再生医療が描く未来 -iPS細胞とES細胞-

1 ■本当に京大で学位を取ったのですか？

あなたは本当に京大で学位を取ったのでしょうか。

もしそうだとしたら、同じ京大出身者として、残念です。もう少しきちんと勉強され、論理的な思考を身に
つけられた方が良いと思います。

2 ■日本でSTAP細胞の再現実験をしてくれる人はいないのでしょうか？

分子生物学を勉強し初めたばかりのものです。
Wikipedidaで小保方さんの項目を読みました。
STAP細胞がなかなか再現できないため、ねつ造ではないかと論文掲載の写真や他の論文と似たような説明があるなどと批判しているのではないかと思います。
研究者なら二番煎じはいやかとは思いますが、STAP細胞再現の可否（簡単には再現できないような気がしますが）をしてくれる研究機関が日本にあるとよいと思います。

3 ■コメントレス

少し擁護した途端にリアクションがあって少し驚いていますが。。
このブログはたくさんの患者さんがご覧になっていますので温和にお願いします。

上記の記事では詳しく書いていないので一応解説しておきます。

1週齢のCD45陽性細胞をソートしてきたとして、その中に含まれるrearrangementが起こったT細胞はほんの一部分だけ、大半はB細胞でしょう。
そういう雑多な集団のうち、酸処理後生き残った細胞の数十％がOct3/4-GFP陽性の細胞になるわけです。
つまりこの時点でrearrangementが起こったT細胞由来のSTAP細胞はごく一部だけということが想定されます。
一方、Oct3/4陽性のSTAP細胞のサンプルにおいてTCR rearrangementが見られたことから、少なくとも一部分は確かに終末分化細胞がリプログラミングを受けてOct3/4陽性に変化したことが示唆されます。
批判の対象となっている「STAP幹細胞ではTCR rearrangementが見られなかった」という点につきましては、調べたのが8ラインということですので、上記のようにSTAP細胞そのものがT細胞由来のものがごく一部であることからすると、確率的に言ってT細胞由来のものが含まれないということは全然あり得る話だと思います。
もっと数を増やしていけばT細胞由来のものが取れる可能性もありますし、万一取れなかったとしてもT細胞由来STAP細胞からのSTAP幹細胞への変化は難しいという結論になるだけで、STAP細胞自体がT細胞由来のものが含まれるという結果を覆すものにはならないと思います。
同様に、STAP細胞由来のキメラにおいてTCR rearrangementが見られなかったとしても、インジェクションしたSTAP細胞の一部のみがキメラに寄与するであろうことを考えると、起こりえないことではないことだと思います。
厳密に言うと、終末分化細胞由来のものはキメラにならないという可能性は完全に消えるわけではないのですが、感覚的にもはや屁理屈に近い気もします。
B細胞由来のものが含まれるか調べたり、調べる数を増やせば解決するのではないでしょうか。

4 ■再現できるかどうかに注力すべき？

というか、著者たちが再現できているなら、今さら誰が再現しようが何の問題もないはずなのですが・・・。当初の発表通り、「どんな細胞からでも、様々な刺激でできる」というのが本当ならば、今頃、共著者の笹井、丹羽らのグループでは再現できて当たり前で、分子機構の解析、ヒト細胞での実験にもメドがついているはず。初投稿から何年あったと思っているんですか？内部の方なので、（言えないにしても）当然、状況はご存じでしょう。

5 ■専門外なのでお伺いしたいのですが

以下のような指摘があるのですが、これはどのように理解すれば良いのでしょうか?

