２） STAP細胞論文には、Guo Jianliらの論文から「１７行」にわたる文章の剽窃や、Robert Blellochらの論文からの文章剽窃が認められ、「論文の記述通りに実験を行っていなのいのではないのか？」という疑惑も浮上しています。
３） マウスの性別を統一せずに実験を実施していたのではないかという致命的な実験ミスの可能性が指摘されています。また、STAP幹細胞やFGF4誘導性幹細胞(FI-SC)が体細胞由来の幹細胞であることを示すデータは何一つありません。
４） 小保方晴子氏が第一著者のNature Protocol誌の論文と、第二著者のTissue Eng Part A誌の論文においては、利益相反事項の隠蔽が問題になっています。
５） 脊髄損傷のサルをＳＴＡＰ細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が２件も発覚しています。小島氏は小保方晴子氏の指導教官でした。
参考記事： 小保方晴子氏の騒動の経緯、ニュース報道まとめ、参考サイト、ブログ管理人ツイッター、若山教授インタビューまとめ（by tomozouh)、STAP細胞の非実在について＃1, #2 (kahoの日記)、不自然なテラトーマ画像について
疑惑論文１： Nature Article
論文タイトル： "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Natureの実験画像に関する規程（Image integrity）によると、「異なる時期、異なる場所で得られた画像は一つの画像として合成してはならない。もし、画像を対比させて並べる必要がある場合は、画像の間に明確に境界線を引き、図の説明文に記述しなければならない。」とあります。このImage integrityの規定に、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.1iが違反している可能性があるわけですね。
以下、規定の一部を抜粋。
Images gathered at different times or from different locations should not be combined into a single image, unless it is stated that the resultant image is a product of time-averaged data or a time-lapse sequence. If juxtaposing images is essential, the borders should be clearly demarcated in the figure and described in the legend.
The use of touch-up tools, such as cloning and healing tools in Photoshop, or any feature that deliberately obscures manipulations, is to be avoided.
Processing (such as changing brightness and contrast) is appropriate only when it is applied equally across the entire image and is applied equally to controls.
Contrast should not be adjusted so that data disappear. Excessive manipulations, such as processing to emphasize one region in the image at the expense of others (for example, through the use of a biased choice of threshold settings), is inappropriate, as is emphasizing experimental data relative to the control.
疑惑画像２： 図3bのコントロール（未刺激）細胞のOct4-GFP（緑色）の蛍光顕微鏡写真（左下）の下部中央になぜか赤い細胞が存在し、さらには、バックグラウンドもControl画像とLow-pH-treated cellsの画像との間で異なるため、ネガコン（陰性対照）画像として不適切という疑惑が浮上しています。
疑惑論文２： Nature Letter
論文タイトル： "Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency"
Nature 505, 676–680 (30 January 2014) doi:10.1038/nature12969
小保方晴子氏の学位取得申請に重要であったTissue Eng Part A（疑惑論文３）の実験画像においても、多数の類似性が認められており、加工（上下反転など）を行ったうえでの流用の可能性があったことも考慮すると、このNature Letterの論文の疑惑データについても、詳細な調査が求めらます。疑惑画像３： Fig1b最右画像とFig2g下画像の胎盤部分だけが、なぜか互いに類似しています。しかも２つの画像の実験条件は互いに異なっています。前者はSTAP細胞のキメラマウス、後者はFI-SCのキメラマウスの写真です。両画像の解像度が異なるためもあり、完全には一致しませんが、二つの画像は異なる実験によって得られたものとされているため、極めて高い類似性を示すことは不自然です。これほどの高い類似性は、不注意ミスであるにせよ、意図的（故意）であるにせよ、同サンプルが複数回撮影されて別目的に使いまわされた可能性や、同一画像の胎盤部分を画像編集加工し流用した可能性などを示唆しています。いずれにしろ、生データ（実験ノート、写真のデジタルデータ、データの作成日や改変日）などを調査しないかぎり、真相は明らかにならないでしょう。
↓ Fig.1bと2gの胎盤画像を比較してください。高い類似性が確認できます。
朝日新聞の記事→ 共著者の山梨大学の若山照彦教授は、「同じマウスで角度が違う写真を２回使ってしまい、一方の削除を忘れた単純ミス」と説明した。若山教授はＳＴＡＰ細胞を使いマウスを作製し撮影した。一つの胎児に対し向きを変えたりひっくり返したりして何枚も撮影。複数の胎児で計数百枚撮ったという。その結果、小保方さんが勘違いし同じ胎児の写真を使ってしまった。１人で追加実験をしながら図を作製するなど、忙しすぎたことも勘違いの要因の一つという。 加えて「論文を何度も書き直し、最終的に２枚目の写真は本文と関係がなくなっているが、削除を忘れた」と話している。（Nature誌記事における若山照彦教授のコメントも参考にしてください。）
疑惑画像４： Nature Letter論文のFig.1aの胎盤と羊膜のLong exposure（長時間露光）写真は、実際は通常露光写真と緑の蛍光強度が同じであることが判明し、長時間露光では無いのではないか？という疑われています。このバックグラウンドの緑蛍光が長時間露光でも変わっていないという問題は、PubPeerで指摘されています。 また、Fig.1bだけ胎盤の赤い自家蛍光が見えますね。一方、対照のFig.1aのESキメラの胎盤画像にはそのような赤い自家蛍光が見えません。また、胎児の緑の蛍光も、Fig.1aに比べ、Fig.2bが明るくなっています。つまり、両者でサンプルを準備するさいに、何かしらの人為的誤差があった可能性や撮影条件に違いがあった可能性もあり、両者を単純に比較することはできず、Fig.1bのSTAPキメラの胎盤・羊膜の緑蛍光も自家蛍光の可能性もあります。また、Fig.1aとFig.1bのLong exposureの画像は、胎児部分が除かれて胎盤と羊膜の部分だけが掲載されており、不自然という声が前々からあがっていました。論文内の記述によるとＳＴＡＰキメラは１０匹作製され、そのうち６匹に胎盤、羊膜に緑の蛍光が認められたようですので、著者らはそれらの画像を全て公開し、疑惑を晴らすべきでしょう。
疑惑画像５：
蛍光の漏れによる、偽陽性シグナルを取り除くため補正が必要です。
FACSの基本中の基本です。
Contributions
H.O. and Y.S. wrote the manuscript. H.O., Y.S., M.K., M.A., N.T., S.Y. and T.W. performed experiments, and M.T. and Y.T. assisted with H.O.’s experiments. H.O., Y.S., H.N., C.A.V. and T.W. designed the project.
