13. 佐村河内氏と同じですね。大変信頼していたので、どちらも非常に悲しいです。早く事実を。

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  14. 国民の税金を無駄にならないように

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  15. 承認欲求の強過ぎな割烹着中年オバサンの偽造に過ぎなかったようですね。

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    1. 割烹着がどうとか言ってる時点で報道に踊らされすぎ
      批判するに資格なし。人間的にかなりレベル低いねあなた。

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    2. おまいモナー

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  16. こんな馬鹿な話は無い、どうせ直ぐに分かる事、何で、何かおかしな事をした者がいる。
    単純な話でない、何かとんでもない話が隠されている気がする。

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  17. なにか裏で動いている奴がいる、これが本当だったら佐村河内以上のペテン師だ

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  18. 日本で数百、世界で数千億円規模の
    研究利権共による妨害工作だねぇ

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  19. 任期制と業績ストレスでやっちまったにしては影響が大きい。バカンテイも大丈夫か。

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  20. 無能者は他人の知識を盗む 泥棒だよ、恥ずかしくないの??

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  21. 力のある教授の弟子だったら、こんなふうに騒がれないだろうね。
    もっとも、弟子だったら発見者は教授で小保方さん共著に名前が載るのみだけど

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  22. 理化学研究所がいけない。何も成果を上げなくても居座れる体質が残っている。一方トリッキーな成果を狙う連中もいる。野依以下幹部連中は全員辞職せよ。組織をコンパクトにして投入税金を減らせ。悪い意味での官僚組織に蝕まれている。こんな組織を特定何やらに指定し、高額報酬を可能にする政府の決定こそ、撤回しろ。産総研も悪いが似たようなものだ。国研という組織を根底から見直すべきだ。民主党の事業仕分けはそれができず、金の縮減だけだった。私はこうした実態を知ったうえで発言している。

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    1. 理化学研究所の会見は、嘘と詭弁のかたまりです。 こんな隠蔽組織を早く解体させた方が国民のためになります。

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  23. 本人が経緯を正直に話す必要がある。
    インタビュアーは一般のマスコミ記者にはつとまらない(的確な質問をする能力がない)のが問題。

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  24. 早く表に出てこい!
    白衣と割烹着を間違えてるおばさん!

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  25. これも参考になります
    理研の内部告発です
    痴情関係が裏にあるという驚きのものです

    http://slashdot.jp/journal/578550/STAP%E7%B4%B0%E8%83%9E%E3%81%AE%E9%9D%9E%E5%AE%9F%E5%9C%A8%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6%EF%BC%83%EF%BC%92

    応援します。

    政治的にっていうと、S先生とのバトルって事で、内情を知る人間であればそれが如何に困難かは知ってるはず。
    SさんはCDB内で強すぎますから。

    そして、OさんとSさんの関係は、出入り業者や秘書レベルまで、皆知っていること。
    「僕はケビンコスナーなんだよ」という発言なんか有名すぎます。

    この件、Sさんが鍵というか主犯。
    ここ一年くらいOさんとこか広報のとこに入り浸りでしたし、あの前のめり過ぎるプレスはSさんの意向で、全体のストーリーを書いた張本人。
    本来は、有頂天になる以前に、冷静な疑義を彼女に突きつけなければならなかった役のはず。
    Sさんがチェックができていない状況なのに、Oさんを囲い込んでしまい、他の著者からの指摘が充分に機能しなかったから、現状況があります。

    一方で最近、Oさんが、Sさんからのセクハラとして上層部に訴えてたりと内情はカオスですから、それをSさんが知れば状況は一転するかも。
    ちょっと前まで上層部は二人まとめてクビ切ろうとしてたわけで、Sさんも掌を返さざるを得ないでしょう。

    Sさんは「Oさんはすばらしい研究者だ」「データの捏造なんてするわけがない」という色眼鏡を外すきっかけを(潜在的には)待っていると思いますよ。
    自分から積極的に外すことは難しいでしょうけど、データがいかにヤバイかってのを明示することは、「俺も騙されたんだ」と自己正当化でき、正気に戻るチャンスになるはず。さすがに地頭の良いSさんだから、最後は損得勘定で「持論を引っ込めたほうが得」という結論が出せるのでは。そこまで持っていけるだけの論拠があれば大丈夫だと思ってます。

    多分今まで、Sさんのまわりには優秀な人が沢山いたので「まさかそこまでするか?」というような想定ができていないんだと思いますよ。
    SさんがOさんの仕事を懐疑的に見れていないのが一番の問題です。
    Oさんのセクハラの訴えで「俺も騙された」となるかどうか。