---引用始---
論文 (http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12968.html) に

"The lack of substantial proliferation argues against the possibility that CD45− cells, contaminating as a very minor population in the FACS-sorted CD45+ cells, quickly grew and formed a substantial Oct4-GFP+ population over the first few days after the low-pH treatment. In addition, genomic rearrangements of Tcrb (T-cell receptor gene) were observed in Oct4-GFP+ cells derived from FACS-purified CD45+ cells and CD90+CD45+ T cells (Fig. 1i, lanes 4, 5, and Extended Data Fig. 2e–g), indicating at least some contribution from lineage-committed T cells. Thus, Oct4-GFP+ cells were generated de novo from low-pH-treated CD45+ haematopoietic cells by reprogramming, rather than by simple selection of stress-enduring cells"

とあるように、著者らは Fig. 1i のレーン 3, 4, 5 と Extended Data Fig. 2g の結果を見て、
『CD45+ 由来の STAP 細胞の遺伝子解析をしたら TCR 再構成の特徴が見られた。
これは T 細胞由来の STAP 細胞が現れているに違いない』
と主張 (かつ Extended Data Fig. 2 で T-cell-derived STAP というラベル付けを) しているのですから、
公開データベース中の CD45+ 由来の STAP 細胞のデータから TCR 再構成の痕跡が見られないとなると
そもそも上記の議論は成り立ちませんし、
上述の図の信憑性が問題になると思います。
---引用終---

6 ■コメントレス

この件については発表されるまでCDBの中でも極一部の人しか知らないトップシークレットでしたので、どういう経緯があったのかは私も知りません。
私にできるのは発表された論文が正しいかどうかデータを見て判断することだけですので、そういう観点から言って今の風潮に苦言を呈しただけです。

ただ、おっしゃる通り、「どんな細胞からでも、様々な刺激でできる」というのは言い過ぎだとは思います。
後で発表されたプロトコールを見る限り、最初の細胞の採取の時点でかなりバイアスがかかっているようですし。
山中先生も仰られておりますが、最初の発表の仕方、メディアの取り上げ方はまずかったと思います。

7 ■コメントレス

＞専門外さん
どのような手法で解析されたのか知らないので詳しくは言えませんが、、
「公開データベース中の CD45+ 由来の STAP 細胞のデータから TCR 再構成の痕跡が見られない」のは、そもそもT細胞由来のSTAP細胞の割合が少ないために検出に至らなかったという説明が可能かと思います。

8 ■Re:コメントレス

＞京都人さん
ご回答ありがとうございます。

> どのような手法で解析されたのか知らないので詳しくは言えませんが、、

以下のような手法で解析されたようです。
http://d.hatena.ne.jp/biochem_fan/20140306/1394127619
http://slashdot.jp/journal/578529

> そもそもT細胞由来のSTAP細胞の割合が少ないために
> 検出に至らなかったという説明が可能かと思います。

もしそうだとすると、当該論文の Extended Data Fig. 2g で何故 TCR 再構成が検出できたのでしょうか?
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12968_SF2.html

9 ■コメントレス

＞専門外さん
Fig. 1i、Extended Data Fig. 2gはPCRだから検出できたのではないでしょうか。



は、置いといて、先ほどテラトーマ免染の話を知りました。
ちょっと衝撃を受けています。。

10 ■Re:コメントレス

＞京都人さん
ご回答重ねてお礼申し上げます。

> Fig. 1i、Extended Data Fig. 2gはPCRだから検出できたのではないでしょうか。

このあたりの状況が専門外なのでよくわからないのですが、NGS のデータに PCR で検出された事象の痕跡が見られないということは良くあることなのでしょうか?