なお、論文におけるContributionにおける記載内容から、
Mikiko Tokoro（野老美紀子）氏と、Yukari Terashita（寺下愉加里）氏が、小保方氏の実験補助をしていたと推測されます。
この論文については、下記アドレスのPubPeerサイトで議論してください。
類似画像７：
Fig.3のKlf4のバンド画像を上下反転させると、Fig.3のCriptoのバンドがに類似します。また、これらの画像の左から1列目と２列目のバンド画像は、Fig.4のNat1のバンドとも類似しています。上下反転という操作や、３つの実験画像にわたる類似性から、故意によるデータの流用が疑われています。
類似画像８： Fig.2のKlf4の左から１，２列目のバンド画像が、Fig.3のSox2の左から３，４列目のバンド画像と類似しており、データの流用が疑われています。
追記（2014年02月18日）：2014年02月18日の朝日新聞報道によると、早大広報室は「仮に問題の画像が取り消されたとしても、博士論文の趣旨に影響しないと考えている」と発表したとあります。このような「データ流用はあったが論文の結論には影響しない」という趣旨のコメントを、研究不正を調査する立場にある研究機関（早稲田大学）が、調査着手前から、発表したのは異常です。これは調査機関自体が問題や不正を隠蔽する方向に動いていることを示唆しています。早稲田大は、生データを検証したり本人への聞取り調査もせずに、なぜ論文の趣旨に影響しないといえるのでしょうか？少なくとも４つの実験画像に亘ってデータ流用が認められる以上、意図的に行われた可能性や杜撰なデータ管理が推測され、論文の結論やその他データの信頼性も低いのです。
早稲田大学大学院 先進理工学研究科 博士論文概要
論文題目 Isolation of pluripotent adult stem cells discovered from tissues derived from all three germ layers （三胚葉由来組織に共通した 万能性体性幹細胞の探索）
論文題目 Isolation of pluripotent adult stem cells discovered from tissues derived from all three germ layers （三胚葉由来組織に共通した 万能性体性幹細胞の探索）
問題１：
小保方晴子氏の博士論文の研究業績に、実際には存在しない国際特許が記載されていた疑惑（虚偽記載、業績捏造疑惑）が、上がっています（下記参照）。
小保方晴子氏の博士論文概要の学位申請研究業績書の欄に、”国際特許 Haruko Obokata, Charles A. Vacanti. Sub Population of Retained Embryonic Like Cells”の記載があるが、HARUKO OBOKATAで特許を検索しても、2013年公開のSTAP特許の１件だけ。
特許は出願して1年半で公開されるので、特許出願がなされていないか、 出願したが、公開される前に取り下げたかのどちらかだが、 同じ技術内容が、論文として公開されているので、取り下げる意味はない。詐欺商品の「特許出願中」のようなものかもしれない。通常、国際特許（PCT）は費用がかかるので、 まずは、アメリカに国内出願をして、それから大事だと思ったら、 追加修正を確認した上で、本命のＰＣＴを出願する。 ＳＴＡＰの特許出願はその手順に従っている。 博士論文においては、最初から国際特許と書いているのと、出願番号も書いていない時点で十分怪しい。
国際特許の検索
英語
日本語
問題２：
小保方晴子氏の博士論文審査報告書に、審査員として記載されていたPhDを持っていないVacanti教授の肩書きが誤ってMD, PhDとなっていたことが問題となっていましたが、2014年2月19日に密かに訂正されたようです。しかしながら、訂正に関する告知がないことが、さらに批判を招いています。
旧 博士論文審査報告書→http://www.peeep.us/044e5d22
新（訂正後） 博士論文審査報告書→http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/bitstream/2065/36341/5/Shinsa-5627.pdf （写し）
問題３：
小保方晴子氏の博士論文概要の学位申請研究業績書に、Tissue Eng Part Aの論文が、業績として記載されていますが、その論文は疑惑論文３のことであり、多数の流用画像が認められうことから、不注意ミスではなく、故意による捏造が疑われています。
利益相反問題１
小保方晴子氏の2011年のNature Protocol誌の論文は、（株）セルシード社の製品の細胞シートの性能に関するものでした。そして、論文の共著者である東京女子医大の岡野光夫教授や大和雅之教授は（株）セルシードの関係者であり、特に、岡野光夫教授は、有価証券報告書ではこの時点で同社株の大量保有者かつ役員でした。このように、金銭的利益相反問題が存在するにも関わらず、このNature Protocol誌の論文には、”金銭的利益相反は無い（The authors declare no competing financial interests.）”と宣言していました。これらの虚偽記載もまた、彼女らの信用を大きく損なう結果となりました。
ノバルティスのディオバン臨床研究不正事件でも問題になりましたが、このような利益相反事項（論文出版により金銭的利益を得たり失ったりする可能性のある企業の社債や株の保有など）は、論文投稿の際に開示するべきとされています。特にNature Publishing はこの点に厳しく、その規定（Nature journals' competing financial interests policy）で、投稿する際には、投稿論文に利益相反があるのか無いのか、明記することを義務付けています。
↓ Nature Protocolの論文より引用
Competing financial interests The authors declare no competing financial interests.
以下の３項目は、Natureの規定で、"金銭的利益相反（Competing financial interests）"として定義された具体的項目です。
1) Funding: Research support (including salaries, equipment, supplies, reimbursement for attending symposia, and other expenses) by organizations that may gain or lose financially through this publication.
2) Employment: Recent (while engaged in the research project), present or anticipated employment by any organization that may gain or lose financially through this publication.
3) Personal financial interests: Stocks or shares in companies that may gain or lose financially through publication; consultation fees or other forms of remuneration from organizations that may gain or lose financially; patents or patent applications whose value may be affected by publication.
（日本語訳）
１） 研究資金： 論文出版により利益を得たり失ったりする可能性のある組織（団体）からの研究補助（給与、装置、備品、シンポジウム出席のための支援、その他の経費）
２） 雇用： 論文出版により利益を得たり失ったりする可能性のある企業によって、最近（研究プロジェクトに従事している間）、現在、あるいは将来的に雇用されること
３） 個人的な金銭的利益： 論文出版により金銭的利益を得たり失ったりする可能性のある企業の社債や株、金銭的利益を得たり失ったりする可能性のあるコンサルタント費やその他の報酬、論文出版によってその価値が影響を受ける可能性のある特許、または特許申請。
利益相反問題２
Tissue Eng Part A. 2011 Jun;17(11-12):1507-15. doi: 10.1089/ten.TEA.2010.0470. Epub 2011 Apr 12.
Development of osteogenic cell sheets for bone tissue engineering applications.
Pirraco RP1, Obokata H （小保方晴子）, Iwata T, Marques AP, Tsuneda S, Yamato M （大和雅之）, Reis RL, Okano T （岡野光夫）.
- 1Institute of Advanced Biomedical Engineering and Science, Tokyo Women's Medical University, Tokyo, Japan.
東京女子医大の岡野光夫教授が責任著者の上記のTISSUE ENGINEERING誌論文（小保方晴子氏は第二著者）はセルシード社の関連の深い細胞シートに関する研究の報告をしています。
そして、論文出版当時、岡野教授はセルシード社大株主で役員でした。
しかしながら、岡野光夫教授らは論文中において、これらの事実に反して、金銭的利益相反を否定しています。
具体的に説明すると、Tissue Eng Part A誌（ 17(11-12), 1507-1515.）論文中の "Disclosure Statement"の項目に、 "No competing financial interests exist." との虚偽記載があります。
なお、セルシード社ホームページのBone marrow stromal cells（骨髄間質細胞）の項でも、このTissue Eng Part A誌（ 17(11-12), 1507-1515.）の論文は紹介されています。
利益相反問題３
小保方晴子氏ら理研、チャールズ・バカンティ教授らのハーバード大学医学部ブリガム＆ウィメンズ病院、大和雅之氏の東京女子医科大学は、共同で、STAP細胞に関わる国際特許（WIPO Pub. No.: WO/2013/163296：HTML、PDF）を出願しています。
問題１で述べたように、特に、Natureグループの雑誌では、このような利益相反事項（論文掲載の可否によって価値が変わるような特許を出願している場合など）は、論文投稿の際に開示する義務があります。
しかしながら、小保方晴子氏らは、下記のように、Nature Articleの論文 （疑惑論文２）において、"金銭的利益相反（Competing financial interests）は無し"と明記しているのです。小保方氏らは、Natureが定義している”Personal financial interests（個人的な金銭的利益）”の項目に違反しています。一方、「職務発明の対価は法人が決めるので、本件は、Natureの規約の"個人の金銭的利益（Personal financial interests）"には該当しない」と擁護する意見もあります。しかしながら、東大理学部教授のRobert Geller氏は、「例えば投稿時に編者にそう説明したて編者がそれを認めたら問題ないですが、いまそれを言うなら詭弁でしょうね。」と述べています。
↓ Nature Articleの論文より引用
Competing financial interests
The authors declare no competing financial interests.
