kahoの日記： STAP細胞の非実在について＃２ 39
前回の日記は思いの外反響があり，驚いています．
察していただいた方もいらっしゃった通り，私は件の論文に直接関わる立場ではないのですが，研究所の外から見れば「中の人」になります．
内部では実名でこのような活動をしており，隠れているつもりはありません．内部でどうしても解決できなかった場合は外へ向けて情報を出すでしょうが，それまではできるだけ内部での解決を目指しています．
その目的は迅速な論文の撤回とできる限りの真相の解明がなされることであり，また動機は科学への信頼，研究所への信頼の棄損を許せないことが半分，この状態を曖昧にしておくことで私個人の研究活動も制限を受けかねないのでそれを防ぎたいという私利私欲も半分の動機となります．
科学的な事実を争う立場としては私は間違っていないという自信がありますが，政治的に勝利できるかどうかは全く分かりません．
更にいくつかの証拠をここに書こうと思いましたが，今回の論文の著者らに手の内を知らせずに２の矢３の矢を放たなければならない状況になってきましたので，解析結果をここに書くのは彼らにそれらを突きつけてからという順番になりそうです．
前回の日記で述べた"input"の比較データについては下記のアドレスから閲覧できるようにしました．ここには図を貼れないので，UCSC Genome Browserの力を借ります．
同じデータは公開データを使うことでどなたにも作成できるはずです．
TCR-beta
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgS_doOtherUser=submit&hgS_otherUserName=stopstap&hgS_otherUserSessionName=TCR%20beta%20rearrangement%20test
TCR-alpha
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgS_doOtherUser=submit&hgS_otherUserName=stopstap&hgS_otherUserSessionName=TCR%20alpha%20rearrangement%20test
また，おまけをつけておきます．これが何を意味するかはいずれわかると思います．
chrX
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgS_doOtherUser=submit&hgS_otherUserName=stopstap&hgS_otherUserSessionName=Appendix
科学的事実は政治的事実に勝る。所長に直訴奨励 (スコア:1)
応援します。
政治的にっていうと、S先生とのバトルって事で、内情を知る人間であればそれが如何に困難かは知ってるはず。
SさんはCDB内で強すぎますから。
そして、OさんとSさんの関係は、出入り業者や秘書レベルまで、皆知っていること。
「僕はケビンコスナーなんだよ」という発言なんか有名すぎます。
この件、Sさんが鍵というか主犯。
ここ一年くらいOさんとこか広報のとこに入り浸りでしたし、あの前のめり過ぎるプレスはSさんの意向で、全体のストーリーを書いた張本人。
本来は、有頂天になる以前に、冷静な疑義を彼女に突きつけなければならなかった役のはず。
Sさんがチェックができていない状況なのに、Oさんを囲い込んでしまい、他の著者からの指摘が充分に機能しなかったから、現状況があります。
一方で最近、Oさんが、Sさんからのセクハラとして上層部に訴えてたりと内情はカオスですから、それをSさんが知れば状況は一転するかも。
ちょっと前まで上層部は二人まとめてクビ切ろうとしてたわけで、Sさんも掌を返さざるを得ないでしょう。
Sさんは「Oさんはすばらしい研究者だ」「データの捏造なんてするわけがない」という色眼鏡を外すきっかけを（潜在的には）待っていると思いますよ。
自分から積極的に外すことは難しいでしょうけど、データがいかにヤバイかってのを明示することは、「俺も騙されたんだ」と自己正当化でき、正気に戻るチャンスになるはず。さすがに地頭の良いSさんだから、最後は損得勘定で「持論を引っ込めたほうが得」という結論が出せるのでは。そこまで持っていけるだけの論拠があれば大丈夫だと思ってます。