> は、置いといて、先ほどテラトーマ免染の話を知りました。
> ちょっと衝撃を受けています。。

はい…
単なる画像の掲載ミスである可能性もゼロでは無いかもしれませんが、当該論文の重要な論拠の一つで、かつ、全く別の論文の画像の誤記載ということになりますので、何故そのようなミスが生じたのか、相応の説明が求められるかと思います。

11 ■無題

>個人的な意見としては、今は何より再現実験ができるかどうかに注力すべきと思います。

理研のプロトコルの発表をされた丹羽先生に尋ねてみてはいかが？
再現していないのにプロトコルを出されるわけが無いし
D論も把握されていたはずですから

12 ■コメントレス

＞専門外さん
かなりポリクローナルな集団を調べているわけですから起こりえるとは思います。

＞higeさん
申し訳ありませんが、詳しい事情に関しては無責任なことは書けませんので公式な発表を待って頂けないでしょうか。
ただ、これは私の勝手な予想ですが、あれだけ著名な先生方がこぞって賞賛するわけですから全て捏造だったとはどうしても思えません。
また能動的にそのようなことを行う方々ではないとは間違いなく思います。
STAPという現象自体は低確率で起こるのではないでしょうか。

13 ■無題

STAPはあるかもしれませんね
STAP幹細胞の話よりも低価値ですが
権威で判断されるのは科学的な姿勢ではないので正直失望しました

14 ■コメントレス

＞higeさん
科学的な目で見て、論文内で述べられていることに論理矛盾は無いと思います。
また、先生方はそういう細胞が出てくるのを実際にライブイメージングで見られたそうです。
私が実際にこの目で見たわけではないので、先生方の意見を信用するという意味もあってこういう感想を書きました。
色々な情報を合わせて考えると全て嘘だとはどうしても思えません。。
言葉足らずでした。申し訳ありません。

15 ■STAP細胞。。。

若山先生が論文取り下げを共著者に呼び掛けています。テラトーマ免染の画像を見て、私もこれはだめだと思いました。若山先生もそう思ったようです。
論文取り下げても、倫理的な問題が残ります。大変残念です。

16 ■無題

私が思うのは単純で、あそこまで手間をかけて（仮に実験は実際にやってなくてペーパーワークだとしても）、バレたときのリスクを考えて、本当に全て捏造ということをやるかなということです。もしも本当に全て捏造だとしたら、どうにも私の思考を超越しています。そういうことは私は確率的にとても低いのではと思ってしまいます。もちろん、色々なところで不適切なことは多いのでしょうか。

17 ■コメントレス

＞Yoshiさん
今回の件は言い訳しようが無さそうですね。。
非常に残念です。
個人的な意見としては、もしどうしてもSTAPではテラトーマができなかったとしても、それはそれでES細胞との違いが浮き彫りになって良かったという考え方もできるのになんでこんなことをしてしまったのでしょうか。。

＞くまさん
そうですね。普通に考えたら全部が全部捏造とは考えづらいです。
ライブセルイメージングやキメラ解析については捏造のしようがないと思うのですが。。
もしES細胞やTS細胞の混入であればすぐにバレると思います。
増殖も形態も違いますし。。

18 ■無題

現在の状況は残念だし、もったいない。Protocol exchangeでは丹羽がコレスポになられているので丹羽研での再現がとれたのでしょうか。しかし、それと同時に丹羽先生に大変な仕事を背負わせてしまいましたね。

若山先生がおっしゃるように、一度論文を取り下げてから再投稿するのが最良のように思います。その際には、小保方さんはコレスポを降りるべきでしょう。責任を負う能力がなさそうなので。

小保方さんは、今どうすればいいのか途方に暮れているかも知れませんが、やるべきことは簡単です。STAPという現象に自信があるのなら、科学や医療の役に立つには何が最良かを考えて行動すればいいだけです。

世の中の役に立つ発見をする研究者は10人に1人もいないでしょう。大多数の研究者は自身の研究に意義を求めながら定年を迎えます。

小保方さんが定年を迎えた時、自分の評価ではなく、世の中にどれだけ役に立ったかをイメージして、これからの研究を行って頂きたいと切に願います。

19 ■訂正

誤　丹羽がコレスポ
正　丹羽先生がコレスポ

大変失礼致しました。

20 ■コメントレス

＞すたっぷさん
コメントありがとうございます。
おっしゃる通りだと思います。
一度全て洗いざらい話し、どこまでが事実なのか明らかにして、一歩前に進んで欲しいです。