疑惑論文１： Nature Article や特許における文章剽窃（盗用）疑惑 １件目
小保方晴子らのNature Article論文の”Methods”のセクションにおける”Karyotype analysis”の文章の一部は、ドイツの研究者（Jianli Guoら）が2005年にIn Vitro Cell Dev Biol Anim.誌で発表した論文の文章から拝借したものですが、拝借元の論文を引用していないことが明らかとなり、問題となっています。
下記の文章で、赤く太文字でハイライトされている部分がJianli Guoらの論文と同一の文章です。 さらに、青く太文字でハイライトされている部分が、Jonathan Landryの博士論文（Dissertation）と同一の文章です。
Guo Jianliらの論文との比較
小保方氏らのNature Article論文： "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Karyotype analysis
Karyotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAP stem cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 µg ml−1) to the culture medium for 2.5 h at 37 °C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin and EDTA (EDTA), re-suspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a pre-warmed hypotonic 0.0375 M KC1 solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37 °C. Cells were centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. and the pellet was re-suspended in 3–5 ml of 0.0375 M KC1 solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times before spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labelled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described41. For each cell line, 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolour karyograms.
Guo Jらの論文： Multicolor karyotype analyses of mouse embryonic stem cells.
- In Vitro Cell Dev Biol Anim. 2005 Sep-Oct;41(8-9):278-83.
- Guo J1, Jauch A, Heidi HG, Schoell B, Erz D, Schrank M, Janssen JW.
- 1Institute of Human Genetics, University of Heidelberg, D-69120 Heidelberg, Germany.
- Materials and Methods
- Chromosome preparation
- Metaphase spreads of the ES cells were performed as follows. Subconfluent ES cells were arrested in metaphase by adding colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37° C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin-ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KCl solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37° C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3–5 ml of 0.0375 M KCl solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1, vol:vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides.
- Multicolor FISH analysis (M-FISH)
For M-FISH analysis mouse chromosome–specific painting probes were combinatorially labeled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described (Jentsch et al., 2003). For each cell line 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems Imaging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyograms.
なお、文章の拝借元における塩化カリウムを意味する"KCl"という正しい表記が、小保方論文では"KC1"という無意味な言葉になっています。さらに、小保方論文では、EDTA (EDTA) と、ethylenediaminetetraacetic acidの略称であるEDTAを誤って連続して記載しています。なぜ、このような初歩的ミスが起こったかは不明ですが、自分で文章を作成せず、他者論文の文章を拝借したことが一因であるかもしれません。
小保方氏らの特許： さらに、この文章は、小保方晴子氏らが出願した特許（Generating pluripotent cells de novo WO 2013163296 A1）中の下記文章の一部においても、拝借されています。
小保方氏らの特許： さらに、この文章は、小保方晴子氏らが出願した特許（Generating pluripotent cells de novo WO 2013163296 A1）中の下記文章の一部においても、拝借されています。
[00290] Karyotype analysis. Karyotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAPS cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37°C in 5% C02. Cells were washed with PBS, treated with trypsin/ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KC 1 solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37°C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3-5 ml of 0.0375 M KC1 solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3: 1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labeled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described (Jentsch et al, 2003). For each cell line, 9-15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometries, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems hanging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyograms.
また、文章拝借元における二酸化炭素を意味するＣＯ２（シーオーツー）が、小保方氏の特許では、C02（シーゼロツー）という意味をなさない言葉になってしまっていますね。ＯＣＲ（光学式文字読取装置）を使用したのでしょうか？（OCRで読み取られたデータをコピー＆ペーストした可能性もあるようです。）
（下記はhttp://uni.2ch.net/test/read.cgi/life/1393580585/901 で指摘された疑惑内容をまとめました）
上記の拝借された文章の中には、ライカ社（Leica Mikrosysteme GmbH）の DM RXA RF8 落射蛍光顕微鏡（epifluorescence microscope ）と、フォトメトリクス社 (Photometrics)の Sensys CCD カメラの実験機器名も含まれています。小保方氏らは、実験方法の文章を拝借するだけでなく、わざわざ、Guo Jianliらドイツの研究者が用いた実験機器と同一のものを用いて実験をしたのでしょうか？そのようなことが果たして可能なのでしょうか？
（下記はhttp://uni.2ch.net/test/read.cgi/life/1393580585/901 で指摘された疑惑内容をまとめました）
上記の拝借された文章の中には、ライカ社（Leica Mikrosysteme GmbH）の DM RXA RF8 落射蛍光顕微鏡（epifluorescence microscope ）と、フォトメトリクス社 (Photometrics)の Sensys CCD カメラの実験機器名も含まれています。小保方氏らは、実験方法の文章を拝借するだけでなく、わざわざ、Guo Jianliらドイツの研究者が用いた実験機器と同一のものを用いて実験をしたのでしょうか？そのようなことが果たして可能なのでしょうか？
このライカの DM RXA 顕微鏡も、フォトメトリクスの Sensys CCD カメラも、1990年代末から2000年代前半に販売されていたもので既に製造中止になっている機種です。 また、Sensys カメラのウェブサイトには、 「Then turn your computer back on and boot Windows 98/2000/ME/XP again.」と記載されており、Win 98が現役だったような時代の懐かしい製品です。よって、小保方氏らが研究室を立ち上げるときに、このような古い実験機器を新規に購入することは不可能であり、また中古品も出回っていません。
(フォトメトリクスの パンフレットによると、このSensys CCD カメラ は専用PCIカードで画像を取り込むタイプで、 30～200万画素程度のものでカメラに放熱フィンが付いている非常に古いカメラです。)
小保方ら論文著者はKC1やC02（シーゼロツー）などのOCRの誤認識に基づく誤記をそのままにして剽窃していることから、ほとんど剽窃文章の中身を吟味していないことが推測され、実験機器名に関しても実際には使用していないにも関わらずそのまま剽窃して記載してしまった可能性があります。これらのことから、そもそも、このMaterials and Methodsに書かれているKaryotype analysis（核型分析）の実験は、論文の記述通りには行われていなかった可能性が推測されます。これらの疑惑を晴らすためには、小保方研究室、笹井研究室、若山研究室、ヴァカンティ研究室、あるいは理研などの彼らが所属する研究施設の共有実験機器のいずれかに上記の実験機器が存在し、これらの機器を使用して実際に実験を行ったことを生データにより示すしかありません。あるいは、論文内には外注したとは記載されていませんが、もし、この実験が外注により外部機関により行われていたとしたら、その外部機関から送られてきた報告書を確認する必要があるでしょう。
Jonathan Landryの博士論文（Dissertation）との比較
青く太文字でハイライトされている部分が同一
小保方氏らのNature Article論文： "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Karyotype analysisKaryotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAP stem cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 µg ml−1) to the culture medium for 2.5 h at 37 °C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin and EDTA (EDTA), re-suspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a pre-warmed hypotonic 0.0375 M KC1 solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37 °C. Cells were centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. and the pellet was re-suspended in 3–5 ml of 0.0375 M KC1 solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times before spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labelled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described41. For each cell line, 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolour karyograms.
Jonathan Landryの博士論文（Dissertation by Jonathan Landry）：
(submitted to the Combined Faculties for the Natural Sciences and for Mathematics of the Ruperto-Carola University of Heidelberg, Germany for the degree of Doctor of Natural Sciences)
The genomic and transcriptomic landscape of HeLa cells.