多分今まで、Sさんのまわりには優秀な人が沢山いたので「まさかそこまでするか？」というような想定ができていないんだと思いますよ。
SさんがOさんの仕事を懐疑的に見れていないのが一番の問題です。
Oさんのセクハラの訴えで「俺も騙された」となるかどうか。
O-Sの結合が切れれば、Oさん個人の問題として処理もできようものですが、変な庇い立てが発生するとCDB全体に影響するかもしれません。
理研内部では生物系への圧力が強くなってきてるのですし、野依さんに直接いくのはまずかろうですが、竹市さんに訴えるのはありだと思います。
もしくはOBの西川さんか。筆者らに突きつけるのは外堀を埋めてからの方が良いかと。充分吟味下さい。
Oさんはいわば外様なトリックスターなわけですが、外からの刺激によって、内の患部が明確になったのは皮肉なことです。
本来、内部からの膿出しは当然すべきで、研究者個人は科学的事実にのみ忠実であればよい。
トリックスターや派手な妄言吐きは要らないのです。
主張に対して事実を提示して反論することは、科学的な行為です。
本来、政治など関係ないはずですが、意識せざるを得ない状況が作られたこと自体が、この問題の本質なんだと思います。
事件以前からの問題ですね。
kahoさんの研究者としての行動を応援します。
Re: (スコア:0)
とんでもない暴露が来てますな。
外堀を埋めて、味方をできるだけ作ってから著者らに突きつけるのには、賛成。
Re: (スコア:0)
外部から見てて、今までは、「Sさん、良い研究してるなー」と思っていたのですが、AC(#2557435)さんのコメント読んで、すごく失望しました。
確かに、Sさんは賢い人だと思われるのに、なんでこんな杜撰な論文を嬉しそうに出しちゃったんだろうって、すごく不思議でした。
Oさんに熱を上げて、盲目になっちゃってたんですね。納得です。
あー、本当に愚かしい、最悪な事件ですね。
科学者として、今回の捏造論文、看過できないと思ってきたけれど、組織ぐるみで異常な状態になってるって、そして尊敬してきた科学者Sさんが、自分の感情に走って、科学的な目を失っていたって知って、本当にショックです。
この機に、膿を出し切って、科学を守らなければならないですね。私も、kahoさんを強く支持します。
応援しています (スコア:0)
何の役にも立たないコメントで申し訳ないのですが，同じ研究者（情報系）として応援しています．
先の日記を読むと，妙なバッシングをする人がいるようですが，がんばってください．
理研の他の研究所は今回の対応をどう思っているのでしょうか・・・
、、、え？ (スコア:0)
これ、使われてる細胞の性別が違うってことね。。。
酸処理で性転換が起こった？
事はもっとシリアス？？ (スコア:0)
kahoさん、ありがとうございます。論文にでてくるCD45+細胞は酸処理で性転換を起こした。好意的に見ると。。。
悪意を持ってみるとSTAP幹細胞を作って行く各段階の細胞が違う個体（幹細胞と酸処理したものは雄、なるほど、雄の方がSTAPができ易いからね、でも酸処理前のCD45+として表示されている細胞集団は雌からとられたものってことね。）から派生した、データに一貫性が無いという事ですね。
さすがにGFPは持ってるんだろうね。
ESCとSTAP-SC (スコア:0)
こんにちは。おはようございますか？上の人が指摘している以上に、、、
これ、論文で比較されているESCとSTAP-SCも性別が違うってこと？
なら、転写解析結果もある程度、違って当たり前では無いの？性差を見ている可能性があるだろうから。
ESで性差がどれくらいあるのか知らないけど。
決定的な問題との結論は早急か？ (スコア:0)