    O-Sの結合が切れれば、Oさん個人の問題として処理もできようものですが、変な庇い立てが発生するとCDB全体に影響するかもしれません。

    理研内部では生物系への圧力が強くなってきてるのですし、野依さんに直接いくのはまずかろうですが、竹市さんに訴えるのはありだと思います。
    もしくはOBの西川さんか。筆者らに突きつけるのは外堀を埋めてからの方が良いかと。充分吟味下さい。

    Oさんはいわば外様なトリックスターなわけですが、外からの刺激によって、内の患部が明確になったのは皮肉なことです。
    本来、内部からの膿出しは当然すべきで、研究者個人は科学的事実にのみ忠実であればよい。
    トリックスターや派手な妄言吐きは要らないのです。

    主張に対して事実を提示して反論することは、科学的な行為です。
    本来、政治など関係ないはずですが、意識せざるを得ない状況が作られたこと自体が、この問題の本質なんだと思います。
    事件以前からの問題ですね。

    kahoさんの研究者としての行動を応援します。



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    1. 低レベルな奴。読み手は、おまえが一番馬鹿だと認識してる。
      小保方さんの些細なミスを取り上げて、有能な研究者をつぶす構図がある。

      小保方さんの研究成果は、評価される時が来る。

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    2. >些細なミス

      (゚∇゚ ;)エッ!?

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    3. 犯人わかっちゃったんですけど~

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  26. 後ろで操っている黒幕がいるとは思っていましたが、やはりNature論文の第2著者である理研のS氏ですか。第2著者が論文執筆において重要な役割を果たすことも多いのに、あまり表にでないのは不思議だったけどこれで謎が解けました。

    ご本人は今日も理研での国際シンポで発表するようだけど、理研はこんな人を野放しにしておいていいのでしょうか。

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  27. 私はこの分野の事情は全くわかりませんが
    学生時代の論文(博士論文等)にも科学者としてありえないレベルで
    剽窃をしたり本文中に引用を明示しなかったりしている時点で
    指導教官の力量や博士論文の審査会の責任を問うた方がいいのではないかと思います。

    上記のS氏黒幕説が正しいのかどうかはわかりませんが
    もし正しいとすれば今回のSTAP細胞そのものの是非に関してのみであって
    (勿論、それ自体も捏造であれば絶対許されませんが)
    それ以前に、科学的倫理感が欠落している研究者を輩出してしまったのが
    今回の一連の騒動で見えてきた問題点であるように思います。
    そもそもこのような人が研究者として存在していなければ
    今回のSTAP細胞の騒動も起きなかったのではないだろうかと思うのです。

    したがって、S氏が小保方さんといつ頃から研究活動上関わっているのかはわかりませんが
    理研内部での事情のみを今回の騒動の原因とする見方には私はあまり賛成しかねます。
    少々時間はかかるかもしれませんが、学生時代の関係者や理研をはじめとする共同研究者も含めて、一連の騒動の真相が明らかになることを願っております。

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    1. まったくその通りで、小保方氏のような人物に学位を与えてしまった早稲田大の審査は厳しく問われるべきでしょう。

      そのうえで、小保方氏を引っ張った上、ほとんど業績もないのにユニットリーダーに据え、スターに祭り上げた理研(というか件のS副センター長)の姿勢も大きな問題だと思われます。

      まあ、ここまで小保方氏がコピペ剽窃の常習者だったとは、知らなかったのでしょうけど...。

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  28. Fig. 2eですが、PDFをIllustratorで開いて、黒バックの文字部分(α-smooth...の部分)を取り除くと、現れるのはD論の画像そのものです。ただし、この黒バック文字を乗せたのはNature側(のcopy editor?)だと思います。

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    1. ほんとですね。真ん中の文字の色だけが違いますが。

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  29. 遂に竹市センター長が論文取り下げを示唆しましたね(毎日新聞電子版)。この人には学者の良識が残っていた。それにしても罪作りな出来事と思う。世界に信用棄損を発信してしまった。この影響は計り知れない。擁護論者は、明日の記者会見をよく聞くことですね。

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  30. 会見マダ~?

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  31. やってることが子供のお遊び程度だなぁ❗

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  32. ノーベル野依センセに頭下げさせといて、本人は隠れ簑。

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  33. 今日偶然にNature Article Fig 1eの図で、d3とd6の真ん中付近で縦に2つの写真がペーストされていることが判明した。
    一般的には写真1枚ずつペーストするが、d3とd6の図は真ん中で奇妙にペースとされておる。これ捏造?

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