- Presented by Jonathan Landry born in Lyon, France Oral examination: 06/12/2012
- 3.4.4 Multicolor fluorescent in situ hybridization (M-FISH)
- Metaphase spreads of HeLa cells were performed as follows. Subconfluent HeLa cells were arrested in metaphase by adding colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37° C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin-ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KCl solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37° C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3–5 ml of 0.0375 M KCl solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1, vol:vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides. For M-FISH analysis, chromosome–specific painting probes were labeled using DOP-PCR amplified DNA using 7 different fluorochromes in a combinatorial manner and hybridized as previously described [130]. Twelve metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica MCK-FISH software (Leica Microsystems Imaging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyotypes.
さらに、小保方氏らのNature Article論文、文章が類似していたGuo氏やLandry氏らの論文の、３つのいずれの論文も、下記のJentsch I氏らのCytogenet Genome Res.誌の論文を引用していましたので、Jentsch氏の論文と比較してみましたが、全く異なる文章でした。つまり、小保方氏らの論文は実験方法を開発したJentsch氏らの論文から文章をコピペしたのではなく、Jentsch氏らを参考にして実験を行ったGuo氏らが作成した文章を剽窃した可能性が高いと思われます。なぜ、Landry氏の博士論文がGuo氏の論文に類似しているかどうかについては不明です。
Seven-fluorochrome mouse M-FISH for high-resolution analysis of interchromosomalrearrangements.
Jentsch I1, Geigl J, Klein CA, Speicher MR.
Institut für Humangenetik, Technische Universität München, München, Germany.（以下検証用にMaterials and Methodsの部分だけを引用）
Materials and methods
Preparation of mouse painting probes and of fluorochrome DNA pools The generation of mouse chromosome-specific painting probes (Rabbitts et al., 1995) and their amplification by “primary” and “secondary DOPPCR” was described previously (Jentsch et al., 2001). Similar to our human 7-Fluor M-FISH approach (Azofeifa et al., 2000) we generated a DNA pool for each fluorochrome according to the labeling scheme shown in Fig. 2. For example, the DEAC-pool consisted of painting probes for chromosomes 3, 5, 10, 11, 14, and Y; the FITC pool of chromosomes 3, 8, 13, 15, 19, and X, and so on. Each painting probe was carefully calibrated to have the same fluorescent intensity after FISH according to our previously described protocols (Eils et al., 1998). After PCR labeling, the length of the DNA was adjusted by DNase I digestion to a size of 300– 700 bp.
Preparation of the mouse M-FISH hybridization mix The hybridization mix was prepared by overnight ethanol precipitation of 6 Ìl of the DEAC-, 7 Ìl of the FITC-, 6 Ìl of the Cy3-, 2.5 Ìl of the Texas Red- (= Cy3.5), 6 Ìl of the Cy5-, 2.5 Ìl of the biotin- (= Cy5.5) and 3 Ìl of the digoxigenin- (= Cy7) labeled PCR product, together with 60 Ìl of mouse Cot-1 DNA and 20 Ìg salmon sperm DNA. After centrifugation at 13,000 rpm for 30 min at 4 ° C followed by a washing step with 70 % ethanol, the pellet was resuspended in the hybridization mix, consisting of 50 % formamide, 20% dextran sulfate, and 2× SSC.
Induction of chromosomal aberrations and preparation of mouse chromosomes The mouse chromosome preparations from mouse cell lines AG12 TUBO and TSA were done as described previously (Weaver et al., 1999) with some modifications. In brief, the spleen was isolated from mouse and transported in a tissue culture flask with RPMI/FBS. After homogenization with RPMI, the cells were incubated in a culture flask with RPMI, FBS, concanavalin A, LPS, ß-mercaptoethanol. After 48 h incubation, the cells were treated with colcemid and 0.075 M KCl and fixed in methanol/acetic acid.
Hybridization, post-hybridization washes and detection of indirectly labeled probes The probe mixture was denatured for 7 min at 78 ° C and then preannealed for about 20 min at 37 ° C. The slides were denatured in 70 % formamide, 2× SSC for about 2.5 min at 72 ° C. After passage through an ethanol series on ice, the slides were air-dried and the hybridization mixture was added to the slide. The hybridization field was sealed with a cover slip and rubber cement, and the slides were incubated for two nights at 37 ° C.
Following hybridization, the slides were washed in 4× SSC/Tween three times 5 min each at 42 ° C to remove the cover slip and then three times (5 min each) with 1× SSC at 60 ° C. The slides were blocked in 3% BSA in 4× SSC/Tween and incubated for 30 min at 37 ° C. After blocking, avidin Cy5.5 (1:100 in 4% SSC/Tween plus 1% BSA) and anti-digoxigenin-Cy7 (1:50 in 4× SSC/Tween plus 1% BSA) were added to the slides and incubated for at least 45 min in a moist chamber at 37 ° C. The slides were then washed three times (5 min each) in 4× SSC/Tween at 45 ° C, counterstained with DAPI (4),6-diamidino-2-phenylindole) and mounted in p-phenylenediamine dihydrochloride antifade solution.
Epifluorescence microscopy Slides were visualized using a Leica DMRXA-RF8 epifluorescence microscope equipped with special filter blocks (Chroma Technology, Brattleboro, VT) as described (Eils et al., 1998). For image acquisition, a Sensys CCD camera (Photometrics) with a Kodak KAF 1400 chip was used. Both the camera and microscope were controlled with Leica Q-FISH software (Leica Microsystems Imaging Solutions, Cambridge, UK). Images were analyzed using the Leica MCK-Software package (Leica Microsystems Imaging Solutions, Cambridge, UK/Eils et al., 1998).
疑惑論文１： Nature Article における文章剽窃（盗用）疑惑 ２件目
小保方晴子氏らのNature誌のSTAP細胞に関する論文(Article）において、 ”新たな” 文章剽窃（盗用）が疑われています。 2006年にMerck Milliporeに買収されたChemicon社のURLや同社の古い試薬名（CpGenome DNA modification kit）までコピペしていたことが指摘されています。この試薬を使ったDNAメチル化の評価実験は、実際には行われていなかったのではないか？と疑われています。
Robert Blellochらの論文との比較
赤く太文字で強調されている部分が同一
小保方氏らのNature Article論文： "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Robert Blellochらの論文： Reprogramming efficiency following somatic cell nuclear transfer is influenced by the differentiation and methylation state of the donor nucleus.
- Stem Cells. 2006 Sep;24(9):2007-13. Epub 2006 May 18.
- Blelloch R1, Wang Z, Meissner A, Pollard S, Smith A, Jaenisch R.
- 1Whitehead Instituteand Department of Biology, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, USA.
Northern and Bisulfite Sequencing
For Northern analysis, 10 μg per sample of total RNA isolated using Trizol (Invitrogen, Carlsbad, CA, http://www.invitrogen.com) was run in each lane and then transferred to Gene Screen (PerkinElmer Life and Analytical Sciences, Boston, http://www.perkinelmer.com). The resulting membranes were probed using cDNAs spanning the open reading frames of the corresponding genes and washed under high stringency conditions (0.2× standard saline citrate, 65°C for 45 minutes) before exposure to film. Bisulfite treatment of DNA was done using the CpGenome DNA Modification Kit (Chemicon, Temecula, CA, http://www.chemicon.com) following the manufacturer's instructions. The resulting modified DNA was amplified by nested polymerase chain reaction (PCR) using two forward (F) primers and one reverse (R) primer: Oct4 (F1, GTTGTTTTGTTTTGGTTTTGGATAT; F2, ATGGGTTGAAATATTGGGTTTATTTA; R, CCACCCTCTAACCTTAACCTCTAAC) and Nanog (F1, GAGGATGTTTTTTAAGTTTTTTTT; F2, AATGTTTATGGTGGATTTTGTAGGT; R, CCCACACTCATATCAATATAATAAC). The first round of PCR was done as follows: 94°C for 4 minutes; five cycles of 94°C for 30 seconds, 56°C for 1 minute (−1°C per cycle), 72°C for 1 minute; and 30 cycles of 94°C for 30 seconds, 51°C for 45 seconds, and 72°C for 1 minute, 20 seconds. The second round of PCR was 94°C for 4 minutes; 30 cycles of 94°C for 30 seconds, 53.5°C for 1 minute, and 72°C for 1 minute 20 seconds. The resulting amplified products were gel-purified (Zymogen, Zymo Research, Orange, CA, http://www.zymoresearch.com), subcloned into the TOPO TA vector (Invitrogen), and sequenced using the M13F&R primers.