私が勘違いしているのかもしれませんが、DNA-Chipではなく、RNA seqのデータですよね。STAP細胞と比較しているCD45+細胞が、STAPの由来となった細胞とは違うということをおっしゃりたいのだと思います。ただ、一般的なCD45+細胞とmRNA発現パターンを比較しているとすれば、決定的な問題というわけでもなさそうです。もちろん、理想的には由来となったCD45+細胞をコントロールにするのが筋ではあります。TCRに関しては、元論文でも、TCRのrearrangementがSTAP細胞塊のうち、どの程度の頻度で起こっているのか分かりませんので、このRNA-Seqのデータのみで捏造と結論するのは危険だと思います。もし、CD45+からSTAPになったもののうち、10%しかT cell由来のものがなかったとしても、TCR rearrangementの有無をRNA-Seq解析から判定できるのでしょうか？当該論文では、"In addition, genomic rearrangements of Tcrb (T-cell receptor gene) were observed in Oct4-GFP+cells derived from FACS-purified CD45+ cells and CD90+CD45+T cells (Fig. 1i, lanes 4, 5, and Extended Data Fig. 2e–g), indicating at least some contribution from lineage-committed T cells."と記述されています。この"at least some contribution"というところが大事なところだと思います。「中の人」ということですので、老婆心からコメントさせていただきました。
Re: (スコア:0)
著者らはNatureのと今回のプロトコールとで、都合の良いときはSTAP細胞はT cell由来と言って、都合が悪いときはSTAP細胞はT cell以外の物も含まれると主張していて、どうしようもないよね。
Re: (スコア:0)
この人が見ているのは染色体免疫沈降実験のinput DNA。つまりgenomic DNAみたいなもんだ。だからあなたの批判はあたらない。
Re: (スコア:0)
RNA-Seqではなく、ChIP-Seqのinputと記述してあるが。あなたは素人か学生さんですか？
Re: (スコア:0)
Chromatin immunoprecipitation (ChIP)- sequencing の input でしょ？基本全ゲノムのショットガンシーケンスなのでは。
Re: (スコア:0)
私見では，完全にあなたが勘違いされていると思います．私もChip-seqを自分でやるわけではないので，何か勘違いしている可能性がありますが，Chip-Seqだからこそゲノム情報が分かるんだと思いますが．．Chip-Seqするときはinputといって，抗体を使って特定のタンパク質が結合する部位をenrichする前のゲノム断片も一緒にシーケンスして，このInputに対してどのくらいのenrichmentがあるかを見るもんだと思います．つまり，inputというのは基本的にゲノムDNAを断片化しただけのものなんで，これらの配列情報を読めば基本的にはゲノムの情報がわかることになるわけですね．ただ，Chip-Seqするときは，本気でゲノムを読むときほどリード数を多く読まないので，完全にゲノム配列を再構成できるほどにはならないのでしょう．その辺でkahoさんは工夫されたんだと思います．
Re: (スコア:0)
だから、ゲノムだとしても、STAP細胞というものが、TCR rearrangementが起きてない細胞も含まれる雑多な集団だ、という逃げ道を著者らは言っていることを、コメント者は指摘しているのでしょ。
でも雑多な細胞集団だとする場合、本当に多能性を持った所謂STAP細胞がT cell由来だという証拠がないことになるという自己矛盾を筆者らは抱えていると思うけども。
Re:決定的な問題との結論は早急か？ (スコア:1)
rearrangeしたT-cell 10%
それ以外 90%
で、酸処理でもこの比率がかわらないとしたら、rearrangeで抜け落ちる
ゲノムの領域にあたるNGSのshort readの数(か、k-merかなにか？)は
rearrangeが本当に起こったT-cellが含まれる場合
と
rearrangeががあったT-cellが全く含まれなかった場合
の比率は90:100になり、統計的にはっきり示せるかどうかですね。
著者がゴネそうですね。
いや、あそうか、rearrageした境界に出現するような特別な配列を探せばよいのか。それならば、鋭敏にrearrangeを検出できるかも。