21 ■無題

やはり、他のラボからも再現性有りの報告が増える事が一番かなと思います。それに、ヒト細胞での進捗が大変気になります。

このまま、騒がれるだけ騒がれて研究が廃れてしまわないと良いのですが。

22 ■いつも参考にさせていただいています

先生の仰る通り、報道も掌を返すのではなく、どこが正しくて何が間違っているのかをはっきりさせる方向に動くべきですね。
これだけ色々ボロが出てしまった論文、取り下げも已む無しとは思いますが、取り下げればいいで終わってしまうのが一番マズいと思います。
自分は正直、どこが正しいどこが間違いもしくは捏造というのをはっきり示すまではこのままでもアリだと思っています。
よくわからないまま全否定されて熱が冷めて、先生が仰るように忘れた頃にMITやハーバードから論文が、なんて可能性は普通にあると自分も思います。N先生のお部屋にいらっしゃるので大変なこともあると思いますが、がんばってください。

23 ■誤記

誤記修正自己レスです。

×　多いのでしょうか
○　多いのでしょうが

些細なことですみません(^_^；

24 ■コメントレス

＞とんがりさん
少なくともこんな短期間で再現性の結論を出すのは早過ぎると思います。

＞DDDさん
今回のマスコミの対応には呆れるばかりです。
持ち上げるだけ持ち上げておいて掌返し。。
どうでもいいことをしつこく報道していたのはどこの誰ですか？
しかもTCRの件についても未だに分かってないような報道をしてるし。。

25 ■無題

通りすがりの一研究者です。

マスメディアの報道批判をされていますが、
確かにわたしもマスメディアの対応にはウンザリすることが多々あります。

けれども今回は少々事情が特異で、
一月末の理研の発表側が、盛大なストーリーを描きやすいよう、演出を施したのではないでしょうか？

研究の本質的な部分のインパクトと、
マスコミが飛びつくような非本質的な部分とをハウリングさせることで、
発表者側が受け手に過剰な反応を期待していたのでは、ということです。

それがいつの間にやら、非本質的な部分に飛びつき踊らされていたはずのネットの住人のほうが、
なぜか専門家が見逃していた研究の本質的な部分の核心をついているという、
まさかの逆転の事態が展開されているのが、今ではないでしょうか。

26 ■コメントレス

＞m.i.t.さん
＞一月末の理研の発表側が、盛大なストーリーを描きやすいよう、演出を施したのではないでしょうか？
そうですね。それはかなりまずかったと思います。
なんであんな敵を作るような発表をしちゃったんでしょうか。。

27 ■再現があるかも

理研の実験プロトコルに従って、Oct4-GFP 陽性確認までできたと言う人もいるらしいです。
信頼のおける複数機関の再現報告を興味持って聞きたいと思っています。
論文取り下げはそれからでも遅くないと思います。小保方さんの実験ミスがあったと、擁護する人もあるようなので。。

28 ■政府のおしかり

これから大変かと思いますが、がんばって下さい。

29 ■コメントレス

>Yoshiさん
科学的事実があるかどうかについてはあまり早急に結論を出すべきではないと思います。
ただ、やはり論文は撤回すべきとも思います。
ちなみに変な噂が流れていますが、実のところ、日本勢はみんな撤回に同意しているのですが、バカンティとNature誌が撤回をしぶっていて撤回できないみたいです。

＞大阪人さん
理研にはきちんとした対応をして欲しいですね。

30 ■Re:コメントレス

>実のところ、日本勢はみんな撤回に同意しているのですが、バカンティとNature誌が撤回をしぶっていて撤回できないみたいです。

先生はこれはマズイっす。早急に消したほうがいいと思います。先生とこのサイトは日本の幹細胞やってる人間で知らない人間いないんすから知ってること喋れと突撃されちゃいますよー；このコメントも消してもらっていいですからー。