以下、参考コメントです。
匿名2014年2月28日 14:52
もう２か所の剽窃は問題になさらないのです？
Bisulphite sequencing
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16709876
Fluorescence-activated cell sorting and flow cytometry
RNA preparation and RT–PCR analysis
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411005253
返信削除
11jigen2014年2月28日 15:19
Bisulphite sequencing のほうは、(Chemicon, http://www.chemicon.com) とメーカーのＵＲＬまで類似しており、小保方論文では、それ以外のメーカーにはＵＲＬを付加してないので、おそらく、仰るとおり、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16709876 の論文を参考にして実験を行い文章も参考にしたのでしょう。Oct4とNanogのプライマーのデザインもこの論文を参考にしたのかもしれませんね。なぜ、元論文の接続詞and が、小保方論文では、Andと接頭に使われてしまっってるのでしょうね。謎です。
さらに、小保方論文では、"PCR was done using TaKaKa" となっています。正しくは、TaKaRaですね。これもＯＣＲで得られたデータをコピペしたためでしょうか。ただ、このTaKaKaの部分の文章がどこからコピペされたかはわかりません。
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411005253
のほうは問題ないと思います。
Fluorescence-activated cell sorting and flow cytometry では、
7-AAD が Propidium iodide に変更されていますし、
RNA Preparation and RT-PCR Analysis は、
一般的な方法で、単純な短い文章ですので。
匿名2014年3月4日 3:36
文中に記載のChemiconは2006年にMerck Milliporeに買収されており
Chemiconブランドとしては残っているようですが、
CpGenome DNA modification kitは
CpGenome Universal DNA Modification Kitという製品名になっていると思われます。
2005年の説明書
http://search.cosmobio.co.jp/cosmo_search_p/search_gate2/docs/CMN_/S7820.20050610.pdf
現在の製品HP
CpGenome Universal DNA Modification Kit | S7820
http://www.millipore.com/catalogue/item/s7820
2006年に消滅した会社の名前、古い製品名、Milliporeにリダイレクトされるだけの
URLを記載しているのはコピペしたからだと思います。
門外漢ですが2006年以前に購入したDNAメチル化検出キットを
現在に至るまで大事に保管して使用するのもおかしくないでしょうか？
高価とはいえ数万円で購入できるもののようであり、
大切な研究であれば新しい試薬を使用するのが普通ではないでしょうか？
DNAメチル化検出キットはChemicon以外にも多くの会社から販売されているようです。
本当にこの製品を使用したのでしょうか？
Leicaの蛍光顕微鏡と同様、非常に疑わしい記述と思います。
なお、小保方晴子氏らが所属する理化学研究所の野依良治理事長はAdv. Synth. Catal.誌において、以下のように、研究・出版倫理と不正行為について論説しています。
研究・出版における不正行為には、明白なデータねつ造だけでなく、 別の実験で得たスペクトルデータを偽って載せる、反応収率を過大に 表現するなど細かいものもあります。また、論文の剽窃(plagiarism) にもさまざまな形態があり、参考にした文献を故意に引用しない、 他の著者の論文から表現の一部を借りながら自分のものとして発表 するなども含まれます。特に後者は、論文のintroductionで化合物や 反応の重要性を述べるなど誰が書いても似たような内容になるときに 起こりやすく、また英語を母国語としない研究者が他の著者のうまい 表現を借りたくなる気持ちは分かるが、あくまで許されることではないと 指摘します。
参考→ 理研・野依理事長が研究・出版倫理と不正行為についてAdv. Synth. Catal.誌に寄稿（ワイリー・サイエンスカフェ）
小保方氏が発表したSTAP細胞の作製には、Nature論文の共著者で共同研究者の若山照彦教授とその弟子(student)が、小保方氏指導のもとでの理研の実験では再現に成功していますが、若山教授が山梨大学のラボに移った後では未だ再現に成功していないことが判明しています（Nature誌記事より）
カリフォルニア大学の幹細胞研究者ポール・クレプラー博士が運営しているSTAP細胞作製の再現性確認実験の結果を報告しあうためのブログ記事(Knoepfler Lab Stem Cell Blog) では、まだ再現に成功したという報告はありません。
小保方晴子の論文では「生後7日新生児マウス」由来の細胞によってSTAP細胞を確立されていますが、現時点で上記サイトに報告されている追試では新生児マウスの細胞を用いているのはありません(生物種未記載にはある) 。よって、現時点で再現性がないと断定することはできません。
現在の追試報告例（１０例）：未だ、再現成功例無し。
Ethan: 失敗、細胞腫への言及なし
Ruben Rodriguez: 失敗、「ヒト」新生児繊維芽細胞使用
Elliott Schwartz: 失敗、「ヒト」繊維芽細胞
Subhash Kulkarni: 失敗、新生児全血、成体全血
Sasha: 失敗、マウス胎仔繊維芽細胞、マウス成体神経幹細胞、マウス胎児神経幹細胞
Hong: 失敗、マウスES細胞
Yoshiyuki Seki: 失敗、マウス胎仔繊維芽細胞
Andres: 失敗、「ヒト」胎仔繊維芽細胞
Dr. Pierre Debs: 微妙、成体ラット・マウス脾臓細胞
Ray and Sandy: 失敗、MEF（マウス胎児芽繊維細胞）
Ruben Rodriguez: 失敗、「ヒト」新生児繊維芽細胞使用
Elliott Schwartz: 失敗、「ヒト」繊維芽細胞
Subhash Kulkarni: 失敗、新生児全血、成体全血
Sasha: 失敗、マウス胎仔繊維芽細胞、マウス成体神経幹細胞、マウス胎児神経幹細胞
Hong: 失敗、マウスES細胞
Yoshiyuki Seki: 失敗、マウス胎仔繊維芽細胞
Andres: 失敗、「ヒト」胎仔繊維芽細胞
Dr. Pierre Debs: 微妙、成体ラット・マウス脾臓細胞
Ray and Sandy: 失敗、MEF（マウス胎児芽繊維細胞）
小保方さんの“新”発見は、特殊な細胞ではなく、ごく普通の「リンパ球」でこうした働きを見つけたことだ。だが、「論文からはその根拠がハッキリしない」と言うのは、理化学研究所やワシントン大で免疫学を研究したことのある明石市立市民病院研修担当部長の金川修身氏である。「細胞がリンパ球に分化すると『遺伝子再構成』という現象が起きる。ということは初期化（別の細胞に変化）した『ＳＴＡＰ細胞』でできたマウスのリンパ球にも『遺伝子再構成』が必ず見られるはずです。しかし、論文ではそこが分かりません。さらに（第三者も同様の研究結果を得る）『再現性』の報告も今のところ見当たらず、失敗報告ばかりです。断定的なことは言えませんが、もう一度（実証実験の）やり直しという可能性もあるでしょう」 （日刊ゲンダイの記事より）
慶應大学の吉村昭彦教授も、研究室ホームページ上の記事（TCR組み換えデータの重要性）にて、「私の関心はSTAP細胞が論文に書いてあるように『未分化細胞からのinductionであってもとからある幹細胞のselectionではない』という結論が妥当かどうかという点。繰り返しになるが、それをTCR-rearrangementで決着つけようとするならば、T細胞からできたSTAP細胞、STAP幹細胞、それにキメラマウス（4Nから作ったものが望ましい）のgenomic DNAのTCR rearrangementを調べる必要がある。」と指摘している。
小保方晴子氏のSTAP細胞に関するNature Letter論文（疑惑論文１）には、RNAseqとChiPseqの実験データに関してNCBI BioSample databases用のアクセスＩＤを下記のように記載していたが、実際は、SRAやGEOなどのデータベースには登録されていなかったことが判明し、問題となっている(2014年2月12日）。
↓ 論文中における記述
ネイチャーの規定では、論文を出版する際には、このような関連データを適切なデータベースに載せておかなければならないという義務がある。
↓ 論文中における記述
"RNA-seq and ChIP-seq files have been submitted to the NCBI BioSample databases under accessions SAMN02393426, SAMN02393427, SAMN02393428, SAMN02393429, SAMN02393430, SAMN02393431, SAMN02393432, SAMN02393433, SAMN02393434 and SAMN02393435."