おっしゃるように著者側も最も肝心な証拠のひとつが提出できていない、ということになりますが。
Re: (スコア:0)
でも性別は変わらないんじゃない？
勘違いです。 (スコア:0)
全くの勘違いです。Chip-seqです。
ちゃんと本文を吟味してからコメントしましょう。
本人は (スコア:0)
またできたと言っているようですが、さて、真偽は？
http://sankei.jp.msn.com/science/news/140306/scn14030609000001-n1.htm [msn.com]
Re: (スコア:0)
切腹は避けられないか……。
Re: (スコア:0)
幼稚すぎ
Re: (スコア:0)
これ、GFPがポジになるってだけだったら、関学の関さんみたく「あーやっぱ自家蛍光だった」てので終わるような気が。キメラを作るってのはできなそうだし（若山先生いないし）。
配列の多型を調べて、 (スコア:0)
由来したマウスの系統が論文の記述通りか確認したりできないもんでしょうか？
是非頑張ってください (スコア:0)
kahoさんが、理研内部にいながら、この研究に対して科学的に真摯に検証されている姿、頼もしく思います。
私も、迅速な論文の撤回とできる限りの真相の解明がなされるべきと考えています。
残念ながら、今の理研の対応には失望しています。保身に走っているようにしか見えません。
kahoさんが、理研内部にいる身で今回の問題に対してこのように声を上げていくことは非常に大変だと思いますが、科学や理研に対する信頼が失われないよう、是非とも頑張ってください。応援しています。
ips vs es (スコア:1)
理研には今回のSTAP論文発表を裏で支えたES細胞研究チーム（笹井）の他に、iPSをやっているチームもあります。（高橋）。後者は立場的には京大側と近いので、そちらに属する方なら、別に党派性を超えて、個人的利害を別にしてということではなく、思いっきり党派的であるかもしれなのです。だからといって言っていることがいい加減とは思いませんので、これからの批判内容には期待しています。
なんにしろ、「国内では」ips側が沈黙していることもあって、あまり大した批判が聞こえてきません。twitterは2chソースを拾って来て、うだうだ言ってるだけで内容がない。おれはこんな用語を知っていると言いたいだけのロンダ院生のたまり場ですよね。2chはたまに密告もあるが、大半が便所の落書き以下。
討論システム的にはスラッシュドットが一番ましだが、この問題に関しては素人的な記事しかなかったので、がっかりしていたところ。それがこの記事によって、一気にスラッシュドットが盛り上がりそうで、このシステムの良さがわかるきっかけにもなるかと思います。
Re: (スコア:0)
https://twitter.com/sweet_sour_pork [twitter.com]
ぜひ反論は査読誌上で (スコア:0)
STAPの論文を信じている訳ではありませんが、匿名で"査読なし"の形で
こうやって批判を展開されることに違和感を感じます。
科学者としてあまり健全なやり方とは思えないように思います。
(あなたの評判をも落とす可能性があります)
結果に疑義があるなら、まず査読論文誌の反論となるような論文を出版し、
きちんとpeer-reviewがされる査読誌上で議論を展開していくべきでしょう。
Re:ぜひ反論は査読誌上で (スコア:1)
内部に近いとあれば、自浄作用として内部で討論し理研として訂正等発表するのもアリでしょう。
他からの指摘による理研自体の信用失墜よりも理研自らミスを認める方がダメージは少ない。
Re: (スコア:0)
通りすがりの者ですが、
私は記名で「査読誌上で議論を展開していくべき」に賛成です。
理研云々でなく、一研究者として正々堂々と有益な議論をされた方が気分が良いと思います。
匿名というのは、如何にも研究者らしくないじゃないですか？
Re:ぜひ反論は査読誌上で (スコア:1)
#2557225 のACさんの意見に賛成。
自浄作用が働くことをきちんと示すことはアリだと思います。
まぁ、オープンな場でやってくれてもいいとも思いますが。
少なくともそーゆー意味では査読誌はなんだかんだ時間がかかるんで、
そんなとこでちんたらやってる場合じゃない、という感覚は全くもって
