ここまで私はChIP-seqの”input”を元に解析を行ってきました．
このデータはまだいくつかのことを教えてくれますが，内容がほぼ学術論文のようになってしまうので，遺伝子発現について先に見たいと思います．
今回彼らが公開したNGSデータはChIP-seqとRNA-seqの実験のものです．このうち遺伝子発現を見るのはRNA-seqであり，いくつかの図を示しています．このRNA-seqデータは調べたい内容に対して不適当なほど長い配列を読んでおり，扱いづらい（計算時間がかかる）のですが，今知りたいのは大まかなアウトラインなので先頭の50塩基だけを使った解析を行いました．NGSデータに馴染みのない方には何のことかわからないと思いますが，データの一部を取り出して遺伝子発現について大まかな解析をしてみた，という意味です．

公開データを見ますと，２つの別々の試薬を使ってでRNA-seqを行っていることが分かります．一つはTruSeq，もう一つはSMARTer Ultra Lowです．論文の図に使われているのはTruSeqの方で，SMARTerのデータは公開されているものの論文中では使われていません．
これらはどちらがよいというわけではありませんが，試薬ごとに特性があるので比較する場合は同じ試薬を使った実験同士を比較することになります．TruSeqとSMARTerの違いは，後者は抽出できるmRNA量（≒細胞数）が非常に少ない場合にも対応している，とカタログ上うたっていることです．私の経験でも少量のサンプルしかとれない細胞ではSMARTerの方が適していると思います．

まず彼らの解析結果が再現できるかを確認してみました．TruSeqを使ったデータからそれぞれのサンプルの類似性（ピアソンの相関係数を用いました）を計算し，クラスタリングを行います．RNA-seqデータは細胞の種類ごとに２度ずつ行っており，原論文では細胞の種類ごとに分けていますが，ここではそれぞれ別にして調べました．その結果，同じ細胞のデータはそれぞれ非常に近く，そして論文と同じようにSTAPはCD45+と幹細胞の中間地点に配置され，STAP幹細胞はES細胞に近い位置に配置されました．最初に述べたように大まかな解析ですが，間違った結果を導くほどではないようです．
ちなみに，データベース上の表記では同じサンプルにSTAPと書かれている場合と酸で処理したCD45+細胞と書かれている場合が混在していて正確な条件が分かりません．図の見やすさも考えて，今回はSTAPに統一しています．

次に，論文で使われていないSMARTerのデータを同じく解析してみます．
結果はTruSeqのものと大きな違いがありました．STAPはどちらも桑実胚よりもESに近くなっています．
これらの類似性は驚くほどです．STAPは分裂しない細胞で，得られる細胞は何種類もの遺伝型をもったものの混合であるというのに，２度の実験の両方共がES細胞に近い（相関係数でいうと0.85程度で，STAP同士と同じか上）という結果です．

RNA-seqのクラスタリング図

これは科学的に大きな発見ではないでしょうか．著者らはSTAP細胞からSTAP幹細胞を誘導（？選別？）してその多能性を検証していますが，STAP細胞そのものも，ほぼESのような性質を持っていたのです．酸で処理しただけでよいのだとすればよほど効率も上がりますし，論文の価値も高かったはずです．
著者らはSTAP幹細胞の詳細な作成プロトコルを提出するより，この実験の時のSTAP細胞の作成プロトコルを追求する方がよかったのではないでしょうか．少なくとも，これほどの有望なデータが得られたのに論文で触れないというのは解せません．２度のSTAPの遺伝子発現が２度ともがESに近かったのに．

なぜ彼らはこのデータを使わなかったのでしょうか．
先に述べたようにSMARTerの方が細胞が少ない場合に適しており，増殖能の低いSTAPにはこちらの方が適していると考えられます．なのに，細胞数が必要なTruSeqで別のデータをとりなおし，そちらだけを出版したのは何故でしょうか．

合理的な説明はいくつも考えられます．彼らに問いただしても答えは用意されているでしょう．
従ってこの結果は決定的な証拠にはなりません．ただし，私の仮説には合致するものでした．

※追記
AC氏からの指摘によりExtended Fig 6dで使用されていることに気が付きました．
大変申し訳ありません．再解析と修正を行います．