ネイチャーの規定では、論文を出版する際には、このような関連データを適切なデータベースに載せておかなければならないという義務がある。
ネイチャーに問い合わせをした人物によると、ネイチャーは既にこの問題に気づいており、著者（小保方ら）に連絡を入れたらしいが、著者から返答があったかどうかについてはわかっていない。
追記(2014年2月21日）：米国時間で2014年2月19-20日頃にデータがようやく追加されたようです。
脊髄損傷のサルをＳＴＡＰ細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が２件（流用画像１、流用画像２）発覚しました。小島氏は小保方晴子氏の指導教官でした。少なくとも２度にわたる不適切な実験画像流用が行われており、これらが意図的な不正であろうがそうでなかろうが彼らの研究は杜撰であると言え、到底、猿でのSTAP細胞治療の話も信憑性は低いでしょう。
流用画像１ （小島宏司）
下記のチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏のJ Thorac Cardiovasc Surg. 誌の論文のFig.6のNATIVEのSafranin-Oの顕微鏡画像と、同氏のFASEB J.誌の論文のFig.5のTETのSafranin-Oの画像が類似しており、同一個体由来の実験画像と推測されます。
つまり、二つの実験画像は論文中の説明によると異なる実験条件で異なる時期に異なる個体から得られたもののはずですが、互いに類似しており実際は同一個体由来の画像であることから、２つの論文をまたがって不適切な実験画像流用が行われたと考えられます。
小島疑惑論文１
J Thorac Cardiovasc Surg. 2002 Jun;123(6):1177-84.
Autologous tissue-engineered trachea with sheep nasal chondrocytes.
Kojima K1, Bonassar LJ, Roy AK, Vacanti CA, Cortiella J.
1Center for Tissue Engineering, University of Massachusetts Medical School, Worcester, 01603-3122, USA.
小島疑惑論文２
FASEB J. 2003 May;17(8):823-8.
A composite tissue-engineered trachea using sheep nasal chondrocyte and epithelial cells.
Kojima K1, Bonassar LJ, Roy AK, Mizuno H, Cortiella J, Vacanti CA.
1Center for Tissue Engineering, University of Massachusetts Medical School, Worcester, Massachusetts, USA.
流用画像２ （小島宏司）
小島疑惑論文２
FASEB J. 2003 May;17(8):823-8.
A composite tissue-engineered trachea using sheep nasal chondrocyte and epithelial cells.
Kojima K1, Bonassar LJ, Roy AK, Mizuno H, Cortiella J, Vacanti CA.
1Center for Tissue Engineering, University of Massachusetts Medical School, Worcester, Massachusetts, USA.
小島疑惑論文３
Anat Rec (Hoboken). 2014 Jan;297(1):44-50. doi: 10.1002/ar.22799. Epub 2013 Dec 2.
Tissue engineering in the trachea.
Kojima K1, Vacanti CA. 1CLaboratory for Tissue Engineering and Regenerative Medicine
1Department of Anesthesiology, Harvard Medical School, Brigham and Women's Hospital, 75 Francis St., Thorn 703, Boston, Massachusetts, 02115. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ar.22799/fullFASEB J.誌の2003年の論文のFig.5の左上画像(TETのH&E) と、Anat Rec (Hoboken)誌の 2014の Review論文のFig.2b画像が、実験条件が異なるにもかかわらず、同一であり、不適切な画像流用が疑われています。
FASEB誌のFig.5の画像(H&E染色）のTET（組織工学によって作製された気管）は、2月齢の羊の鼻中隔の 軟骨細胞と上皮細胞由来で、ヌードマウスの背中に移植した後、解析したもの。一方、Anat Rec誌のFig2bの画像(H&E染色）のTETは、6月齢の羊の骨髄由来で、免疫不全ラットに移植した後、解析したものです。このように実験条件が全く異なるのにTET（組織工学によって作製された気管）の画像が同一なのです。
小島 宏司 （こじま・こうじ）
1990年 聖マリアンナ医科大学医学部 卒業(14回生)
1997年 聖マリアンナ医科大学病院呼吸器外科 医長。
1999年 バイオ気管の研究をめざし、渡米。
マサチューセッツ州立大・チャールズ・バカンティ教授のもとで、気管再生の研究に取り組む。
2002年5月 羊の鼻の軟骨からのどの気道を再生させ移植することに世界で初めて成功。
2004年 ハーバード大学医学部組織工学・再生医療研究室ディレクター。
http://www.oit.ac.jp/bme/imagekojima.jpg
http://www.terumozaidan.or.jp/labo/interview/03/index.html （写し）
小保方晴子やチャール・バカンティ教授らは、共同で国際特許出願をしている。
（WIPO Pub. No.: WO/2013/163296： HTML、PDF）
（公開公報WO2013/163296 A1”Generating pluripotent cells de novo”）
・ チャールズ・バカンティ教授(Charles Alfred Vacanti)は、ハーバード大学の教授で、ハーバード大学付属病院(THe Brigham and Women's Hospital)の麻酔科に所属している。バカンティ教授は、 疑惑論文３： Tissue Eng Part A が掲載された雑誌の、Founding editor でもある。
参考→ Tissue Eng Part A誌のEditorial Boardのページ： http:/が/www.liebertpub.com/editorialboard/tissue-engineering-parts-a-b-and-c/595/
このように、当雑誌が彼の影響下にあるゆえ、チャールズ・バカンティ教授は、この問題のある小保方晴子の論文を撤回せず、データ流用が疑われている実験画像をミスによるものとし、強引に問題画像の削除だけで済まそうしているのかもしれない。
● 世界変動展望ブログ：小保方晴子が筆頭著者の論文の不適切さについて
● 生きるすべ IKIRU-SUBE 柳田充弘ブログ：STAP細胞の顛末のこれから（柳田氏は、当該研究者よりも当該研究機関が問題に対応する傾向になってきたことが芳しくない効果を生みだしている、と指摘しています。）
● STAP細胞追試報告ブログ記事の管理人、Knoepfler氏（カリフォルニア大学の幹細胞研究者ポール・クレプラー博士）が表明しているSTAP細胞への５つの疑問点(更新 2014年2月6日)：In a pickle over STAP stem cells: top 5 reasons for skepticism