おかしくないと思います。データや議論を公開してある意味公開査読を
うける形に問題があるとはあまり思えません。匿名性についてはなんか
もうほとんどなくなってるようにも見えますし。
あと、査読誌でも査読者がそんなにたくさんいるわけでもないし。
つか健全不健全で言うなら、当事者の反論が全然聞こえてこない方が
不健全だと思うんですけどね…。山梨にいる先生のような対応が普通で、
本来あるべき姿だと思うんですけど…。
反論は査読誌上に反対 (スコア:0)
自分の経験から言うと、内部告発はきわめて勇気がいることだ。特に、自分の立場が上司レベルでない場合、黙殺ぐらいならよいが、嫌がらせ、無言の圧力、内部の勢力関係によるつまはじき、などなどで、大変息苦しくなる。内部にまっとうな倫理委員会があれば告発は正しく扱われるだろうが、そうした委員会でさえ、どの部長がどうからんでいるか、下のものにはわからず、不安になる。部長レベルならば、共感者は探せるでしょう。(あなたの評判をも落とす可能性があります)とのコメントがあるが、これはそのコメント者がＫａｈｏを脅しているのであり、そのコメント者が関係者であることを推測させる。見えない脅し、これも内部こ告発者が戦う相手だ。一番いい方法は、野依先生にいいに行くことだ。野依先生は厳しい人だから、正しい裁断を下されるだろう。そう期待しないと、理研の誰を、何を信じればいいのだろう。
Re:反論は査読誌上に反対 (スコア:1)
私は、野依先生に言いに行くより、もし告発するなら、Natureとか、分生の理事とか（ただし理研とは関係ない人）に告発すべきだと思います。
いくら人格者であるように見えても、当事者になったり、組織のしがらみに縛られたりすれば、自分、あるいは自分の所属する組織の保身に走る場合があります。
あるいは、いくら権力があっても、発言を多数決で潰されることもあります。
それに、野依さんはこの分野の全くの門外漢であるので、理研の生物系の先生方の意見を信じるしかないでしょう。
私も、研究関係である告発をしたことがありますが、所属研究所の所長と副所長が裏で手をまわして、追い出されそうになりました。
そこで、そのもう一つ上の機関に相談にいったところ、調査をされることになりましたが、調査委員は研究所の関係者ばかりで、「問題はあったものの、大きい問題であるとは認められない」みたいな、曖昧で異様な調査結果を出されました（しかも議事録に、言ってもいない私の発言として「裁判にはしません」という記述を書き加えられていました）。私の提出した証拠は全部無視。調査報告書に記載さえありませんでした。
ただ、所属研究所のもう一つ上の機関の対策室にも私側の証拠書類を提出していたので、対策室は「調査結果は不平等」して研究所の調査結果を受理せず、研究所と押し問答の状態が続きました。そして約一年後、根負けした所属研究所が非を認めました。
私の経験から、告発するなら、利権がからまず、所属機関と同等、あるいはそれ以上の力を持つ機関に相談に行くべきと思います。
告発は、ご本人が考えられてなさったら良いことだと思いますが、私自身は、告発して良かった、正しかったと思っています。
今も研究を続けられていますし、むしろ、告発を通して、様々な方たちとのコネクションもでき、以前より良い環境で研究できています。
お分かりの通り、正義感のある研究者の方たちもたくさんいます。
告発をされるにせよ、されないにせよ、kahoさんの科学に対する真摯な態度は立派だと思います。
これからも頑張ってください。
Re:ぜひ反論は査読誌上で (スコア:1)
この人は内部で実名でやってるみたいだし、相当なリスクと覚悟でやってるでしょ。
理研と日本の名誉を守るために、著者たちにデータからみえる事実をつきつけて、誠実なたいおうしろと。
査読付ので外部からやられたら、それこそ理研も日本もおわりだわ。
Re:ぜひ反論は査読誌上で (スコア:1)
(あなたの評判をも落とす可能性があります)
研究者や科学者ってのは、結局何が欲しいのかねぇ。
研究者でも科学者でもない私から見るに、今回の騒動、根底はここなんじゃないかと思っています。
真実を得るための選択に対して、批判するのことももちろん自由ですが、もう少し「真実を得るため」というところを踏まえてもいいんじゃないかなぁ。名声や金だけを見るんじゃ、彼らのいる意味って薄くなる一方です...
Re: (スコア:0)
#2557216 です。査読誌上でといいましたが、STAP論文の著者勢に不健全なところがあるのは明らかですし、確かに自浄作用として内部で討論し理研として訂正等発表するのは私もありだと思います。
その方が理研や日本の業界へのダメージも圧倒的に少なくなるというのには大いに賛同します。
で、話はSTAPから完全に脱線しますが、これを書いたきっかけは現在内部で議論されている内容をこういった形で匿名で外に漏らすことはkahoさんにとって損になるんじゃないかと思ったことです。査読誌なり理研の内部なりで研究者がフェアだと主やり方で議論していかないと、こ
Re: (スコア:0)
Anonymous Coward の指摘を真に受ける必要はありませんよ。kahoさん。私もAnonymous Coward ですがｗ
私は非実在そのものよりも論文の一貫性が問題だと思います。
Re: (スコア:0)
自分の経験から言うと、内部告発はきわめて勇気がいることだ。特に、自分の立場が上司レベルでない場合、黙殺ぐらいならよいが、嫌がらせ、無言の圧力、内部の勢力関係によるつまはじき、などなどで、大変息苦しくなる。内部にまっとうな倫理委員会があれば告発は正しく扱われるだろうが、そうした委員会でさえ、どの部長がどうからんでいるか、下のものにはわからず、不安になる。(あなたの評判をも落とす可能性があります)とのコメントだが、これはあなたがＫａｈｏを脅しているのであり、あなたが関係者であることを推測させる。見えない脅し、これも内部こ告発者が戦う相手だ。一番いい方法は、野依先生にいいに行くことだ。
健全性については、そもそも疑問 (スコア:0)
査読付きの論文誌が健全かといえば、それはいわゆる権威主義だと思う。
査読というのは、所詮、論文誌に載せるか載せないかのスクリーニングでしかない。
査読者の見識が足らなければ、誤った結果も掲載されるし、画期的な結果も棄却される。
しかも、発表から掲載まで、かなりの時間を要する。
そういう意味では、事前査読なしで自由かつ即時的に発表出来、興味を持った人がレーティングを付ける、いわゆる事後査読的な、研究成果の発表の場が、そろそろ出てきて、ちゃんと業績としてカウントされるようになって欲しいなと思う。
# 言い出しっぺの法則は勘弁な
あと、反論するなら、ごちゃごちゃ書かずに、きちんと論文の体裁整えろよというのは正論だと思う。
論文の公表をおすすめします。 (スコア:0)
内部で努力される、とおっしゃいましたが、そちらの方こそ泥仕合になるのではないでしょうか。淡々とご自身の主張を論文にして公表し、専門家コミュニティーの判断を仰ぐべきだと思います。投稿前に内部の方に原稿を送る位のことはしてもいいでしょうけど、それ以上の事が必要なのでしょうか。私は全く違う分野なので、文化が違うかもしれませんけれど。
理研の不誠実な対応ぶりにあきれます (スコア:0)
各種の嫌疑に対しSTAP cell（って今や何なのか意味不明）とSTAP stem cellは違うとかいう言い訳にもならんものを出してくる「羊頭狗肉」を地でいくような理研の対応をみてると、真実よりも組織防衛の方が大事になった腐った集団との感が深いですね。柳田先生の危惧されていた通りです。
いくらマスコミが馬鹿でも、国民の教育水準、道徳水準が高い日本で、こんなSTAP騒ぎの虚偽がいつまでもまかり通る筈はありません。とおからず虚偽は暴かれ罰せられます。
欺瞞と保身が支配するこの時勢、真に理研を愛する、国を愛する研究者としてkahoさんがいるのが唯一の救いです。