（更新 2014年2月18日）STAP細胞への１０の疑問点：Top 10 Oddest Things About The Unfolding STAP Stem Cell Story
Nature ArticleのFig.1に関する疑問点：Are STAP Stem Cell Nature Papers Compromised?論文剽窃と小島氏の画像流用の件について：STAP stem cell new allegations: situation turns darker
● 一人抄読会 by md345797: （日本語による分かり易いりSTAP細胞論文解説です。）
小保方事件の経緯
2014年1月29日 STAP論文が発表される。
2014年1月30日 ハーバード大ではサルの治療で実験中であることが発表される（産経記事）。
2014年2月5日（米国時間） Pubpeerで、 Nature Article論文の電気泳動画像の不正疑惑が浮上する。
2014年2月6日 ハーバード大が、初の人でのSTAP細胞とする、写真を公表する（日経記事）。
2014年2月7日 古舘伊知郎が京都大学iPS細胞研究所の山中伸弥教授にインタビュー
2014年2月8日（米国時間） STAP NEW DATA の掲示板（ブログ記事）が公開される。
2014年2月12-13日 Tissue Engineering誌の論文の不正流用画像が２ｃｈ生物版スレで指摘され、世界変動展望ブログに図がUPされる。
2014年2月12日 山中伸弥教授が、「iPS細胞とSTAP幹細胞に関する考察」を発表
2014年2月12日 小保方晴子氏、首相官邸で開かれる政府の総合科学技術会議（議長・首相）に出席表明する。
2014年2月12日 RNAseqとChiPseqのデータの未登録問題が明らかとなる。
2014年2月13日 Twitter上で、 Nature Letter論文の胎盤画像の流用疑惑を公表。その後、PubPeerにも同内容を投稿。
2014年2月14日 小保方晴子氏、総合科学技術会議土壇場で欠席（時事通信）
2014年2月15日 理化学研究所が2月13-14日に小保方晴子氏に聞き取り調査を行ったと、毎日新聞により報道される。
2014年2月16日 慶應大学の吉村氏、TCR組み換えのデータの件を指摘
2014年2月17日 明石市立市民病院研修担当部長の金川氏も、TCRの件を指摘
2014年2月17日（米国時間） Natureが調査を開始する。
2014年2月17日 Nature論文の共著者で共同研究者の若山照彦教授も山梨大学のラボではSTAP細胞作製の再現に成功していないことが判明。
2014年2月18日 小保方氏に学位を与えた早稲田大も調査開始を表明するが（朝日新聞）、生データ調査などの不正調査前から擁護の動きを見せる。
2014年2月19日 米ハーバード大医学大学院広報が調査開始を表明する（毎日新聞）。
2014年2月19日 小保方晴子氏の博士論文におけるヴァカンティ教授の肩書に関する誤記が密かに訂正される（⇒参考記事）。
2014年2月19-20日（米国時間） RNAseqとChiPseqのデータがようやくデータベースに追加される。
2014年2月21日 WSJの取材に対し、理研CDBがSTAP細胞作製方法の詳細をいずれ公開すると回答。
2014年2月22日 利益相反事項の隠蔽が新たな問題として浮上する。
2014年2月22日 大和雅之・東京女子医大教授の3月4-6日の日本再生医療学会欠席が判明する。
2014年2月22日 小保方晴子氏の博士論文の学位申請研究業績書に実際には存在しない国際特許が記載されていた疑惑が浮上する。
2014年2月22日 Nature protocol誌（ 2011）の論文の Fig5a-Bcellとneutrophilのグラフの類似性に疑惑が浮上する。
2014年2月22日 Nature Article論文のFig3bの蛍光顕微鏡写真に疑惑が浮上する。
2014年2月26日 Nature Article論文で、他研究者の論文から引用無しで文章を剽窃したことが明らかとなる（一件目）。古い実験機記名まで剽窃していることから、記述通りに実験を行っていないのではないかという疑惑も浮上。
2014年2月26日 脊髄損傷のサルをＳＴＡＰ細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（一つ目）
2014年2月27日 Nature Letter論文のFig.1a,1bの胎盤・胎膜の画像の蛍光強度に関する疑惑が浮上する。
2014年2月28日 TISSUE ENGINEERING誌論文（小保方晴子氏は第二著者）でも利益相反事項の隠蔽が発覚する。
2014年3月3日 日本分子生物学会が、理事長声明『STAP細胞論文等への対応について』を発表する。
2014年3月4日 小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（二つ目）
2014年3月4日 Nature Article論文で、新たな文章の剽窃が明らかとなる（二件目）。2006年に消滅したChemicon社のURLや同社の古い試薬まで剽窃していることから、記述通りに実験を行っていないのではないかという疑惑も浮上。
2014年3月5日 不自然なテラトーマ画像に関する疑惑が指摘される。
2014年3月5日 理研より、追加のSTAP細胞作製方法が公開される。
2014年3月6日 マウスの性別を統一せずに実験を実施していたのではないかという致命的な実験ミスの可能性が指摘される。
2014年1月30日 ハーバード大ではサルの治療で実験中であることが発表される（産経記事）。
2014年2月5日（米国時間） Pubpeerで、 Nature Article論文の電気泳動画像の不正疑惑が浮上する。
2014年2月6日 ハーバード大が、初の人でのSTAP細胞とする、写真を公表する（日経記事）。
2014年2月7日 古舘伊知郎が京都大学iPS細胞研究所の山中伸弥教授にインタビュー
2014年2月8日（米国時間） STAP NEW DATA の掲示板（ブログ記事）が公開される。
2014年2月12-13日 Tissue Engineering誌の論文の不正流用画像が２ｃｈ生物版スレで指摘され、世界変動展望ブログに図がUPされる。
2014年2月12日 山中伸弥教授が、「iPS細胞とSTAP幹細胞に関する考察」を発表
2014年2月12日 小保方晴子氏、首相官邸で開かれる政府の総合科学技術会議（議長・首相）に出席表明する。
2014年2月12日 RNAseqとChiPseqのデータの未登録問題が明らかとなる。
2014年2月13日 Twitter上で、 Nature Letter論文の胎盤画像の流用疑惑を公表。その後、PubPeerにも同内容を投稿。
2014年2月14日 小保方晴子氏、総合科学技術会議土壇場で欠席（時事通信）
2014年2月15日 理化学研究所が2月13-14日に小保方晴子氏に聞き取り調査を行ったと、毎日新聞により報道される。
2014年2月16日 慶應大学の吉村氏、TCR組み換えのデータの件を指摘
2014年2月17日 明石市立市民病院研修担当部長の金川氏も、TCRの件を指摘
2014年2月17日（米国時間） Natureが調査を開始する。
2014年2月17日 Nature論文の共著者で共同研究者の若山照彦教授も山梨大学のラボではSTAP細胞作製の再現に成功していないことが判明。
2014年2月18日 小保方氏に学位を与えた早稲田大も調査開始を表明するが（朝日新聞）、生データ調査などの不正調査前から擁護の動きを見せる。
2014年2月19日 米ハーバード大医学大学院広報が調査開始を表明する（毎日新聞）。
2014年2月19日 小保方晴子氏の博士論文におけるヴァカンティ教授の肩書に関する誤記が密かに訂正される（⇒参考記事）。
2014年2月19-20日（米国時間） RNAseqとChiPseqのデータがようやくデータベースに追加される。
2014年2月21日 WSJの取材に対し、理研CDBがSTAP細胞作製方法の詳細をいずれ公開すると回答。
2014年2月22日 利益相反事項の隠蔽が新たな問題として浮上する。
2014年2月22日 大和雅之・東京女子医大教授の3月4-6日の日本再生医療学会欠席が判明する。
2014年2月22日 小保方晴子氏の博士論文の学位申請研究業績書に実際には存在しない国際特許が記載されていた疑惑が浮上する。
2014年2月22日 Nature protocol誌（ 2011）の論文の Fig5a-Bcellとneutrophilのグラフの類似性に疑惑が浮上する。
2014年2月22日 Nature Article論文のFig3bの蛍光顕微鏡写真に疑惑が浮上する。
2014年2月26日 Nature Article論文で、他研究者の論文から引用無しで文章を剽窃したことが明らかとなる（一件目）。古い実験機記名まで剽窃していることから、記述通りに実験を行っていないのではないかという疑惑も浮上。
2014年2月26日 脊髄損傷のサルをＳＴＡＰ細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（一つ目）
2014年2月27日 Nature Letter論文のFig.1a,1bの胎盤・胎膜の画像の蛍光強度に関する疑惑が浮上する。
2014年2月28日 TISSUE ENGINEERING誌論文（小保方晴子氏は第二著者）でも利益相反事項の隠蔽が発覚する。
2014年3月3日 日本分子生物学会が、理事長声明『STAP細胞論文等への対応について』を発表する。
2014年3月4日 小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（二つ目）
2014年3月4日 Nature Article論文で、新たな文章の剽窃が明らかとなる（二件目）。2006年に消滅したChemicon社のURLや同社の古い試薬まで剽窃していることから、記述通りに実験を行っていないのではないかという疑惑も浮上。
2014年3月5日 不自然なテラトーマ画像に関する疑惑が指摘される。
2014年3月5日 理研より、追加のSTAP細胞作製方法が公開される。
2014年3月6日 マウスの性別を統一せずに実験を実施していたのではないかという致命的な実験ミスの可能性が指摘される。
小保方晴子の論文の疑惑に関するニュース報道
私もFig.1-fがおかしいと思う。STAP細胞の一丁目、一番地のデータであるが・・・
返信削除Nature letterのFIg. 1aとFig. 1bの胎児の血管のパターンがおなじに見えるのですが、そういうものなのでしょうか？専門家の方に教えていただきたいです。Fig. 1aはBright-fieldという文字と重なってしまっていますが、cag-GFPの画像で血管がよくわかります。
返信削除同じようにLetter初見時に胎児の類似性と胎盤撮影の不自然さを感じました。再度見てみると、確かに胎児の血管が類似しています。Fig. 1a, 1bでは、同一の胎児・胎盤を撮影条件や付属する臍帯等の組織の位置を変えて撮影している可能性も考えられると思います。
削除Fig. 1a Bright-fieldでは、付属する臍帯等の組織を故意に胎盤上に乗せて撮影しているようにしか見えないです。このような取り方の胎盤写真は論文では珍しいのではないでしょうか。
もし同一個体であれば、Fig. 1bの胎児の方が血液で汚れていますので、Fig. 1bを撮影した後に胎児・胎盤をきれいに洗って、胎盤に臍帯等の組織を乗せてFig. 1aを撮影した感じでしょうか。手が込んでますね。
ArticleのFig.5のcのグラフのおかしさについては、指摘する必要はないですかね。
返信削除一見、ただの書き間違いという小さなミスのようにも見えますが、違うんでは？
今どき、グラフを手で作図するなんてことは普通ありませんよね？
エクセル等で表を作って、測定数値を一つ一つ表に入力して、グラフは自動で描かせる。
グラフの軸目盛の数値も、入力された要素の数値にしたがって自動で表示されるはずです。
その軸目盛の数値が現実にはおかしな数値になっている。ってことは、表に入力された数値が全部間違っていた、ってことになりますよね。
120日間の観察中、ＥＳ細胞のだけでも45回分の測定データがあり、たぶんＳＴＡＰ幹細胞も同じ回数測定されているようですが（重なっていて一部見えない）、90回も測定しておいて、90回も数値を入力する間に、数値の誤りに気付かないなんてことがあるんですかね？
手書きによって捏造されたグラフである可能性がありませんか？
少なくとも、正しく観察された結果ではないのは間違いありません。
このFig.5のcがまったく事実を表さないものであるのは明白です。
この図については本文中にも言及があり、ＳＴＡＰ幹細胞の増殖力がＥＳ細胞と同等であることの証拠になっているようです。
ほっといていいものではないと思うのですが、細胞生物学の方々はどう思っておられるのでしょうか。その世界ではよくある「些細なミス」なのでしょうか。
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12968_F5.html
削除上リンクのFig.5cの、ＥＳ細胞の各ドットと、STAP stem cell(幹細胞)の各ドットの、"Number of days"が一致しない（ずれている）という問題のことですよね？
これに関しては、「細胞を継代し細胞をカウントした日付が、ES細胞とSTAP幹細胞で異なるだけでは？」という擁護意見もあります。
厳密に両者の増殖能力を比較するならば、細胞継代間隔は両者で同じにするべき（揃えるべき）ですので、このFig.5cは実験としては洗練されていないかもしれませんが、不正とは断定できないように思います。
いえいえ、そっちは気づきませんでした。
削除「10の60乗」という数値の巨大さですよ。縦軸のほうです。
生物の素人としては、ふだん細胞塊の観察をするときに「何個」という数字が出てくるのが普通なのか知りませんが、絶対におかしいです。
ＳＴＡＰ幹細胞の大きさが10マイクロメートルと仮定すると、10の60乗個の細胞からなる塊は、明らかにシャーレに入りませんよ。
大雑把にですが、非常に小さめに計算しても、研究室の外どころか、ヘリオポーズの外まであふれ出てしまいますよ（笑）。オールトの雲までは届かないようですがね。
細胞は継代するときに、全ての細胞を含む細胞懸濁液から一部（１０分の１量位）だけが次の培養に使用されます。
削除そうすることにより、培養スケールをそのままにして、細胞増殖能を測定することができます。
例えば、初日(Day 0)で細胞数が、10の8乗個だとし、
そのうち、１０分の１量(10の7乗個)だけを継代し、
3日後のDay3に細胞数を測定したときに、１０倍に増殖して、同じ、10の8乗個が計測されたとします。
このとき、もし、Day 1で初期の10の8乗個を培養しつづけていたと過程すれば、Day 3で10の9乗個に増殖する能力があったと推定できます。
以降、同様の操作を繰り返し、細胞が同じペースで増え続け120日後(Day 120)にも10の8乗個が計測されたとすると、実際は、10の48乗個まで増殖できる能力があると、推定できます。
このように考えると、論文中のDay 120での10の60乗個近い細胞数も不思議ではありません。
なるほど。理解しました。
削除門外漢が口出しは間違いでしたね。恥ずかしいところです。
画面が汚れたとお感じでしたら、一連のコメントは削除していただいて結構です。
コピペや不適切な図などが、Articleの方(他の論文もVacantiラボから出たもの）に偏っている気もしますね。
返信削除Letterの方は若山さんがきちんと見直したからでしょうか。
LetterのFig. 1aとFig.1bは同一個体である可能性が出てきました。
返信削除Fig.1b cag-GFPを85%縮小して4°回転させたものとFig.1a bright-fieldにおいて、胎児の血管パターンの極めて高い相同性が認められます。
Fig.1aとFig.1bとが逆でした。
削除失礼しました。
Fig.1aのcag-GFPとFig.1b bright-fieldです。
こんな感じです。webではGFPの輝度が上がっていますがファイルとして開き直すと大丈夫です。
削除http://imgur.com/Ug5QVdZ
opacityでした。失礼しました。
削除修正版です。
削除http://imgur.com/pXIb2vo